Та все ж ужиті заходи безпеки не допомогли уникнути деяких утисків і самому князю Великому–Гагіну. Той самий С. Соловйов повідомляє, що запорожці з партії Брюховецького негайно після втечі Сомка скинули князя з підвищення, на якому той стояв, і почали голосно скандувати ім'я Брюховецького. При цьому вони не давали Великому–Гагіну покинути козацьке коло й вимагали від нього визнання гетьманом саме Брюховецького. Зібравшись на дусі, московський посланець відмовився підтверджувати обрання Брюховецького на посаду гетьмана «за волею царя Олексія Михайловича». За свідченням російських джерел, позначилося те, що перед цим Сомко висловив князю незгоду з рішенням козаків і заявив, що обрання Брюховецького гетьманом є проявом насильства з їхнього боку. Та, дозвольмо собі не погодитися з такою точкою зору. Найпевніше ж, князь Великий–Гагін мав, вагаючись, приймати волю козаків чи ні, якісь приховані мотиви або вказівки з Москви. Тож підтвердити повноваження Брюховецького, принаймні тоді, він відмовився. Натомість, щоб хоч якось розрядити обстановку, князь закликав козаків розпустити раду й призначити нову наступного дня для більш виваженого рішення. Так і було зроблено.
Але другого дня, коли військові литаври вдруге покликали тисячі козацької черні до кола, примусивши напружитись восьмитисячний табір московського війська, симпатії козаків геть відвернулись від наказного гетьмана Якима Сомка. Майже всі колишні прихильники Сомка перейшли на бік Брюховецького й почали вимагати негайно передати гетьманську булаву кошовому отаману запорожців. В обозах Сомка, Золотаренка та їхніх прихильників почалися заворушення, і голота з табору Брюховецького, довершуючи політичну поразку наказного гетьмана, почала грабувати старшинські вози.
Якими ж були причини такої раптової переміни настрою значної частини прихильників партії Сомка й Золотаренка? С. Соловйов, посилаючись на невідомого українського літописця, повідомляє, що до цього призвела непостійність, споконвіку притаманна українцям. Однак дозвольмо собі не погодитись і з таким дещо категоричним твердженням. Звичайно, ту саму сумнозвісну непостійність зовсім відкидати не слід, але варто й звернути увагу на той неймовірний обсяг роботи на ниві інтриг, що її виконав Брюховецький, готуючись до Чорної ради. Тут і загравання з черню, яка була силою, потужнішою за не дуже численний табір козацької старшини, і ставка на підтримку Запорозької Січі. А можливо, й десятки листів до царя Олексія Михайловича, і те саме «верный холоп и нижайшая подножка пресветлого престола»? Чи не ця позиція допомогла Брюховецькому домогтись перемоги на Лівобережжі, де станом на 1663 рік, як ми могли пересвідчитись, емісари Московського царства змогли пустити корені досить глибоко?
Проте факт залишається фактом: булава гетьмана перейшла до Івана Брюховецького, створивши таким чином прецедент на офіційному рівні. Відтепер не було єдиної Гетьманщини з гетьманом Павлом Тетерею на чолі. Відтепер діяли два офіційно обраних гетьмани, а отже, стало дві України — та, що була під владою Москви, і та, яка змогла уникнути васальної залежності від неї, заграючи з владою Речі Посполитої.
Після того, як 18 червня князь Великий–Гагін, вкотре демонструючи, «хто в домі хазяїн», урочисто вручив гетьманську булаву Івану Брюховецькому, у Ніжині почалася справжня вакханалія беззаконня. Підконтрольні новому гетьману запорожці розпочали масові вбивства прихильників Сомка й Золотаренка. На звільнені таким чином посади полкової старшини невідкладно призначалися люди з табору Брюховецького, закріплюючи таким чином успіх і швидко поширюючи свій вплив на регіони, у яких раніше Брюховецький не мав значної підтримки. Старшина і значні козаки з табору прихильників Сомка тепер просто ховалися, рятуючи свої життя. За свідченнями історичних джерел, вони, скинувши багаті кармазинові каптани, вбиралися в простий селянський одяг, кидали майно й тікали світ за очі.
Виїхавши з Ніжина після закінчення ради, Брюховецький відрядив усіх призначених ним полковників і старшин, більшість із яких, як ми знаємо, походили із Запорожжя, до головних міст Лівобережної України. У кожного з командирів таких «летючих загонів» було по 100 козаків в особистому розпорядженні. Обдаровані жупанами, частиною прибутків із млинів, наділені дозволом безкоштовно відвідувати шинки, пити й гуляти протягом трьох днів і йти по завершенні місії куди кому заманеться, ці люди мали суворий наказ викривати найменші симпатії до колишнього наказного гетьмана й нещадно викорінювати їх. «Тоді багато було заподіяно зла людям, особливо значним старшинам, тому що між ними були такі, які раніше служили у значних панів і були скарані за свою провину або ж були облаяні своїми господарями, як це часто буває при дворах», — так пише літописець про діяльність цих загонів. Переслідування старшини тривало досить довго, а деяких із них вислали до Москви, звідки багато хто потрапив до Сибіру з тим, щоб уже ніколи не побачити батьківщину. Іншим пощастило більше: на них гетьманською владою було накладено «данину» — забезпечувати провіантом і спорядженням запорозьку піхоту.
Але лише такими заходами новообраний гетьман не вдовольнився. За логікою творців державних переворотів, перемогу не можна вважати цілковитою, доки переможені супротивники залишаються серед живих. Саме тому Іван Брюховецький продовжив активне листування з царським двором у Москві, наголошуючи на тому, що Сомко й Золотаренко до самого початку Чорної ради готували зраду царю й приєднання лівобережних полків до війська Павла Тетері. Заручившись нарешті підтримкою Кремля, Брюховецький розпочав суд над Сомком, Золотаренком і найближчими їхніми прихильниками. Звичайно, суддями були переможці, які й засудили переможених до страти, а вирок виконали в Борзні 18 вересня 1663 року.
Під час страти були присутніми генеральний обозний Іван Цісарський, київський полковник Василь Дворецький і прилуцький полковник Данило Пісоцький. Тоді за наказом Брюховецького були страчені наказний гетьман Яким Сомко, ніжинський полковник Василь Золотаренко, чернігівський полковник Іоаникій Силич, лубенський полковник Стефан Шамрицький, переяславський полковник Опанас Щуровський, ніжинський полковий осавул Павло Калдій і секретар наказного гетьмана Кирило Ширай. До Сибіру було заслано генерального писаря Михайла Вуяхевича, колишніх полковників київського — Семена Третяка, іркліївського — Матяша Панкевича, прилуцького — Дмитра Чернявського, переяславського полкового осавула Семена Кульженка, осавула Леонтія Бута, полкового писаря Самійла Радича, сотника Івана Воробея та інших. Тепер Брюховецький не міг не перейматися рейтингом серед козацтва, тож він і не зважав на обурення, що його викликала така жорстока розправа над опонентами. Так Гетьманщина втратила заслужених бойових полковників, а Брюховецький отримав змогу реформувати Лівобережжя за власними уявленнями про доцільність. Ну й, звичайно, за вказівками з Москви.