Всего было построено 62 Ju.88С-2 и 66 Ju.88С-4, применявшихся в основном в качестве ударных самолетов, кроме того, около 250 Ju.88c-6 применялись в Средиземноморье в качестве истребителей-бомбардировщиков.
Увеличение масштабов налетов союзной авиации на территорию Германии в 1943 году заставило руководство Германии пересмотреть отношение к значению тяжелых истребителей, в том числе ночных. С этой целью Ju.88C-6 оборудовали РЛС «Лихтенштейн»: FuG 202, FuG 212 С-1 или FuG-220 SN-2. Часть самолетов Ju.88C-6 дополнительно оснастили парой пушек МG 151/20 в установке «Schräge Musik». Принятые меры достаточно быстро принесли результат: уже 21 января 1944 года при налете на Магдебург бомбардировщики Королевских ВВС Британии потеряли 55 самолетов из 648, 19 февраля над Лейпцигом – 78 из 823, а 30 марта – уже 94 из 795, задействованных в бомбардировке Нюрнберга, причем большую часть сбитых записали на свой счет именно Ju.88C. Потери, превышающие 10 %, вынудили бомбардировочное командование RAF временно приостановить бомбардировки территории Германии.
Ближе к концу войны в выпуске «восемьдесят восьмого» преобладали уже истребительные модификации, претерпевшие ряд усовершенствований. На вооружении появились Ju.88R1 и R2, получившие соответственно 1600-сильные двигатели BMW-801МА и BMW-801D мощностью 1700 л.с. Весной 1944 года был начат выпуск последней истребительной модификации – ночного истребителя Ju.88G, имевшей ряд индивидуальных особенностей. Самолет получил хвостовое оперение большей площади, обеспечивавшее лучшую устойчивость на малых скоростях. Оружейная гондола в носовой части исчезла, а вооружение, состоявшее теперь из четырех 20-мм пушек МG 151/20, разместилось в обтекателе, установленном на месте бомбоотсека. При этом сохранилась установка «Schräge Musik» и наружные бомбодержатели, дающие возможность подвески дополнительных топливных баков. В качестве силовой установки применялись двигатели BMW-801, в серии Ju.88G-6C – моторы жидкостного охлаждения «Junkers» Jumo-213 мощностью до 1600 л.с. Существенно увеличилась скорость истребителя – до 550 км/ч, а у Ju.88G-7 с применением системы впрыска МW-50 появилась возможность развивать до 643 км/ч. Кроме того, серия Ju.88G-1 оснащалась станцией FuG 227 «Фленсбург» – пеленгатором излучения локатора оповещения «Monica», устанавливаемого на британских бомбардировщиках. Правда, эффективность этого устройства сохранялась недолго – после того, как британцам удалось изучить бортовое оборудование двух самолетов, по ошибке совершивших посадку на аэродромах союзников (9 мая 1943 года на аэродроме Дайс сел «заблудившийся» Ju.88R1, а 13 июля 1944 года в Вудбридже – Ju.88G-1), не только были демонтированы «моники» с британских бомбардировщиков, но и были найдены способы подавления радара «Лихтенштейн» SN-2.
Отдельного упоминания заслуживает также небольшая серия Ju.88Р, создававшихся в качестве тяжелых противотанковых штурмовиков и оснащавшихся не только 37-мм пушками BK-3,7, но и 50-мм и даже 75-мм орудиями.
Производство Ju.88 окончательно было прекращено уже в 1945 году, всего было выпущено более 14 600 машин всех модификаций.
«Фокке-вульф»
Как и в случае «Юнкерс», к разработке боевых самолетов компании «Fokke-Wulf GmbH» в годы войны ее создатели отношения уже не имели.
«Фокке-Вульф флюгцойгбау» была основана в 1923 году в Бремене авиаконструктором Генрихом Фокке и бывшим военным летчиком Георгом Вульфом. Однако Вульф погиб 9 сентября 1927 года при испытаниях нового самолета компании, а в 1931 году, после слияния с компанией «Albatros Flugzeugwerke» («Альбатрос флюгцойгверке ГмбХ»), Генрих Фокке, оставшись членом совета директоров, был освобожден от должности руководителя. В 1937 году профессор Г. Фокке оставил «Фокке-Вульф» и основал свою новую фирму «Фокке-Ахгелис флюгцойгбау», ориентированную на создание вертолетов.