Судебная реформа в Эстонии являлась неотъемлемой частью единого процесса восстановления демократии и независимости. Целью реформы было воссоздание современной и эффективной судебной системы, основанной на западноевропейской модели и построенной в соответствии с фундаментальными демократическими принципами. Для этого были необходимы гуманизация законодательства и правовой системы. При проведении судебной реформы эстонцы использовали веками накопленный опыт (это при том, что история суверенной эстонской государственности довольно непродолжительна).
На протяжение столетий маленькая аграрная страна, на территории которой находится современная Эстония, была одной из самых малонаселенных стран Европы, что обусловило ее миролюбивый характер. Это нашло свое отражение в том числе и в специфике раннего эстонского судопроизводства, для которого были характерны широкое распространение разрешения споров мирным путем и мягкость применяемых наказаний. Традиции консенсуса и неуклонное соблюдение этих традиций настолько глубоко укоренились в средневековой Эстляндии, что когда в начале XIII века страна подверглась нашествию сначала крестоносцев, а затем датчан, эсты сделали так, что завоеватели вынуждены были соблюдать местные обычаи и правила, в том числе касающиеся прав землепользования. Последующее пребывание под германским и шведским владычеством оставило свой след в эстонской правовой системе и системе правосудия, в которой угадываются как черты древнего национального права, так и значительное влияние римского права. В XVIII веке, после окончания Северной войны и капитуляции Швеции, эстонские земли (Эстлян-дия и Лифляндия) были присоединены к Российской империи, в составе которой пребывали до 1917 года. 28 ноября 1917 года Временный национальный совет провозгласил себя высшим органом государственной власти в стране, но немецкая оккупация и российская революция затянули начало процесса формирования национальной эстонской судебной системы до конца 1918 года. В 1919 году был создан Национальный Суд, ставший высшим судебным органом Эстонии, вслед за ним была учреждена система административной юстиции. Принятый в 1938 году Акт о судах ознаменовал завершение формирования национальной судебной системы. К этому моменту в Эстонии уже были приняты Уголовный и Гражданский кодексы и соответствующее процессуальное законодательство.
Насильственное включение Эстонии в состав Советского Союза означало не только утрату суверенитета, но и крах национальной судебной системы. Национальный Суд был ликвидирован, Апелляционный Суд (Кохтукода) и окружные суды были заменены соответственно Верховным Судом и народными судами. Районные суды были сохранены в качестве судов первой и второй инстанции. Помимо этого, Уголовный и Гражданский кодексы, равно как и все эстонское законодательство о судах, судьях и судопроизводстве было признано утратившим силу. Вместо этого на территории Эстонии с 1 января 1941 года начали действовать соответствующие кодексы РСФСР и иные законодательные акты. Все судьи и прокуроры были освобождены от занимаемых должностей, и те из них, кто не успел вовремя уехать за границу, были подвергнуты уголовному преследованию. Таким образом, кропотливая двадцатилетняя работа по созданию эстонской судебной системы была сведена на нет примерно за два месяца.