Прокоммунистически настроенные консерваторы не смирились с фактом избрания Акаева на пост президента. Либералы при этом утверждали, что сторонники жесткой линии старого образца даже пытались побудить русскоязычное население страны взбунтоваться против нового режима, поскольку славянский сегмент населения не мог равнодушно воспринимать стремительный рост кыргызского национального самосознания, последовавший за избранием Акаева. Во время путча, который произошел в Москве в августе 1991 года, кыргызские коммунисты предприняли попытку организовать местный минипутч и свергнуть Акаева, выразившего активную поддержку российскому президенту и демократическим силам. Затея не удалась: Акаев узнал о заговоре и принял соответствующие меры. В результате глава республиканского КГБ, намеревавшийся арестовать группу соратников Акаева, был уволен. Обеспечение безопасности ключевых правительственных зданий и коммуникационных центров, включая центры теле- и радиовещания, было поручено одному из ближайших сподвижников Акаева Феликсу Кулову. Несмотря на полученные инструкции ГКЧП, Акаев велел каждые два часа повторять трансляцию обращения Ельцина по республиканскому телевидению. Сам он также выступил в телеэфире и охарактеризовал происходящее в Москве как военный и коммунистический путч.
В тот же самый день Акаев приступил к сведению счетов с коммунистической партией, активно стремившейся саботировать президентские реформы. Акаев действовал примерно по той же модели, что и Ельцин: был издан ряд указов, в том числе и указ о деполитизации, при этом Генеральной прокуратуре республики было поручено инициировать расследование в отношении руководящей верхушки киргизской коммунистической партии. Деятельность партии была запрещена, ее активы конфискованы, сама же партия была на определенное время выбита из политического процесса. К этому моменту в рядах недовольных Акаевым уже были не только коммунисты. Партии демократического толка, сформированные в основном из этнических кыргызов, также имели претензии к президенту, который, по их мнению, не отдавал должный приоритет интересам коренного населения страны. Акаев, со своей стороны, настаивал на том, что Кыргызстан — это многонациональное государство, и, значит, все этнические группы должны играть свою роль в создании нового имиджа Кыргызстана. Этот новый имидж тоже не всем нравился. С одной стороны, Акаев и его сподвижники желали, чтобы их воспринимали как квазиевропейцев. Именно поэтому, в частности, президент призывал немецкий сегмент населения не покидать страну. С другой стороны, Кыргызстан незамедлительно стал налаживать экономическое взаимодействие с Китаем, результатом чего стало подписание ряда соглашений об экономическом сотрудничестве. Южнокорейские деловые круги также стали проявлять возрастающий интерес к Кыргызстану.