За часів правління Хмельницького розпочався процес творення еліти Гетьманської держави. Правда, далеко не всі цей процес сприймали. Існувала протидія як з боку консерваторів, так і революціонерів.
Якщо говорити про консервативну опозицію, то її переважно представляли шляхтичі України, серед яких було чимало православних і уніатів. Ця стара руська аристократія, до якої також належали князівські роди, цілком справедливо вбачала в особі нової козацької еліти своїх конкурентів. То була не лише конкуренція за власність, землю. Тут часто стояло питання життя й смерті. Козацькі повстанці нищили шляхту, в т. ч. й православну. Натомість шляхтичі, серед яких чимало було русинів-українців, відповідали козакам тим самим. Вождем цієї консервативної опозиції, як уже говорилося, можна вважати Ярему Вишневецького. Врешті-решт представники руської аристократії, котрі не приєдналися до козацької революції, стали «втраченими для України». Більшість із них прийняла католицизм і, відповідно, полонізувалася. Ця полонізована руська аристократія, що мала володіння переважно на Правобережній Україні, в подальшому відіграла важливу роль у польському націогенезі. Адже чимало відомих польських князівських і шляхетських родів походили з цього регіону, маючи руське, тобто українське, коріння. Звісно, частина з них покатоличилась, перейняла польську культуру ще до козацької революції — як це було зі згадуваним Яремою Вишневецьким. Революція ж прискорила той процес.
На перший погляд це виглядає парадоксально, але завдяки повстанню під проводом Богдана Хмельницького польський етнос значною мірою ошляхетнився. Русь-Україна поділилася з Польщею своєю аристократією.
На ошляхетнення польського етносу за рахунок русинів не звертається увага ні в польській, ні в українській історіографії — що можна зрозуміти. Така тема є ідейно програшною. Адже полякам некомфортно визнавати, що їхня еліта, якою вони пишаються, значною мірою була сформована русинами-українцями. Так само й українцям некомфортно визнавати, що вони частину своєї еліти віддали полякам. Переважно українці цю еліту сприймають як зрадників.
Окрім консервативної опозиції до гетьманського режиму Богдана Хмельницького, існувала опозиція радикальна, революційна, одним із головних вогнищ якої була Запорізька Січ. Так, запорожці в 1650 р. спробували проголосити гетьманом свого ватажка — Якова Худолія[67]. Проте Хмельницькому вдалося розправитися з ним та іншими незадоволеними.
Уже в період становлення Гетьманату чітко простежується існування двох центрів українського козацтва. Це гетьманська столиця Чигирин і Січ. У принципі, така «двоцентровість» була закладена ще раніше. Адже, окрім Запорізької Січі, з кінця XVI ст. існувало реєстрове, або, як його часто іменували, городове, козацтво.
Інтереси Чигирина й Січі не завжди співпадали. Гетьманська столиця була «респектабельним» центром, представники якої намагалися контактувати з іншими можновладцями. Навколо неї також зосереджувалися представники козацької старшини. В певному сенсі, це був центр державності. У той час як на Січі все більше концентрувалися радикальні елементи.
«...небезпечний вузол напруги створювало Запорожжя, — відзначав історик Віктор Брехуненко. — Виникнення Гетьманщини докорінно змінило його соціальне обличчя та роль в Україні. Якщо раніше Запорожжя було епіцентром козацького життя, то тепер цю роль перебрав на себе Чигирин. Свіжа пам’ять про колишню роль Січі... підштовхувала тутешніх козаків до опозиції новому центру влади, нехай і рідному, козацькому. Крім того, Чигирин ще й обрубував запорожцям можливості для традиційного заробітку, вимагаючи припинити морські походи та будь-які зачіпки з турками й татарами. Перетворення Запорожжя на осідок низів лише посилювало небезпеку. Якщо Б. Хмельницькому вдавалося тримати запорожців у покорі та не допускати до того, щоб посланці від короля, царя чи хана баламутили їм голову, то надалі греблю прорве, і низовці швидко стануть застрільниками анархії, супротиву центральній владі, а також вдаватимуться до опори на зовнішню силу для вирішення внутрішніх українських питань»[68].
У квітні 1657 р. Хмельницький, розуміючи, що йому лишилося жити недовго, зібрав старшинську раду і за її згодою передав владу своєму 16-річному синові Юрію (1641—1685?)[69]. Але реальна влада все більше концентрувалася в руках Виговського. Юрію ж під час свого першого гетьманування довелося відіграти хіба що роль символу «батьківської слави».