Тим часом, розраховуючи на підтримку нового воєводи, уніатське духівництво вирішило діяти сміливіше. У Києві вже кілька років проживав уповноважений офіціал уніатського митрополита Потія, певний Антоній Грекович. 1605 року Грекович, що був тоді лише дияконом, підлягав духовному суду за якийсь скандал, «ексцес», здійснений у стінах монастиря. Ймовірно, він і поплатився б за своє правопорушення, якби Потій, маючи на увазі його відданість унії, не захистив його своєю опікою. Незабаром прихильність до нього Потія зросла настільки, що, швидко підвищуючи свого улюбленця в чинах, він, врешті, зробив його своїм офіціалом і доручив важливу справу — відібрати у православних у Києві церкви та монастирі. Спершу це доручення видавалося дуже складним: Грекович зумів заволодіти, і то не без великих перепон, лише Видубицьким монастирем і, постійно зустрічаючи відмову духівництва та невдоволення населення, не знав, що чинити далі. Але після призначення воєводою Жолкевського він заручився підтримкою міського уряду і вирішив діяти енергійніше. В неділю, на першому тижні великого посту, 1610 року, коли всі приходські священники міста зібралися для проведення собором церковної служби в храмі святої Софії, туди з конвоєм з’явився Грекович, він пред’явив грамоту Потія, що призначала його митрополичим намісником, і, коли духовні не згодилося визнати його, він вигнав їх із церкви, прийняв храм у своє відання та опечатав його. Ці дії викликали величезне обурення народу, присутні в церкві війт Яцько Балика, бурмистри Матвій Мачоха і Денис Мартинович та інші члени магістрату протестували проти вчинку Грековича, оголосили, що місто не визнає його духовної влади, і з погрозами покинули церкву. Того ж дня ввечері натовп народу зібрався біля Видубицького монастиря і один козак з цього натовпу вистрілив із мушкета в Грековича: той ледве встиг урятуватися, вибігши з монастирської огради та сховавшись на березі Дніпра. Духівництво, магістрат, православна шляхта Київського монастиря і козаки, що перебували в Києві, подали скарги на Грековича у гродський суд, звинувачуючи його в насиллі та порушенні порядку в церкві; натомість Потій скаржився на духівництво і членів магістрату за свавілля та докоряв їм, що вони підтримують стосунки з козаками та підбурюють їх до бунту: як доказ, Потій пред’явив листа, одержаного київським підвоєводієм від козацького гетьмана Григорія Тискиневича, в якому той погрожував «оного ростригу (Грековича), если бы умыслу свого отменити не мел, гдеж колвек сдыбавши, як пса убити». Почався тривалий процес, результат якого нам невідомий, але до його кінця не дожив київський війт Яцько Балика . 1613 року посада війта уже була вакантною і в боротьбу за неї вступили дві сильні партії: більшість міщан вибрала одного із синів покійного війта — Дениса Балику , та воєвода наполіг на затвердженні не його, а кандидата меншості — Федора Ходики. Втім, положення нового війта в магістраті було не надто надійним: більшість райців та бурмистрів належали до числа його супротивників, а міське населення ставилося до нього вороже.
Негайно ж після свого призначення Ходика підняв питання про побудову замку за міський кошт, але представники цехів та міських корпорацій відмовились від участі в цій справі; одночасно було висунута інша, цілком протилежна пропозиція, і магістрат, погодившись із ним, показав, що йде не однією дорогою з війтом. Річ у тому, що після зайняття Грековичем Софійського храму православні були позбавлені соборної церкви; бажаючи компенсувати цю втрату, магістрат вирішив відновити древню кам’яну церкву Успіння Пресвятої Богородиці, руїни якої містились на ринку (на Подолі). Ця церква була споруджена ще за київських князів, але 1482 року її спалили татари. Магістрат, цехи, багаті громадяни і «поспільство» взяли участь у зборі коштів і ревно зайнялися справою під керівництвом архітектора Себастьяна Браччі, який вже давно жив у Києві , «а дозорцею той работы был пан Созон Балыка, упрошоный от всего места». Будівництво розпочалося 13 травня, а 1 жовтня вже було завершене. Війт цілком усунувся від цієї загальноміської справи і не припиняв клопотатися зведенням замку, але лише після трирічних зусиль, завдяки постійному наполяганні воєводи, встиг, зрештою, розпочати його. 1616 року під його керівництвом розпочали планувати гору Уздихальницю, що панувала над замком , але невдовзі ця робота була припинена і Ходика змушений тимчасово відмовитися від посади війта. 1618 року Жолкевський одержав посаду канцлера і його місце на київському воєводстві посів більш м’який і толерантний Томаш Замойський, до того ж, цього ж року, завдяки політичному тактові Петра Сагайдачного, Київ підпорядкувався впливу козацького гетьмана, одночасно з цими подіями в місті були проведені нові вибори і посаду війта обійняв представник народної партії, Семен Мелешкевич .