За таких умов у січні 1667 р. Московська держава підписує з Річчю Посполитою в селі Андрусово під Смоленськом перемир’я на тринадцять з половиною років. Представники як лівобережного, так і правобережного козацтва були усунуті від ведення переговорів. Їхні інтереси практично не враховувалися. Згідно з Андрусівським перемир’ям, припинялася польсько-московська війна, яка тривала від 1654 р. Московіти отримували Лівобережну Україну, Сіверську землю з Черніговом і Стародубом, а також Смоленськ. У складі Речі Посполитої залишалася Правобережна Україна (окрім Києва), а також білоруські землі з Вітебськом, Полоцьком і Двінськом. Запорозька Січ мала перебувати під владою обох держав. Як компенсацію за втрачені землі Лівобережної України Московія мала виплатити Речі Посполитій один мільйон злотих. На той час це була значна сума. Також Річ Посполита й Московія зобов’язувалися виступати спільним фронтом проти Кримського ханства й Османської імперії[306].
Загалом Андрусівське перемир’я закріплювало існуючий стан речей щодо українських та білоруських територій. Вони були поділені між Московією й Річчю Посполитою. А лінією поділу стала річка Дніпро. Отже, поділ України на Лівобережну й Правобережну став не лише політичною реальністю, а й був юридично оформленим.
Загалом 1667 р. став у плані політичному нещасливим для Брюховецького. Правда, в плані особистому йому пощастило. Того року в нього та його дружини Дарії народилася дочка, яка мала непросту долю[307]. Але це вже окрема тема.
Козацтво Правобережної України, де на той час гетьманом після Павла Тетері став Петро Дорошенко, як і козацтво України Лівобережної, не були задоволені Андрусівським перемир’ям. Дорошенко вирішує позбутися польської протекції і починає шукати турецького покровительства. «...Андрусівське перемир’я 1667 р., — пише Віктор Брехуненко, — не залишило П. Дорошенкові іншого вибору, ніж шукати точку опори в мусульманських сусідах. Перед очима був приклад Молдови, яка попри все зберігала свою державність під протекцією султана. Перед очима були спроби Б. Хмельницького за допомогою турецького протекторату вгамувати апетити Речі Посполитої, а пізніше й Московії. Перед очима було успішне використання Б. Хмельницьким кримсько-татарського чинника для шантажу Московії та підштовхування тієї до визнання Гетьманщини. Зрештою, Стамбул був тоді єдиною потугою, не зацікавленою в поділі України, крім того, він міг приструнити Крим»[308].
На цей самий шлях стає Брюховецький, який бачив, що втрачає підтримку Московії. Намагаючись втримати важелі влади, він спочатку встановлює зв’язки з Дорошенком, а на раді, яка відбулася 1 січня 1668 р., виступає проти союзу з Москвою, за об’єднання з Правобережною Україною[309]. Тоді ж Брюховецький посилає делегацію на переговори до Стамбула, а також намагається укласти союзні відносини із донськими козаками, у яких погіршилися стосунки з московським урядом.
У той час Брюховецький знайшов спільну мову з намісником Київської митрополії, єпископом Мефодієм, із яким в останні роки ворогував. Цей ієрарх також втрачав свою підтримку. У кінці грудня 1667 р. він прибув до Гадяча на переговори з Брюховецьким. Вони зуміли знайти спільну мову і разом виступили проти Московії. До того ж порозуміння було скріплене шлюбом дочки єпископа й небожа гетьмана[310].
На початку 1668 р. почалося повстання на Лівобережній Україні. Чимало московських гарнізонів, налякані ним, пішли з українських земель. До весни 1668 р. владу Москви на Лівобережній Україні фактично було ліквідовано. Залишилося лише декілька московських гарнізонів у великих містах — Києві, Переяславі, Чернігові, Ніжині.
7(17) червня 1668 р. Брюховецький мав зустрітися з Дорошенком біля Диканьки на Сербиній могилі для проведення спільної військової ради. Там він був підступно схоплений людьми правобережного гетьмана й страчений[311].
Дорошенкові не потрібен був конкурент. Він сподівався сам стати гетьманом по обидва боки Дніпра. Очевидно, правобережний гетьман також розраховував, що авторитет Брюховецького невисокий і його страта не призведе до негативної реакції. Однак прорахувався. У Брюховецького все ж було чимало прихильників. А його підступне вбивство не сподобалося багатьом. Проти Дорошенка піднялися запорожці на чолі з Петром Суховієм.
Аби вгамувати ситуацію, Дорошенко організував поховання Брюховецького в Гадяцькій Богоявленській церкві. На могильній плиті покійного була викарбувана епітафія, складена чернігівським архієпископом Лазарем Барановичем. У ній говорилося, що не можна врятуватися від смерті — тут не допоможе ні гетьманство, ні оборона царя. Також вказувалося, що Брюховецький «окрутне-м забитый», «немилостиве єсмь замордов[анн]ий»[312]. Враховуючи високий авторитет Барановича, стає зрозуміло, що вбивство Брюховецького багатьма сприймалося негативно. Тобто далеко не всі вважали його негідником.