В XVII веке монастырь стал одним из центров раскола церкви. Постепенно здесь собрались монахи, не принявшие церковной реформы патриарха Никона, беглые крестьяне, стрельцы и солдаты, участники восстания Степана Разина. Был послан царский карательный отряд, который овладел крепостью только через восемь лет осады – в 1676 году. Из пятисот человек участников восстания в живых в крепости осталось только 60 человек, которые все были казнены. Потом долгие годы эти места стали местом ссылки противников царского режима.
Была даже показана одинокая камера, в которой шестнадцать лет просидел последний атаман Запорожской Сечи Петр Калнышевский. Прогулки ему полагались только три раза в год – на Рождество, Пасху и Преображение. Был он сослан князем Потемкиным, фаворитом Екатерины Второй, «за буйство и нарушение гражданских порядков». Хотя перед этим запорожцы вместе с русскими войсками успешно воевали против Турции и кошевой атаман удостоился высшей награды империи – ордена Андрея Первозванного – и звания генерал-лейтенанта, Екатерина Вторая не смогла дальше терпеть Сечь – «малороссийский рассадник казацкой вольности».
После этого каменного мешка Петра Ивановича, уже слепого, перевели в обычную камеру, где он просидел еще девять лет, пережив и Потемкина и Екатерину. Когда его выпустили на волю, он отказался возвращаться на материк. Глубоко верующий кошевой атаман сказал: «Мне здесь умирать лучше», - и умер в возрасте 112 лет.
Всего отсюда узниками было совершено только два удачных побега, так как в холодных водах Белого моря беглецы замерзали и шли на дно.
Дважды здесь бывал царь Петр I. После Крымской войны побывал здесь и царь Александр II и подарил монастырю колокол за героическую оборону крепости. В 1854 на неё с моря напали английские корабли. Тогда к Соловкам подошли два шестидесятипушечных фрегата и предложили русским сдаться. Иноки ответили отказом и выкатили две пушки. Бой длился два дня и позже английский капитан рассказывал, что они выпустили по монастырю две тысячи снарядов и бомб. Их вполне бы хватило на разрушение нескольких европейских городков. Но стены - семиметровые у основания и четырехметровые вверху - выдержали эту страшную бомбардировку и англичане ретировались. Неразорвавшееся ядро обнаружили за иконой Богородицы. Все это окончательно уверило людей в благом участии Господа.
К началу XX века здесь постоянно проживало около тысячи монахов и несколько сот наемных рабочих. Каждый год сюда прибывало паломников по пятнадцать тысяч человек. Работала своя радиостанция, метеостанция, гидроэлектростанция, литография, биостанция, ботанический сад и училище для детей.
После октябрьского переворота 1917 года новая власть объявила войну церкви и всему верующему народу. Монастырь был закрыт, богослужения запрещены.
Они осмотрели Никольскую, Успенскую церкви и Трапезную палату. Затем Спасо-Преображенский собор и церковь Благовещения.
Немцы учтиво выслушали рассказ экскурсовода и по окончании экскурсии стали задавать через Ларису вопросы. Их больше интересовал тот период, когда после октябрьской революции с 1929 года здесь был лагерь и тюрьма особого назначения, какое количество здесь находилось заключенных, и сколько из них было казнено. Экскурсовод сказала, что действительно здесь были лагерь и тюрьма и указала на еще сохранившееся пулеметные вышки и звезды на башнях вместо крестов. Затем в 1943 году из числа заключенных формировались отряды штрафников и отправлялись на фронт. После этого была образована школа юнг Северного флота, среди которых были будущий писатель Валентин Пикуль и певец Борис Штоколов. В 1967 году этот монастырь объявили музеем. Сейчас этот заповедник готовится к возвращению Русской православной церкви. Вновь откроется Спасо-Преображенский мужской монастырь. О количествах заключенных и казненных она не знает, так как эта информация находится в закрытых архивах.
Один из историков спросил о том, что по их сведениям здесь доктора наук проводили опыты над людьми. Разрабатывали рабскую инъекцию с целью сделать народ покорным, лишить сознания.
Другой задал вопрос, в каких условия содержали заключенных, и правда ли, что здесь в сильные морозы узники лежали штабелями друг на друге, чтобы согреться, а наутро тех, которые были внизу и задохнулись, выбрасывали в море.
Экскурсовод ответила, что также не располагает такой информацией. Немцы явно были разочарованы такими ответами.
Назавтра им предложили прогулку на лодках по озерам острова. Они посовещались между собой и отказались. Предпочли самостоятельную пешеходную прогулку. Лариса оказалась свободной и они вдвоем с Сергеем по просеке пошли вглубь острова. Вдоль всей их дороги с двух сторон стояли приземистые карельские березы с бородавчатыми утолщенными наплывами на стволах. Так дошли до лодочного причала, где им предложили лодку, и они довольно долго плавали по каналам и озерам. Любовались суровой северной природой.