В 1880-х годах началось царствование Александра III, запуганное общество обрадовалось «сильной руке», вместо конституции страна получила «Положение о мерах к охранению государственной безопасности», в университетах запрещали многие предметы, включая антропологию. Журнал «Научное обозрение» в 1895 году хотел издать «Происхождение человека» — запретили. Потом маятник начал обратный ход: в 1896-м в издательстве Филиппова вышел перевод второго издания «Происхождения человека» и издания пошли ежегодно, в 1896-м в типографии Пороховщикова вышла дарвиновская «Автобиография», из которой, правда, были исключены фрагменты о религии. Собрание сочинений Дарвина выходило до революции четырежды.
Вектор научной критики Дарвина в 1890-х годах сменился, «борьбу» перестали оспаривать, зато взялись за отбор. А. Н. Бекетов и П. Ф. Лесгафт считали, что новые виды появляются под прямым влиянием среды, без отбора, как у Ламарка, к тому же клонился Тимирязев. Зоопсихолог В. А. Вагнер изложил занятную теорию, что из материнского инстинкта морали произойти не могло, ибо дети — враги матери и она ведет против них борьбу. А. С. Фаминцын предложил теорию симбиогенезиса: сложные организмы появились в результате соединения простых, его поддержал ботаник К. С. Мережковский. И тут грянула мутационная теория; ее русский родитель С. И. Коржинский, в отличие от де Фриза, противопоставил ее «дарвинизму»: мутациями движет непознаваемая «жизненная энергия». В ответ Тимирязев развернул борьбу с «мутационистами», а тем временем Мечников стал «дарвинистом» и свое главное открытие, фагоцитоз, назвал проявлением естественного отбора; он «мутационистов» приветствовал. М. А. Мензбир, Н. А. Северцов, В. И. Талиев, А. С. Серебровский, В. М. Шимкевич тоже считали, что Дарвин и генетика дополняют друг друга: наша ранняя генетика смотрела на вещи шире, чем европейская. Ботаник Р. Р. Регель в общих чертах изложил то, что потом назвали СТЭ; ботаник О. В. Баранцкий сказал, что открытые Дарвином законы занимают то же место в биологии, что аксиомы в математике: «Современная критика направлена не на эволюцию, а на различные неверные истолкования ее механизмов».
В начале XX века зашаталась империя, маятник вновь качнулся в сторону страха и «закручивания гаек», хлынула новая волна идеологической критики Дарвина. Богослов С. С. Глаголев заявил, что де Фриз и Мендель «опровергли дарвинизм», Тихомиров писал: «После временного ослепления биология возвращается к представлению о человеческой природе как стремлению достичь идеала». Биологи в тот период о Дарвине особо не спорили, им было некогда. И после революции мощная, блистательная русская наука не погибла; по большому счету, для биологов ничего не изменилось. Ю. А. Филипченко, с 1913 года читавший генетику в Санкт-Петербургском университете, в 1919-м основал кафедру генетики, в 1921-м — Бюро по евгенике, в 1930-м реорганизованное в Лабораторию генетики АН СССР, потом в Институт генетики. Вавилов продолжал начатые до революции эксперименты. Директор Института экспериментальной биологии Н. К. Кольцов, в 1920-м приговоренный к расстрелу по делу «Тактического центра», был освобожден и в 1927-м выдвинул гипотезу, что хромосома с генами — это самокопирующаяся молекула; С. С. Четвериков в 1926-м основал популяционную генетику, И. А. Рапопорт начал исследования химического мутагенеза, А. С. Серебровский и Н. П. Дубинин открыли, что гены мутируют независимо друг от друга, Дубинин предложил гипотезу генного дрейфа.
Никто не требовал, чтобы советские ученые соглашались или не соглашались с Дарвином. Северцов и Шмальгаузен пытались его разграфить и упорядочить: отбор бывает стабилизирующий и творческий, борьба активная и пассивная и так далее. Филипченко отрицал естественный отбор. Против «отжившего дарвинизма» выступал энтомолог А. А. Любищев: «…построение системы из философии Дарвина оказалось иллюзией, надо строить систему, отрешившись от эволюционного подхода» (он повторил мысль раннего Хаксли: вид — это развитие «идеи вида»). Классик русского антидарвинизма Берг отрицал отбор и борьбу: «Присутствие и развитие на Земле организмов связано с идеей Добра. Все живое представляет собой ценность; заключается она в идее Добра, которую призвано осуществлять все живое». Из воспоминаний его дочери Р. Л. Берг: «…[отец] говорил, что теория Дарвина вредна для человечества, так как в применении к человеку санкционирует борьбу как фактор прогресса… Я говорила, что… борьбу за существование Дарвин понимал не в буквальном смысле, а как соревнование. Соревноваться можно и по взаимопомощи, что виды и делают. Выживают те, где взаимопомощь, включая заботу о потомстве, наиболее совершенна. Взаимопомощь — это средство победить в борьбе. Такого Лев Семенович и слышать не хотел и сердился».