После ухода русских войск бакинский хан опять признал своим верховным владыкой персидского шаха и в доказательство верности приказал умертвить нескольких русских купцов. В 1800 году к городу пришел русский военный корабль. Несколько ядер, прилетевших в город, убедили Гуссейн-хана в необходимости вновь признать себя российским подданным. Но как только фрегат под Андреевским флагом скрылся за горизонтом, в Бакинском ханстве нашел приют грузинский царевич Александр, который являлся в те годы знаменем борьбы против России.
Всем владетелям, принявшим присягу, объявили, что они по своему желанию могут перебраться на постоянное жительство в Россию. Из всего населения края этим приглашением воспользовалось только 500 армянских семейств, получивших по 30 десятин земли, освобождение от рекрутчины и льготы по налогам и податям. Слово «отчаяние» не может передать то состояние, в котором оказались в начале 1797 года все, кто сотрудничал с русскими. Сам царь Ираклий, многие князья и дворяне считали новое нашествие персов неминуемым. Они готовили себе убежища в труднодоступных местностях, не помышляя об организации отпора. Немногим лучше чувствовали себя дагестанские и азербайджанские владетели, узнавшие, что Ага-Магомет-хан намеревается переселить их подданных внутрь Персии, а все аулы стереть с лица земли. И действительно, шах-изувер начал планомерно претворять в жизнь свое намерение. Первой жертвой стал шушинский хан — его замучили до смерти. Хан Эриванский избежал гибели, но его отправили вместе с семьей на афганскую границу. Правителей Гянджи и Баку бросили в темницу в ожидании казни. Талышский Мир-Мустафа-хан перебрался на малопригодный для обитания остров Сары под защиту пушек русских военных кораблей и наблюдал за тем, как персы и их союзники разоряют его владения. Скорее всего, весной 1797 года Закавказье действительно ждало новое катастрофическое нашествие, но Ага-Магомет-хан был убит заговорщиками.
Персидский поход — очень важное событие в биографии Цицианова. Князь приобрел неоценимый опыт походов в Закавказье. Можно считать справедливыми слова П. Зубова о роли Персидского похода в жизни князя: «Если война сия не присовокупила блеску к победоносным лаврам его, по крайней мере новые средства приумножили его опытность, предприимчивость и мужество, и впоследствии служили ему великой помощью в трудных обстоятельствах». Цицианов увидел, что для «склонения» местных владетелей на присягу верности требуется не так уж и много усилий, но для удержания их в этой самой верности надо немало потрудиться. Главным же следствием Персидского похода 1796 года стала возросшая неуверенность местных владык в «вечности» российского присутствия. Азербайджанцы, армяне, грузины и дагестанцы видели, как императорские войска уходили, не проявляя особых забот о тех, кто с ними сотрудничал. Более того, не мог чувствовать себя в безопасности даже тот, кто не проявил себя борцом с гяурами. На Кавказе помнили, что русские полки два раза приходили в Грузию и два раза уходили восвояси. Не исключено, что до этого региона докатились известия о том, что и на Балканах после окончания Русско-турецких войн граница между Россией и Портой проходила вовсе не там, где останавливались русские войска, и все, кто с ними сотрудничал, испытали на себе тяжкое возмездие турецких властей. Знали на Восточном Кавказе и то, что крепость Анапа, взятая в 1791 году И.В. Гудовичем, была возвращена под власть султана. Эти обстоятельства надо постоянно помнить при оценке положения Цицианова на Кавказе позднее, в 1802—1806 годах. Да, генерал был красноречив и храбр, да, боги войны были к нему благосклонны, да, русские солдаты явно действовали лучше персидских сарбазов. Но эти самые солдаты неоднократно исчезали как мираж. Почему бы им было не исчезнуть еще раз?