В этих обстоятельствах немаловажным событием стало подписание Шуйским в июле 1608 года перемирия с поляками на четыре года, по которому оба государства оставались в прежних границах и обязывались не помогать самозванцам. Польский король должен был отозвать из Руси всех поляков, а царь – отпустить всех поляков, захваченных в мае 1606 года в Москве. Юрию Мнишеку предписывалось не признавать своим зятем Лжедмитрия II, дочь свою ему не выдавать, а ей самой – не называться московской государыней. Но вскоре отец и дочь Мнишеки очутились в Тушино. Марина «узнала мужа», что значительно укрепило позиции самозванца.
Тем не менее не все складывалось для Лжедмитрия II так уж удачно. Немного спустя обстановка начала меняться не в его пользу. Из Москвы шли воззвания, призывающие бороться за царя Василия и православную веру, попираемую «латынами» и «ворами». Жестокость и насилие тушинских воевод, назначенных самозванцем и усиленно выколачивающих из населения различные сборы, идущие в основном в их карман, переполнили чашу терпения. К концу 1608 года в Поволжье началось восстание против Тушинского вора (так прозвали Лжедмитрия II в народе). Со своей стороны, для борьбы с ним царь Василий обратился за помощью к шведскому королю, пообещав за это Швеции отказаться от Ливонии и Корелы. Прибытие весной 1609 года пятитысячного отряда шведов позволило М. Скопину-Шуйскому более решительно действовать против самозванца: от его войск были освобождены Тверь, Переяславль и Александровская слобода. Но появление на политической сцене Швеции одновременно дало повод Сигизмунду III открыто начать войну против Московского государства. Однако теперь польский король уже не намеревался поддерживать «законную царицу» Марину Мнишек. Пользуясь смутой, он надеялся посадить на московский престол своего сына Владислава.
Вторжение польского войска привело к полному разладу в стане самозванца. Власть в нем окончательно перешла к полякам во главе с Рожинским, а Лжедмитрий II и Марина Мнишек фактически превратились в пленников. В конце декабря 1609 года в Тушино начались переговоры с королевскими послами, в которых участвовал патриарх Филарет. Самозванца на них не допустили, да еще пригрозили расправой. Испугавшись, он переоделся в крестьянскую одежду и бежал в Калугу. 4 февраля 1610 года под Смоленском тушинцы подписали договор о передаче власти Владиславу, а в марте Рожинский поджег тушинский лагерь и двинулся навстречу Сигизмунду III.
Между тем русско-шведское войско во главе с Михаилом Скопиным-Шуйским 12 марта с триумфом вошло в Москву. Толпа народа вышла встречать героя с хлебом-солью, назвав его освободителем и спасителем отечества. Сам царь прилюдно обнял и расцеловал князя. Но вскоре его отношение к прославленному родственнику резко изменилось. Дело в том, что после разгрома мятежников стали поговаривать о том, что этот талантливый полководец мог бы успешно сменить на престоле нынешнего царя. А тут еще Василию Шуйскому нагадали, что после него будет царствовать на Руси царь Михаил (теперь-то мы знаем, что им действительно стал Михаил, но не Шуйский, а Романов). Все это конечно же не прибавило князю царской любви. Соперника надо было срочно устранить. И уже 23 апреля Скопин-Шуйский был отравлен. На его похоронах царь лил слезы и громко причитал от горя (ведь, будучи бездетным, он потерял не просто племянника, а единственного наследника престола), но в его искренность никто не верил.
А дальше – все покатилось, как с горы. 24 июня русско-шведское войско потерпело поражение от поляков у деревни Клушино. А в самой Москве созрел заговор против царя Василия, направляемый Филаретом Романовым. В результате 17 июля 1610 года его свергли, насильно постригли в монахи и спровадили в Польшу, где он 12 сентября 1612 года скончался при странных обстоятельствах: по официальной версии, смерть его произошла «нужным страданием». В действительности историки единодушно полагают, что Шуйский и все находящиеся с ним в Польше родственники были один за другим убиты, чтобы не осталось нежелательных претендентов со стороны этого рода на русский престол.
После свержения Шуйского власть в Московском государстве перешла к боярскому правительству – Семибоярщине, которое заключило договор с Сигизмундом III, признававший русским царем его сына – 15-летнего королевича Владислава. В ночь на 21 сентября 1610 года бояре предательски впустили в Москву польские войска. Но, несмотря на то что москвичей под угрозами заставили присягнуть поляку, занять русский престол он так и не смог. Насильственно «избранный» иноземец был чужд россиянам. К тому же получившие реальную власть польские военачальники и их пособники из русских бояр стали по всей стране творить беззаконие: обирать население, резать скот, сжигать города и села, зверски убивать и угонять в плен жителей, издеваться над православной церковью и русскими обычаями. В ответ на это в народе зазвучали призывы к свержению польского гнета: «Мы по глупости выбрали ляха в цари, однако ж не с тем, чтобы идти в неволю к ляхам; время разделаться с ними!» Крестьяне и служилые люди стали собираться в шайки и повсеместно нападать на поляков. В рязанской земле этот бродячий люд стекался в отряды «вольного донского атамана» Ивана Заруцкого, который все еще поддерживал «истинного» царя Лжедмитрия II. Правда, было это недолго: когда 11 декабря 1610 года тот был убит на охоте татарином Урусовым, атаман, прихватив его беременную «жену» Марину, бежал в Астрахань. Там у самозванной царицы родился сын Иван – плод ее любви то ли с Лжедмитрием II, то ли с донским атаманом.