Главным событием 1898 года стало участие «Азова» в передаче русскому флоту Порт-Артура. Именно «Память Азова» своим салютом приветствовал Андреевский флаг, который 16 марта на мачте Золотой Горы поднял великий князь Кирилл Владимирович.
В Порт-Артуре крейсер простоял всю весну и лето, после чего, после нормализации обстановки, возобновил стационарную службу в других портах.
В конце 1899 года крейсера на Тихом океане сменили броненосцы, и «Память Азова» решено было вернуть на Балтику. 28 ноября крейсер вышел из Владивостока и в следующем году с открытием весенней навигации встал на рейде Кронштадта.
В 1900 году решено было перевооружить корабль, заменив котлы и освободив их от устаревшей магистральной трубы водоотливной системы. Летом 1901 года крейсер в качестве флагмана Учебного артиллерийского отряда принимает участие в показательных маневрах флота.
Особый статус корабля обеспечивал блестящую карьеру и его командирам. Практически все командовавшие «Памятью Азова» до событий лета 1906 года офицеры впоследствии вышли в адмиралы. Первый командир крейсера Н. Н. Ломен сразу же по восшествии на престол Николая II станет его флаг–капитаном и контр–адмиралом. Следующим командиром крейсера стал известный в будущем флотоводец, командующий Черноморским флотом вице–адмирал Г. П. Чухнин. Именно Чухнину выпадет нелегкая доля усмирять в 1905 году мятежи на «Потемкине» и «Очакове». До трагических событий на своем родном корабле он не доживет, став жертвой террориста. Адмиральские эполеты надел впоследствии и следующий командир «Памяти Азова» — В. А. Вирениус. Еще одним командиром «Памяти Азова» был и А. Г. Нидермиллер. Затем Нидермиллер был первым командиром новейшего эскадренного броненосца «Бородино». Впоследствии он исполнял обязанности начальника Главного морского штаба, а в 1908 году был уволен с чином вице–адмирала. После революции находился в эмиграции и умер в 1937 году. На «Памяти Азова» в 1895–1897 годах служил старшим офицером и Евгений Александрович Трусов — будущий командир броненосного крейсера «Рюрик», героически погибший в бою с японскими крейсерами 1 августа 1904 года.
С началом Русско–японской войны «Память Азова» под командованием капитана 1–го ранга Сильмана был предварительно включен в состав 3–й Тихоокеанской эскадры, но техническое состояние не позволило крейсеру быстро закончить ремонт, и по этой причине он не участвовал в трагическом Цусимском сражении. Нам не трудно предположить судьбу корабля, дойди он до Цусимского пролива, но судьба в тот раз уберегла любимый корабль императора.
В 1904 году крейсер встал на капитальный ремонт, в ходе которого на Франко—Русском судостроительном заводе на нем были заменены котлы и паротрубопроводы, установлены две мачты вместо трех и оборудование для ведения с корабля минных поставок. Отныне крейсер уже не нес никаких парусов, став полностью паровым кораблем.
Так как после поражения в войне у нас на Балтике практически не осталось флота, выйдя из капитального ремонта в 1906 году, крейсер приступил к усиленной боевой подготовке в составе Минно–учебного отряда. Теперь «Памятью Азова» командованием капитан 1–го ранга А. Г. Лозинский. Свой брейд–вымпел на крейсере поднял и командир минно–торпедного отряда капитан 1–го ранга Дабич. Это был опытнейший офицер. Всю русско–японскую войну он достойно командовал броненосным крейсером «Громобой» и в бою с эскадрой Камимуры получил 17 ранений (более 100 мелких осколков в теле!). В 1906 году он еще толком не оправился от многочисленных ран, но уже снова был на ходовом мостике!
Российский флот переживал в ту пору нелегкие времена. Трагедия Порт-Артура и особенно Цусимы негативно отразились на моральном состоянии моряков. Морской офицерский корпус России в целом и офицерский состав «Памяти Азова» в частности находился в подавленном состоянии. Из–за резкого сокращения боевого состава многие офицеры были вынуждены уйти в отставку, так как им просто не на чем было служить. Среди матросов царило разочарование, как в своих начальниках, так и во власти в целом. На фоне этого в матросскую среду стали проникать всевозможные революционеры. Назревали события, каких еще никогда ранее не было в отечественном флоте.