Разногласия начались буквально после взятия Екатеринодара. Вступление победителей в кубанскую столицу было обставлено как театральное представление, призванное продемонстрировать единство кубанцев и добровольцев. Во главе колонны бок о бок ехали генерал Деникин и атаман Филимонов, за ними — члены кубанского правительства в паре с соответствующими чинами Добровольческой армии. Над атаманским дворцом вновь взвился сине-малиново-зеленый кубанский флаг. Над соседним зданием, где размещалось добровольческое командование, было поднято полотнище российских национальных цветов. Но эта идиллия продолжалась недолго.
Добровольческое командование и кубанские власти в равной мере претендовали на роль хозяина края.
Деникин, чтобы не обострить отношений с кубанскими политиками, сдерживал себя. Об этом свидетельствует его письмо Кубанскому атаману Филимонову:
«Милостивый государь, Александр Петрович!
Трудами и кровью воинов Добровольческой армии освобождена почти вся Кубань. Область, с которой нас связывают крепкими узами беспримерный Кубанский поход, смерть вождя и сотни рассеянных по кубанским степям братских могил, где рядом с кубанскими казаками покоятся вечным сном добровольцы, собравшиеся со всех концов России. Армия всем сердцем разделяет радость Кубани.
Я уверен, что Краевая рада, которая должна собраться в кратчайший срок, найдет в себе разум, мужество и силы залечить глубокие раны во всех проявлениях народной жизни, нанесенные ей изуверством разнузданной черни. Создаст единоличную твердую власть, состоящую в тесной связи с Добровольческой армией. Не порвет сыновней зависимости от Единой Великой России. Не станет ломать основное законодательство, подлежащее коренному пересмотру в будущих всероссийских законодательных учреждениях и не повторит социальные опыты, приведшие народ ко взаимной дикой вражде и обнищанию.
Я не сомневаюсь, что на примере Добровольческой армии, где наряду с высокой доблестью одержала верх над „революционной“ свободой красных банд воинская дисциплина, воспитаются новые полки Кубанского войска, забыв навсегда комитеты, митинги и все те преступные нововведения, которые погубили их и всю армию. Несомненно, только казачье и городское население области, ополчившееся против врагов и насильников и выдержавшее вместе с Добрармией всю тяжесть борьбы, имеет право устраивать судьбы родного края. Но пусть при этом не будут обездолены иногородние: суровая кара палачам, милость заблудившимся темным людям и высокая справедливость в отношении массы безобидного населения, страдавшего, так же как и казаки, в темные дни бесправия.
Добровольческая армия не кончила свой крестный путь. Отданная на поругание советской власти Россия ждет избавления. Армия не сомневается, что казаки в рядах ее пойдут на новые подвиги в деле освобождения Отчизны, краеугольный камень чему положен на Кубани и в Ставропольской губернии.
Дай Бог счастья Кубанскому краю, дорогому для всех нас по тем душевным переживаниям — и тяжким, и радостным, которые связаны с безбрежными его степями, гостеприимными станицами и родными могилами.
Уважающий вас А. И. Деникин».
Главком поручил юристу профессору К. Н. Соколову создать «Временное положение об управлении местностями, занимаемыми Добровольческой армией». Специальный раздел в нем был посвящен статусу Кубани. Согласно документу, краю давалась широкая автономия. Командующему Добровольческой армией отдавались вопросы международных связей, командования вооруженными силами, уголовное и гражданское законодательство, связь и пути сообщения государственного значения. Одновременно генерал отклонил идею о Северо-Кавказском союзе между Добровольческой армией и Кубанью.
Однако такая лояльная политическая линия Деникина не нашла понимания у кубанских политиков. Быч безапелляционно заявил Алексееву: «Помогать Добровольческой армии значит вновь готовить поглощение Кубани Россией».
Похоже, ситуация с поиском взаимоприемлемых решений зашла в политический тупик. На специально созванном для этого 26 октября (8 ноября) 1918 года совещании выяснилось полное расхождение позиций сторон. Кубанские представители дали понять, что добровольческое командование контролирует лишь Ставропольскую губернию и потому не может выступать от имени всероссийской власти. В итоге попытка объединения сорвалась. Кубань по-прежнему продолжала оставаться формально независимым государством.