В 1992 году стартовала амбициозная программа приватизации государственных активов и перехода к рыночной экономике. К сожалению, реализация этой программы оказалась под угрозой из-за катастрофического состояния экономики страны. Кыргызстан был очень тесно связан с экономикой СССР, возможно, более тесно, чем другие среднеазиатские республики, и, соответственно, сильнее пострадал в результате прекращения привычных поставок из центра. Политическая элита полагала, что усугубляющийся экономический кризис являлся одним из основных препятствий для создания в стране образцовой демократии. К концу 1992 года спад промышленного и сельскохозяйственного производства достиг 20 %. Массовая безработица постепенно превращалась в реальную угрозу, в особенности с учетом того обстоятельства, что программа приватизации подразумевала закрытие убыточных предприятий. Состоявшаяся в сентябре 1992 года либерализация цен обернулась акциями протеста недовольных граждан. Политические и экономические пертурбации сопровождались серией природных катаклизмов, обрушившихся на Кыргызстан весной и летом 1992 года. Наиболее разрушительным стало землетрясение в горах Сузамир, в результате которого страна понесла огромные убытки. Неоднократно в течение этого тяжелого года руководство республики выражало опасение, что без помощи из-за рубежа выживание страны может оказаться под вопросом.
В 1993 году парламент Кыргызстана принял Конституцию. В качестве формы правления была избрана смешанная (полупрезидентская) республика, а в тексте Основного закона присутствовал ряд трогательно знакомых положений, вызывавших четкие ассоциации с Конституцией России. Например, ч. 7 ст. 71 гласила, что в случае, если Жогорку Кенеш (однопалатный парламент) Кыргызской Республики в течение трех месяцев повторно примет решение о вотуме недоверия правительству Кыргызской Республики, президент объявляет об отставке правительства или распускает парламент. Ч. 3 ст. 42, как и ч. 3 ст. 80 Конституции, нивелировала принцип разделения властей посредством воспроизведения сакральной формулировки «Президент определяет основные направления внутренней и внешней политики государства». Более того, предыдущая Конституция Кыргызстана содержала положение, в соответствии с которым президент давал правительству указания в этой сфере без согласования с представителями других ветвей государственной власти (ст. 71 ч. 1 гласила, что президент вправе выступать на заседаниях правительства, ставить перед ним цели и задачи по достижению основных направлений внутренней и внешней политики государства). При этом ст. 7 Конституции, разумеется, устанавливала в качестве одного из основополагающих принцип разделения властей.
В 1994 году постепенно назревавший конфликт между президентом и парламентом страны стал явным. Когда находившееся в оппозиции президенту парламентское большинство призвало к бойкоту парламентской сессии, президент нанес ответный удар, объявив, что парламент фактически совершил са-мороспуск. В октябре состоялся спешно организованный референдум по вопросу изменения действующей Конституции, в ходе которого избиратели ОДОбрили предпочтительную для президента редакцию поправок. В мае 1995 года прошли парламентские выборы, победу на которых получили сторонники действующего президента. В декабре того же года Акаев одержал убедительную победу на президентских выборах. На время внутриполитические конфликты замерли.
Внешняя политика Кыргызстана носила ярко выраженный миролюбивый характер. Неоднократно обозначая свои намерения создать демократию европейского образца, Акаев стремился сделать страну неким среднеазиатским аналогом нейтральной Швейцарии. В качестве приоритета международных отношений были провозглашены мирное сотрудничество и партнерство. Во внешнеполитической сфере президент открыто заявлял о том, что создание истинной демократии невозможно без политического плюрализма, и поощрял создание и функционирование оппозиционных политических партий. Еще более активно президент приветствовал создание и деятельность независимых средств массовой информации. Отдельного упоминания заслуживают усилия Акаева по предотвращению эмиграции из страны русскоязычного населения. Сначала был основан Славянский университет, в 1994 году была создана Ассамблея народов Кыргызстана, провозгласившая единство интересов всех этнических групп, проживающих на территории страны. Принятые в 2001 году поправки к Конституции наделили русский язык статусом официального языка Кыргызской Республики (государственным языком был провозглашен кыргызский язык).