В «Тимее» Платон изложил свое учение о происхождении всего сущего. Цицерон (по крайней мере, судя по фрагментам, которыми мы располагаем) передает основное содержание и сочувственно пересказывает, в частности, то, что Платон пишет о «демонах», обозначая их латинским словом этрусского происхождения «лары». Цицерон, как, впрочем, и сам Платон, считает построения, содержащиеся в «Тимее», мифами; показательно, однако, что перевод свой он представляет как своеобразное продолжение беседы с Нигидием Фигулом. Помимо всего прочего, примечательно, что «Тимей» содержит множество пифагорейских реминисценций, учение же Пифагора — часть италийской духовной традиции; в подтверждение обычно говорилось, что царь Нума был учеником Пифагора. Цицерон знает, что это не так, но все же усматривает тесную связь между началами римской мысли и учением великого кротонца. Было известно также, что Пифагор бежал с родного Самоса, где правил тиран Поликрат. Пифагорейцы пытались, не без успеха, добиться, чтобы городами Великой Греции управляли философы, и в этом смысле они выступают как предшественники Платона; переводя «Тимея», Цицерон мог использовать эту тему для обоснования собственных взглядов. Цикл философских трудов, задуманный Цицероном, разрабатывал, главным образом, проблемы морали и почти не касался тал называемой «физики», то есть истории и структуры Вселенной. Цицерон, конечно, ощущал здесь определенный пробел; он взялся за перевод «Тимея», чтобы если не заполнить его, то хотя бы обозначить. Отсюда ссылка на Нигидия, который ставил ему в вину, по словам Цицерона, недостаточное внимание к физическим проблемам.
Неотъемлемую часть природы составляли боги; изучение их тоже входило в область «физики», ведь «физика» происходила от слова «фюсис», которым греки обозначали природу. Этой стороне «физики» Цицерон посвятил особое сочинение в трех книгах «О природе богов». Он начал работать над ним, по-видимому, в конце августа и закончил скорее всего в начале следующего года, во всяком случае, до смерти Цезаря 15 марта 44 года. Цицерон приводит вымышленный диалог, свидетелем которого он якобы был вскоре после возвращения лэ Греции в 77 или 76 году. В начале года во время торжественного собрания латинских городов, некогда объединившихся под главенством Альбы Лонги, сошлись три видных римлянина: Гай Веллей, эпикуреец, Квинт Луцилий Бальб, стоик, и Гай Аврелий Котта, последователь Академии, чтобы обсудить вопрос о природе божественного. В разговоре, как видим, снова представлены все те же три главных философских учения эпохи. Последовательность обсуждения и его план строятся так же, как в диалоге «О пределах добра и зла». В первой книге излагаются взгляды эпикурейцев, которые отрицали вмешательство богов в человеческие дела и видели в них своего рода статистов, погруженных в блаженное безделье и полное бездействие. В разговор вмешивается Котта, дабы опровергнуть подобные взгляды.
Монолог Бальба, в котором излагается теология стоицизма, занимает всю вторую книгу. По мнению стоиков, боги правят миром и пристально занимаются делами людей. Разумное начало, существующее в каждом человеке, не может быть порождением косной материи, оно имеет божественное происхождение. Да и все устройство мира нельзя объяснить, не допустив вмешательства Разума, который порождает растения и животных, умеряет жару и холод, делает возможной самое жизнь. Существование творческого разума явствует из той гармонии, с которой движется небесный свод и светила по нему, Заключительную речь произносит Аврелий Котта; он начинает с критики стоиков и, в частности, говорит, что благодеяния, оказываемые нам богами, с лихвой уравновешиваются несчастьями, которые обрушиваются на голову человека с их же соизволения. Мы видим висящие в храме посвятительные надписи в честь богов, которые спасли моряков во время бури; но тех надписей, что не вывесили погибшие, мы не видим, а их ведь было бы гораздо больше. Котта — понтифик, и говорит он все это не для того, конечно, чтобы подорвать религиозные верования, а потому, что следует, по собственному признанию, «мнению предков и предпочитает то, во что верили великие понтифики Тиберий Корунканий, Публий Сципион, Публий Сцевола, тому, что говорили Зенон, Клеанф или Хрисипп». Существование Рима и судьба его доказывают, что создан он под покровительством богов и что боги на всем протяжении истории города были к нему благосклонны. Убеждение в истинности традиционной религии не требовало доводов разума. И потому последователи Академии и Цицерон в их числе могли сводить концы с концами в рассуждениях на эту трудную и опасную тему. Из рассуждений их вытекало, однако, следующее существенное положение: боги могут обеспечить нам покровительство Фортуны, тем самым успех в наших предприятиях, но обретение мудрости зависит только от нас самих. Мы возводим святилища Разуму, Гражданской Доблести, Доброй Вере (Bona Fides), но истинная их жизнь — в нас самих.