Но Пирс идет гораздо дальше. Индукция — это не просто система рассмотрения доказательств и выведения заключений. В отличие от многих современных ему философов-«ассоцианистов» Пирс был достаточно осведомлен о научных исследованиях, чтобы понимать, что обобщения не просто вытекают из фактов. Существует целая стратегия исследования, не последнюю роль в которой занимает процесс формулировки гипотезы. Этот предварительный процесс предположения Пирс называет абдукцией. Это не строгий и неэмпирический процесс, а своего рода процесс угадывания отношений. Тем не менее это решающий шаг, без которого наука не смогла бы ничего достигнуть. Более того, с точки зрения Пирса, сама абдукция тоже является формой вывода — и формой логики в более широком смысле. Такой формой вывода, благодаря которой можно двигаться от одной группы идей к ее заключениям в другой группе идей. В своей основе наука основана на процессах человеческого разума, которые идентичны тем, которые задействует здравый смысл.
Это дало Пирсу способ расширения метода логики, который не просто включал науку и философию, но и охватывал всю теорию разума во всех его проявлениях. Он предположил, что каждая форма мышления состоит в установлении некоторой связи между идеями. Эти связи и их законы могут исследоваться эмпирически. Он назвал науку, которая занимается этими связями, семиотикой. Этот термин, в отличие от термина «абдукция», закрепился (впрочем, Пирс также использовал и другие варианты: «семиозия» и «семиозис»).
Семиотика — это наука о знаках. С точки зрения Пирса, человек никогда не воспринимает и не думает о мире напрямую, но только посредством знаков. Значение — это всегда трехстороннее отношение между знаком, объектом (но только в аспекте, в котором его описывает знак) и внутренним референтом, или мыслью. Не существует прямой связи между идеей и внешним объектом, к которому она якобы отсылает (вопреки представлениям Локка и других философов-ассоцианистов). Знак всегда находится посередине и контролирует отношение. Знаки не изолированы друг от друга. Они являются внешними по отношению к индивидам, и их сущность состоит в том, что они эквивалентны для всех, кто их использует. Таким образом, слова (или визуальные символы, шумы и прочее) всегда вмешиваются в процесс мышления и внедряют момент универсального и социального в индивидуальный разум.
Кроме того, знаки не являются изолированными и в другом смысле. Знаки используются цепочками, одни после других. Они привязаны не только к объекту и внутренним мыслям, но и друг к другу. Один знак несет в себе коннотации других знаков. Часть этой связи — в оттенках значения знака, так как одно слово отсылает к другим словам, в которые оно частично или полностью может быть переведено (то, что сейчас называется семантикой). Другая часть — это динамическая связь слов в предложении или цепь мысли (то, что сейчас называется синтаксисом, хотя Пирс имел в виду очень широкую концепцию таких последовательностей мысли, далеко превосходящую отдельные предложения). В пирсовском смысле логика состоит из этих связей знаков друг с другом со всеми их последствиями для их отношения к мыслям и объектам. Наши логические выводы — это умственные привычки. То, что мы считаем правильными верованиями, — это привычка движения от одного знака к другому, которая так упрочилась, что она протекает без всяких сомнений.
В эту схему попадают даже эмоции. У эмоций есть своя логика — вывод из одного ментального состояния в другое через посредство знаков (и иногда с отсылкой ко внешним объектам). Сознание — это вид эмоции, обычно очень слабой, который привязан к определенным типам отношений знаков. За 20 лет до Фрейда Пирс говорил о ментальных процессах как действующих на бессознательном уровне, когда привычки связи тесно установлены и ничего не происходит, что препятствовало бы потоку умозаключения. С другой стороны, мы сознаем нечто, когда мы эмоционально возбуждены в связи с этим. Фактически эмоция — это просто особый тип беспокойства, который мы испытываем в потоке умозаключения.
С этой точки зрения Пирс критикует тот тип философии, который сформулировал Рене Декарт. Последний пытается достичь определенности, сомневаясь во всем до тех пор пока вне его процедуры не останутся только определенные фундаментальные элементы, которые уже невозможно поставить под сомнение. Пирс считает, что Cogito ergo sum («Я мыслю значит существую») Декарта невозможно, так как мы вообще не можем мыслить без знаков, а знаки отсылают к другим знакам и другим людям, которые тоже их используют. Мышление всегда происходит в сообществе, и то, что мы называем истиной, является объективным только потому, что это умственная привычка, к которой мы неизбежно тяготеем в качестве группы, так как эти умственные привычки позволяют нам действовать в мире. Таким образом, эпистемология Пирса оставляет место для объективного материального мира, который Джеймс просто пробегает мимо. В то же время она предлагает сущностно социальную теорию разума. Пирс говорит, что человек — это сумма его мыслей, и эта сумма всегда представляет собой историческое собрание его опыта в обществе. Мы никогда не сможем достичь полной определенности в отношении чего бы то ни было в смысле строгого логического доказательства. Даже в математике можно поставить под сомнение основания связей между различными идеями. Но на самом деле мы никогда этого не делаем. Нашим рабочим критерием истины является отсутствие сомнения. Это прагматический подход, который обеспечивает нормальное функционирование, когда идеи текут автоматически. Это то, что мы ошибочно принимаем за абсолютную истину.