Суть обвинений против Зорге, кроме общего заговора с Одзаки, Клаузеном, Вукеличем и Мияги с целью сбора информации в Токио и других районах и снабжения ею иностранной державы, «зная, что эта информация могла быть использована против интересов национальной обороны», состояла также в передаче государственных секретов, что представляло собой «серьезнейшее из преступлений, совершенных обвиняемым».
Суд сосредоточился на двух секретах, которые Одзаки передал Зорге: решениях Имперского совещания от 2 июля 1941 года и японских «Предварительных предложениях Соединенным Штатам». Согласно Закону о национальной безопасности, подобные действия караются смертной казнью.
В суде ни разу не упоминалось о связях Зорге с 4-м Управлением Красной Армии и лишь кратко говорилось, что он получил некие документы военного значения от генерала Матски — военного атташе германского посольства в Токио. Таким образом, суть дела свелась к деятельности группы Зорге летом и осенью 1941 года и рассматривалась в прямой связи с историческим решением правительства Тодзио нанести удар на юг, в Тихом океане и против Соединенных Штатов, а не в Сибири, против Советского Союза.
Расследование этого выдающегося достижения Зорге и Одзаки открыло японским властям и правительству, к их великой тревоге, опасную возможность воздействия этого дела на японскую политику и привело не только к аресту Сайондзи и Инукаи, но и к приостановлению действия гражданских прав самих Зорге и Одзаки.
Оба обвиняемых надеялись, что их, как членов международной коммунистической организации, будут судить по Закону о сохранении мира, поскольку это обвинение не влекло за собой смертной казни. Но как только дело оказалось в суде, сразу проявились зловещие изменения в тактике министра юстиции. Зорге, в частности, сделал последнюю попытку защиты в своем заявлении: «Следует напомнить, что переговоры между японцами и американцами н6 были секретными. Вопрос этот дискутировался как в японских, так и в американских газетах. Было хорошо известно, что американский посол Грю активно действовал за кулисами… Я сам получил указания из «Франк-фуртер Цайтунг» предоставить полный отчет о переговоpax, особо обратив внимание на американское посредничество между Японией и Китаем. Я отправлял длинные телеграммы, и ни одна из них не цензурировалась».
Такая же информация, которую Зорге отправлял в Советский Союз, собиралась добровольно и более или менее открыто. Зорге так подвел итог своей защите:
«Японские законы — объект для интерпретации, и интерпретировать их можно или широко, или строго следуя их букве. И хотя, строго говоря, утечки информации и могут наказываться по закону, на практике японская общественная система не подразумевает ответственности за хранение секретов, и потому я считаю, что при составлении обвинительного заключения недостаточное внимание было уделено нашей деятельности и природе той информации, которую мы получали. Данные, которыми снабжал нас Вукелич, не были ни важными, ни секретными; он приносил лишь те новости, что хорошо известны любому корреспонденту. То же можно сказать и о Мияги, который по своему положению не мог иметь доступа к государственным секретам. То, что можно назвать информацией политического характера, обеспечивалось Одзаки и мною».
«Я добывал информацию в германском посольстве, но я еще раз хочу подчеркнуть, что вряд ли ее можно отнести к разряду «государственных секретов». Ее давали мне добровольно. Для ее получения я не прибегал ни к какой стратегии, за которую меня следовало бы наказать. Я никогда не применял силу или обман. Посол Отт и полковник Шолль просили меня помочь им в написании отчетов, особенно Шолль, который мне очень доверял и просил меня прочитывать его собственные отчеты, прежде чем отослать и в Германию. Что до меня, я очень доверял этой информации, поскольку ее составляли и оценивали компетентные люди — военный и военно-морской атташе — для использования в германском генеральном штабе. И я уверен, что японское правительство, сообщая какую-либо информацию германскому посольству, предполагало возможность ее утечки».