После начала процесса восстановления независимости Эстонии первым наиболее важным актом, имевшим непосредственное отношение к судебной системе страны, стала Декларация о суверенитете от 16 ноября 1988 года, провозгласившая суверенитет Эстонской ССР и означавший, что высшая власть на территории страны принадлежит законодательным, исполнительным и судебным органам государственной власти. 30 марта 1990 года Верховный Совет Эстонской ССР в постановлении «О государственном статусе Эстонии» провозгласил желание населения восстановить независимость страны и признал государственную власть СССР в Эстонии незаконной с момента установления. В своем постановлении от 16 мая 1990 года Верховный Совет Эстонии провозгласил, что судебная система Эстонской Республики должна быть создана в соответствии с пожеланиями народа и общепризнанными нормами международного права.
В 1991 году были приняты законы Эстонской Республики «Об адвокатуре Эстонии», «О судах», «О статусе судьи», «Об Арбитражном суде Торгово-промышленной палаты Эстонии», а также внесены изменения в действующий закон «О полиции». В 1992 году был принят новый Уголовный кодекс Эстонии и внесены изменения в УПК.
Основы судебной системы Эстонии определены в главе 13 Конституции 1992 года, законе о судах и законе о статусе судьи. Судами первой инстанции являются уездные суды и городские суды, рассматривающие гражданские и уголовные дела, а также административные суды. Окружные суды являются судами второй инстанции. Они рассматривают в апелляционном порядке решения и постановления уездных, городских и административных судов и делятся на коллегии в соответствии с категориями рассматриваемых дел. решения по которым принимаются коллегиально. Верховный Суд Эстонии является высшей судебной инстанцией страны, облеченной полномочиями пересматривать решения нижестоящих судов в кассационном порядке и осуществлять функции конституционного контроля. Организационная структура Верховного Суда включает в себя Палату по гражданским делам, Палату по уголовным делам, Палату по административным делам и Палату конституционного контроля, а также Пленум (Генеральную Ассамблею) Верховного Суда Эстонии, в состав которого входят все судьи ВС.
Первые практические шаги в рамках судебной реформы были сделаны 8 декабря 1992 года, когда Рийгикогу (Парламент Эстонии) назначил Председателя Верховного Суда страны. Вновь образованный Верховный Суд собрался на свою первую сессию 27 мая 1993 года в Тарту. 1 октября того же года прекратил свою деятельность эстонский Верховный Суд советских времен, а 15 декабря начала функционировать новая трехуровневая судебная система Эстонии. К концу 1994 года в Эстонии были созданы административные суды (в Таллинне и Тарту), 21 уездный и городской суд и 3 окружных суда (в Таллинне, Тарту и Йыхве), в которых отправляли правосудие 166 судей (32 в административных судах, 101 в уездных и городских судах, 33 в окружных судах и 16 в Верховном суде). К этому моменту эстонский судейский корпус обновился на 67 %, а средний возраст судьи был менее 40 лет. К чести эстонских властей следует отметить, что они незамедлительно осознали важность организации системы повышения квалификации судей, и уже в 1995 году начал функционировать фонд «Эстонский правовой центр», ведавший вопросами повышения квалификации судей на протяжении 14 лет. В 2009 году эту функцию взял на себя Верховный Суд страны. Деятельность по повышению квалификации судей координирует Совет по повышению квалификации судей, состоящий из 9 членов — судей уездных и окружных судов, Верховного Суда, представителей Министерства юстиции, Генеральной прокуратуры и Тартуского университета. Деятельность по повышению квалификации и структура департамента по повышению квалификации организованы сообразно отраслям права и специализации судей — уголовное, гражданское и административное право. Ежегодно в декабре департамент по повышению квалификации информирует всех судей о ежегодной тренинговой программе, после чего судьи могут зарегистрироваться на программу повышения квалификации самостоятельно в режиме онлайн. Как правило, количество судей, которые могут принять участие в программе, не ограничивается. Помимо судей, в программе могут принимать участие помощники судей. При наличии вакансий повышение квалификации могут пройти также прокуроры и государственные служащие Министерства юстиции и Офиса Канцлера юстиции. Повышение квалификации осуществляется в основном в форме лекций, при этом периодически проводятся семинары, круглые столы и иные типы тренингов. В качестве преподавателей приглашаются наиболее опытные судьи и прокуроры, университетская профессура, адвокаты и иные представители юридической профессии.