Що стосується української історичної науки початку часів незалежності, то вона дещо відступила від ідеологізації образу Байди, але продовжувала рух у напрямку з'ясування історичної правди. Той самий Володимир Голобуцький у своєму творі «Запорозьке козацтво», який вийшов вже після отримання Україною незалежності, багато в чому переглядає своє ставлення до Вишневецького. Як писав сам автор, його погляд на постать князя Вишневецького змінився проміж 1957 роком, коли вийшла його праця «Запорожское казачество», і 1993 роком, коли побачила світ оновлена робота «Запорозьке козацтво». В творі 1957 року Голобуцький, підкреслюючи політику українських, польських та литовських феодалів щодо козацтва, навмисно применшив роль таких людей, як Дмитро Вишневецький, про що щиро зізнався у новій редакції твору. Також у більш пізньому творі вчений розглянув питання ототожнення історичної постаті князя з легендарним козаком Байдою, зазначивши, що популярна пісня про того, ігноруючи життя Дмитра Вишневецького, звертає увагу виключно на його смерть. У дискусіях зі своїми опонентами Л. Винаром та Я. Дзирою Голобуцький писав, що народні пісні є своєрідною подякою від українського народу Дмитру Вишневецькому за його боротьбу проти турецько — татарської агресії.
Більшість сучасних українських істориків також вважають, що князь Дмитро Вишневецький — це той самий Байда. Серед них можемо зазначити таких науковців, як В. Сергійчук, Т. Чухліб, Н. Яковенко, В. Шевчук і Д. Беляев. Наприклад, Наталія Яковенко з'ясувала, що перша елегія про смерть християнського лицаря була написана латиною усього через кілька тижнів після загибелі Дмитра Вишневецького, і автором її став німець Йоган Зоммер. Також Яковенко писала: існують прямі докази того, що князь Дмитро Вишневецький все життя був неодруженим. Він майже двадцять років провів у збройних походах у чоловічому оточенні. Такі факти, на думку Наталїї Яковенко, зайвий раз вказують на його козацький спосіб життя. Підтримує думку своєї колеги і Тарас Чухліб. У його працях стверджується, що «Пісня про Байду» наприкінці XVI сторіччя була широковідома не лише в Україні, а також у болгар, поляків, словаків, сербів, македонців та чехів. Поширювалася пісня у багатьох варіантах, але її сюжет залишався незмінним. Прототипом сміливця, який примудрився, будучи підвішеним за ребро на гак, вбити турецького султана разом з родиною, на думку науковця, був не хто інший, як князь Дмитро Вишневецький. Крім того, Чухліб зазначав, що літератор XVII сторіччя К. Семак у своїй книзі «Civis Bonus», яка вийшла у 1632 році, описав смерть Дмитра Вишневецького. Згідно з цим середньовічним твором, під час страти Вишневецький спробував вбити з лука турецького султана. На відміну від Грушевського і Голобуцького, Чухліб вважає, що староукраїнське слово «байдувати» є синонімом слова «козакувати», тобто вести вільне життя. Досліджуючи історію «Пісні про Байду», він зазначив, що вже наприкінці 60–х років XVI століття краківський збирач пісень професор М. Пійонтек записав одну з перших версій «Пісні про Байду».