Історичні дослідження дозволяють стверджувати, що до смерті Богдана Хмельницького молодий гетьманич одержав непогану, як для свого часу, освіту. Він був добре обізнаний зі Святим Письмом, володів не лише українською, але й церковнослов'янською, польською, грецькою та латинською мовами, хоча й поступався цією стороною своєму батькові. Після отримання базових знань від домашніх учителів Юрій Хмельницький навчався в Києво–Могилянському колегіумі, щоправда, досить недовго — через погіршення здоров'я сина Богдан змушений був повернути його до Чигирина.
Більше свідчень про життя гетьманича з'явилося по 1653 році, коли, після загибелі старшого брата Тимофія, Юрій став єдиним спадкоємцем Богдана Хмельницького за чоловічою лінією. Відтоді вже старий і хворий гетьман усе частіше міркував про те, щоб передати свою булаву саме йому. Не випадково саме Юрія, тоді ще шістнадцятирічного юнака, Богдан Хмельницький призначив наказним гетьманом і доручив готувати похід українського війська на допомогу армії Антона Ждановича у Семиграддя. Звичайно, таке призначення було радше простою формальністю, адже реальне командування військом здійснювали тоді Іван Богун та Антон Жданович, а проте Богдан Хмельницький таким чином знайшов підстави для того, щоб передати синові владу. А тому не варто дивуватись, що іноземні посли, які побували в Чигирині в першій половині 1657 року, все частіше величали у своїх листах Юрія Хмельницького гетьманом. Сам Богдан очікував, що під опікунством генерального писаря Виговського Юрій досягне повноліття й стане повноправним гетьманом, продовжуючи справу батька. Але, як показав час, цей задум Хмельницького виявився помилковим. Тоді він не міг урахувати повною мірою розстановки політичних сил в Україні, яка б за умови відсутності здібностей державного діяча, адміністратора чи полководця у зовсім ще молодого Юрія привела державу до сумних наслідків.
Але неправильно й стверджувати, що одразу після приходу до влади Юрій Хмельницький, потураючи Москві, знищив усі здобутки свого батька на ниві державотворення. Слушно визнати, що він розпочав політичну гру, з тонкощами якої врешті–решт не зміг упоратись. На захист такого припущення можемо навести, наприклад, такий факт: коли московський воєвода Трубецькой звернувся до Юрія Хмельницького, який щойно отримав булаву, з закликом визнати над собою зверхність царя, молодий гетьман і його старшина висунули князю власні умови, за дотримання яких вони були згодні визнати протекторат Москви. Серед цих вимог було й виведення за межі України московських військ. Наголосімо, що це було для Москви досить болючим питанням: царські війська стояли тепер майже в усіх більш–менш великих містах Лівобережжя. А тепер московському воєводі було запропоновано залишити свій гарнізон лише в Києві — так, як це було за часів Богдана. Крім того, молодий Хмельницький вимагав, щоб усі царські ратники, що в майбутньому перебуватимуть на теренах Гетьманщини, були підпорядковані безпосередньо йому як гетьману України. Крім того, до представників Московського царства було висунуто вимогу надалі лише визнавати результати виборів українського гетьмана, не втручаючись у виборний процес, а також не дозволяти собі контактів із козацькою старшиною потай від гетьманської канцелярії. Зауважмо, що жодна з вимог не була прийнятною для Москви: цар не збирався контролювати військо в Україні спільно з ким–небудь іншим, прагнув впливати на обрання нових спільників Гетьманщини й активно залучав на свій бік представників козацької старшини щедрими подачками й ще більш щедрими обіцянками.
Але що ж Трубецькой? Як він поставився до висунутих гетьманом Хмельницьким вимог? Гадаємо, що, позбувшись небезпечного Виговського, воєвода навряд чи сподівався від слабкого Юрася Хмельницького такої незгідливості. Однак, виявляючи риси талановитого дипломата, князь ніяк не виказав того, що мав від царя інструкції, геть відмінні від вимог українського гетьмана. У відповідь на листи Хмельницького з вимогами він послав йому запрошення прибути на чолі своєї старшини для переговорів і присяги царю, — усе начебто виважено й конструктивно, але саме в цьому оточення Юрія Хмельницького одразу відчуло підступ. І тому Хмельницький довго не погоджувався їхати у ставку до Трубецького, вимагав за це заручників, аж поки не домігся свого й у його табір, розташований на правому березі Дніпра, не приїхав один з московських бояр.
Рокову помилку було зроблено — Хмельницький одразу ж після прибуття заручника до табору вирушив до Трубецького в Переяслав на чолі старшини, серед якої були Іван Сірко, Петро Дорошенко й багато інших найвищих представників Війська Запорозького.
Одразу ж після прибуття до Переяслава стало зрозуміло: Трубецькой не має наміру вести будь–які переговори з козаками на попередніх умовах. Він відкрито заявив молодому Хмельницькому, що збирається зібрати в Переяславі раду козацької старшини для виборів гетьмана, а отже, не визнає не лише претензій гетьмана, а й рішень ради в Германівці, яка дала Хмельниченку булаву. Як писав М. Грушевський, це був рішучий удар, проти якого Юрій Хмельницький і його старшина не протестували лише тому, що перебували в руках у Трубецького. Результати зібраної Трубецьким у Переяславі ради легко було передбачити — в місті завбачливо було зібрано досить багато лояльної до Москви лівобережної старшини. У випадку голосування ця так би мовити коаліція не залишила би противникам Москви жодного шансу залишитись при владі в Гетьманщині.
Передбачив московський воєвода і можливість козаків, вірних Юрію Хмельницькому, збройно протистояти такому нахабному втручанню у внутрішні справи України. Окрім його власних полків у Переяславі перебували війська іншого московського воєводи — князя Ромодановського, а також козацьких старшин, яких М. Грушевський у своїх працях іменує «московськими партизанами», — Цецюри й Безпалого.
За таких умов у Юрія Хмельницького й партії так званих автономістів просто не було вибору й вони змушені були підписати «Переяславські статті», запропоновані Трубецьким. 17 жовтня 1659 року, під час засідання неповної Генеральної військової ради, юридична чинність якої досі видається досить сумнівною через відсутність на ній правобережних полковників, в оточенні сорокатисячного московського війська Юрія Хмельницького було вдруге обрано гетьманом. Одразу ж після такого «обрання» він був змушений підписати нав'язаний українській стороні договір між Гетьманщиною і Московським царством. Слід зауважити, що в основу нового «Переяславського договору» було покладено фальсифікований у Москві текст «Березневих статей» 1654 року.
«Переяславські статті» 1659 року складалися з дев'ятнадцяти пунктів, зміст яких свідчив про наміри московського царя далі обмежити незалежні права гетьманської України та зміцнити на її території свої позиції. За «Переяславськими статтями», гетьману України вже було заборонено вести самостійну зовнішню політику. Він не міг відтепер укладати міжнародні договори, працювати з іноземними послами без згоди на те царя тощо. Не дозволялось гетьману, якщо не буде на те дозволу Москви, вступати у війну або віддавати Військо Запорозьке в розпорядження володарів сусідніх держав. Крім того, кілька українських козацьких полків повинні були залишити територію Білорусії, на якій вони доти розташовувались. Козацька Рада не мала права, згідно з новими умовами, без згоди царського уряду переобрати гетьмана. Гетьман без дозволу царських воєвод не міг призначати й звільняти полковників та генеральну старшину війська. І хоч Юрій Хмельницький подавав клопотання про скасування найтяжчих із пунктів «Переяславських статей», неважко здогадатись, що в Москві на його клопотання просто не звернули уваги.
Відчутно зачепили рішення «Переяславського договору» 1659 року й автономність української православної церкви. Відтепер київський митрополит повинен був визнавати зверхність Московського патріархату, приймати посвяту від Константинопольського патріарха, того самого, який колись святив Русь, було суворо заборонено. Московське царство, прибравши церкву до рук державної влади, добре розуміло всю вагу впливу на духовенство, тож уперто просувало прийняту колись концепцію Третього Рима, згідно з якою православні всього світу повинні були визнавати насамперед владу Москви.