Еще в программе 1935 года было сказано следующее: «…изыскания в области локализации духа, деяний, наследства индогерманской расы. Популяризация результатов исследований в доступной и интересной для широких масс народа форме. Работы производятся с полным соблюдением научных методов и научной точности». Это были важные цели Аненербе. Однако вскоре они изменились.
Именно в 1939 году Аненербе получило четкую структуризацию. Были созданы отделы, которые потом больше не изменялись за все время существования организации. Их структура была довольно четкой.
Президент — Генрих Гиммлер. Директор, научный куратор — Вальтер Вюст. Административное управление — Вольфрам Зиверс. Финансовый фонд «Наследие предков» — Бруно Гальке. Издательство фонда «Наследие предков», руководитель — Фридхельм Кайзер.
Главное управление Аненербе находилось в берлинском районе Далем. По разным источникам, количество отделов «Наследия предков» колебалось от 13 до 50, что было связано с постепенным разрастанием организации и увеличением финансирования. На содержание Аненербе нацистская Германия тратила в три раза больше денег, чем в США было потрачено на изобретение ядерной бомбы! Это свидетельствовало о том, какое значение функционированию этого общества придавали Гиммлер и Гитлер.
В Аненербе было 35 научных отделов, которые находились под личным руководством профессора Фюста из Мюнхена. Оборудованы они были так, что позавидовать их базе могли любые университетские лаборатории и больницы.
Самым важным в Аненербе считался учебно-исследовательский отдел, посвященный письмам и символам древних рукописей, в том числе по оккультизму и славянскому чернокнижию. Этот отдел появился в организации в 1935 году, одним из первых, и возглавлял его лично Герман Вирт. С 1935 года именно этот отдел находился под личным курированием Гиммлера, а позже — Гитлера, который очень увлекся поиском старинных военных артефактов и рукописей.
Поиск артефактов и таинственных реликвий — такой была цель отдела, работа которого содержалась в глубоком секрете. А все записи подвергались особой шифровке. Ключ этого шифра приравнивался к государственной тайне, и в стране его знали лишь несколько человек. Особый же ключ, без которого расшифровка считалась невозможной даже при знании самого шифра, знали всего четыре человека: Герман Вирт, Гиммлер, Адольф Гитлер и безымянный сотрудник шифровального отдела, разработавший абсолютно новый способ шифрования.
После того, как шифр был с успехом применен в работе отдела, а первые лица Третьего рейха освоили полностью все ключи, жизнь безымянного сотрудника отдела была закончена. Он был убит в своей собственной квартире сотрудниками гестапо. Смерть замаскировали под самоубийство. Многие считали, что этот способ — избавление от неугодных людей с помощью «самоубийства» — немецкие спецслужбы позаимствовали у советского НКВД. Ведь именно там этот способ был доведен до совершенства.
В 1938 году в этом отделе появился специальный подраздел — сектор исследования символов. Руководителем его стал Карл Теодор Вайгель — известный оккультист и специалист по рунам. Впоследствии он открыл еще один отдел — рунологии. Рунам придавалось огромное значение, не случайно именно они были изображены на форме СС. Разработкой применения рун к военной форме как раз и занимался отдел рунологии организации Аненербе.
Руководителем отдела рунологии стал Вольфганг Краузе. Впоследствии, в силу своей важности, этот отдел разросся в отдельную структуру, заняв самостоятельную нишу в Аненербе.
Вторым по важности, после отдела древних рукописей, символов и рунологии, стал отдел исследований оккультных наук.
После прихода к власти нацистов все науки, имеющие отношение к сверхъестественному, были запрещены. Все гадалки, знахари, прорицатели оказались в концлагерях и тюрьмах. Гитлер запретил все практики по парапсихологии, спиритизму и оккультизму, все это попало под официальный запрет.
Однако это не помешало Аненербе заниматься именно этим. В Германии же началась «охота на ведьм». Людей, обладающих особыми знаниями и сверхъестественными способностями, просто уничтожали. Интересным же, с точки зрения Аненербе, предлагали сотрудничество. И, чтобы спасти свою жизнь, многие соглашались.