Некоторые историки видели в этом намеренное осквернение мусульманской святыни, совершенное по воле Чингиса. Но это не вписывается в обстановку. Чингис, полный уверенности, что служит Промыслу, смотрел на всех свысока, но не презирал людей за их веру. Джувайни сам не делает никаких комментариев по поводу растоптанных Коранов. Чингис и его воины, совершенно не придававшие этому значения, просто занимались обычным для себя делом, устраивали конюшню, им было все равно, где она будет находиться. И все-таки в таком беспечном пренебрежении к побежденным был свой урок, и Чингис не упустил случая воспользоваться им. Здесь, после легкой победы, он имел все основания верить в поддержку Небес, и он желал, чтобы его враги поняли это и, смирившись, подчинились. Выехав из города, он направился в мусалла, молитвенный двор, построенный на случай праздников, проводившихся за стенами города. Он решил произнести там речь перед тщательно подобранной аудиторией. Он велел собравшимся горожанам отобрать из своего числа самых богатых и самых знатных. Двести восемьдесят перепуганных, но любопытствующих людей собрались в скромных стенах простой мусаллы. Джувайни дает совершенно определенные цифры: 190 бухарских резидентов, 90 купцов из других городов. Чингис поднялся на кафедру и объяснил, в чем причины его возвышения, а их падения:
— О, люди! Знаю, что вы совершили тяжкие грехи и что самые знатные среди вас совершили эти грехи. Если вы спросите меня, как я докажу эти слова, то я отвечу, что знаю это, потому что я наказание Божье. Если бы вы не совершали тяжких грехов, Бог не послал бы вам такого наказания, как я.
Будучи мусульманином, Джувайни не мог пропустить эти слова без комментариев, хотя всегда оглядывался на монгольских правителей, под покровительством которых писал свои заметки. В словах Чингиса не было ничего личного и ничего мстительного. Просто он говорил о никчемных правителях Хорезма и о том, как мусульмане за последние не сколько десятков лет собственными руками разодрали на части свое общество. Он не обязан наказывать за это, при условии, что получит достаточные трофеи, чтобы была довольна его армия.
Что и произошло. Его до смерти перепуганной аудиторией были самые видные торговцы и благородные бухарцы, к каждому из них приставили по стражу, чтобы ограбить их мог только Чингис или его военачальники, а не рядовые воины. В течение нескольких последующих дней, пока шахские солдаты со своими семьями сидели запертыми в цитадели, а горожане прятались по своим домам, богатые вельможи со своим эскортом тянулись из города к юрте Чингиса, где от давали свое богатство — звонкую монету, ювелирные украшения, одежду, ткани.
Для завершения «наказания Божьего» осталось сделать до конца две вещи: захватить центральную цитадель, откуда оставшиеся стойкими воины-мусульмане беспокоили ночными вылазками, и распорядиться населением. Окружавшие цитадель деревянные дома, мешавшие организации штурма, подожгли. Запылал почти весь город, не тронутыми огнем остались главная мечеть и сложенные из сырца-кирпича дворцы. Теперь ничто не мешало баллистам и катапультам, а вместе с ними и двойным, и тройным осадным лукам выдвинуться на открытые позиции. К стенам под градом горящих зажигательных бомб подогнали толпы горожан, чтобы их трупами и камнями завалить оборонительный ров. Битва продолжалась много дней, пока не рухнули стены Арка и огонь не довершил разрушений и пока его защитники не полегли убитыми в бою или не были казнены после него, при чем смерти предавали всех мужчин, которые «стояли выше рукоятки плети». Оставшихся в живых горожан выгнали за стены город к мусалла, где распределяли — молодых в солдаты, женщин с их детьми в рабы, кузнецов, плотников и ювелиров в команды монгольских ремесленников.
Теперь монгольская машина смерти покатилась на запад по направлению к Самарканду, а часть войска отрядили, что бы по ходу дела захватить Ходжент, пограничный город, стоявший на страже великолепных плодородных земель Ферганской долины. Самарканд, новую столицу Мухаммеда, «самый прелестный из райских уголков в этом мире», обороняли от сорока до ста десяти тысяч войск (или, возможно, это число людей вообще, источники дают крайне разбросанные цифры), которые укрылись за рвом и городскими стенами с цитаделью, спешно укреплявшиеся на протяжении недель, прошедших после осады Отрара. У защитников города имелся отряд слонов, которых, по-видимому, купил в Индии какой-то предприимчивый купец. Монголы раскину ли свой лагерь под самыми стенами города и прогоняли вокруг них толпы пленных, у каждого десятого в руках был флаг, они размахивали ими, чтобы у защитников создалось впечатление, будто их окружила гигантская армия. Вскоре к осаждающим присоединилось войско, пришедшее из Отрара. Защитники города предприняли тщетную попытку про рвать блокаду и выпустили на монголов слонов, но животные запаниковали, повернули вспять и начали топтать своих, а потом убежали в степь. Снова беспомощное руководство Мухаммеда сыграло с городом и всей страной злую шутку. Сам он бежал, заставляя всех встречавшихся по пути собирать свои пожитки и уходить, потому что сопротивление было бессмысленно. Городские богатеи и духовенство никак не желали сложить головы за такого человека и запросили мира, получив те же условия, что и жители Бухары: конфисковали их имущество, женщин и ремесленников разобрали монгольские начальники и их семьи.