Для предотвращения появления под именем Дмитрия новых самозванцев Василий Шуйский приказал перенести в Москву мощи убиенного царевича, которого церковь причислила к лику святых. Но народ уже сомневался в их подлинности, ибо по стране настойчиво бродили слухи о якобы «воскрешении» Лжедмитрия I. Исходили они от появившегося в июне 1607 года в городе Стародубе-Северском человека, назвавшегося Андреем Нагим, родственником последней жены Ивана Грозного. Когда же его жители, угрожая пришельцу пыткой, потребовали указать им царя, то он сам объявил себя Дмитрием и, как ни странно, был сразу торжественно признан. На сторону нового самозванца стали переходить ближайшие города, а вскоре у него появилось и войско. Дело в том, что под знамя Лжедмитрия II стали стекаться поляки – участники мятежа против короля Сигизмунда III, поддерживавшие Лжедмитрия I, которые после его поражения не могли вернуться домой под страхом смертной казни. Среди них были будущие гетманы Маховецкий и Рожинский, воеводы Хмелевский и Адам Вишневецкий, а также приведший пятитысячный отряд запорожцев Заруцкий. Они хорошо знали, что «царь» был ненастоящим, и под именем Дмитрия на этот раз выступал крещеный еврей Богданко (Богдачко), служивший помощником попа в городе Шклове, а затем учительствовавший в Могилеве. Но, сделав слабовольного Лжедмитрия II игрушкой в своих руках, они могли добиться личных целей и поэтому поддержали его.
Однако новый самозванец был ставленником вовсе не польских магнатов, а своих же, русских, которые организовали новый мятеж, чтобы сместить «выкрикнутого» толпой Шуйского. Центром его стал Путивль. Из него по всей стране рассылались грамоты, призывающие к борьбе с Шуйским. Вождем мятежа стал казачий атаман Иван Болотников, который получил от Лжедмитрия II грамоту о назначении его главным воеводой путивльского войска. С ним он отправился к Москве. Хотя историки долгое время называли поход Болотникова первой крестьянской войной в России, в его войске было не так уж много крестьян. В основном оно состояло из дворян и служивого люда. Летом 1607 года мятежникам удалось разгромить правительственную армию и осадить столицу. Пять недель болотниковцы терзали москвичей голодом и артобстрелами, но взять Москву так и не смогли и вынуждены были отойти к Калуге.
Василий Шуйский поначалу недооценил угрозу от нового самозванца. Только 10 октября 1607 года его войска взяли Тулу, где находились остатки повстанческой армии Болотникова, но вместо того, чтобы двинуться на самозванца и разбить его, они торжественно вернулись в Москву. В результате весной 1608 года царские войска были разбиты Лжедмитрием II под городом Болховом. Тогда царь выслал против него два отряда под командованием своего племянника Михаила Скопина-Шуйского и Ивана Никитича Романова. Но в них оказались предатели: князья Юрий Трубецкой, Иван Катырев и Иван Троекуров (двое последних были родственниками Романовых) вошли в число заговорщиков, хотевших примкнуть к самозванцу. Их схватили, но напуганный заговором царь велел войскам, не принимая сражения, вернуться в Москву.
Между тем 11 июня 1608 года войско Лжедмитрия II остановилось лагерем в подмосковном селе Тушино, которое стало его временной столицей. Здесь самозванец создал свой дворцовый штат, Боярскую думу, в которую вошли князья Трубецкие, Михаил Салтыков и многие родственники Романовых. Появился у Лжедмитрия II и свой патриарх – им стал захваченный в плен в Ростове митрополит Филарет (в миру Федор Романов), который признал в самозванце законного государя. Таким образом, в стране фактически сложилось двоевластие: царь Василий был не в силах справиться с тушинцами, а Лжедмитрий II не мог взять Москву. Военные столкновения не давали результата ни той, ни другой стороне.