Около 1 % человеческого генома занимают эндогенные ретровирусы, всего таких последовательностей в ДНК каждого человека около 30000 (Е. Д. Свердлов Retroviruses and primate evolution). Некоторые из этих ретровирусов встречаются только у человека. Другие последовательности встречаются только у шимпанзе и у человека, причем в одних и тех же позициях в геноме (тем самым подтверждается происхождение человека и шимпанзе от одного предка). Также есть последовательности, встречающиеся у горилл, шимпанзе и человека, у орангутанов, горилл, шимпанзе и человека, и так далее (см.: Endogenous retroviruses из архива TalkOrigins.org). Распределение эндогенных ретровирусов в точности соответствует филогенетическому дереву. См. также: Предки человека заимствовали полезные гены у вирусов
Также можно привести пример из семейства кошачьих. У малых кошек (точнее — у таких животных, как камышовый кот, европейская лесная кошка, степная кошка и домашняя кошка) найдена общая ретровирусная вставка. Ни у каких других хищников этот ретроген не обнаружен.
Антиэволюционистам практически нечего возразить на совершенно убийственный для них «аргумент от эндогенных ретровирусов». Иногда они пытаются утверждать, что эндогенные ретровирусы якобы выполняют полезные функции в геноме многоклеточных организмов, и этим якобы объясняется их присутствие в одних и тех же местах генома у человека и шимпанзе и т. д. Но все эндогенные ретровирусы человека на самом деле неактивны, они давно утратили свою активность в результате мутаций. Другое дело, что в ходе эволюционного процесса, получившего название «молекулярное одомашнивание», некоторые отдельные фрагменты ретровирусных геномов (но не целые геномы) иногда «кооптируются» хозяином для выполнения каких-то полезных функций (см. в заметках: Предки человека заимствовали полезные гены у вирусов; Наездники подавляют иммунную защиту своих жертв при помощи прирученных вирусов). Большинство встроенных ретровирусных геномов, однако, совершенно бесполезны для хозяина, да и «молекулярное одомашнивание» никоим образом не может объяснить факт их присутствия в одних и тех же местах в геномах разных видов.
Псевдогены
Псевдогены — это неработающие, «молчащие» гены, которые возникают в результате мутаций, выводящих нормальные «рабочие» гены из строя (существуют и другие, более редкие пути возникновения псевдогенов). Псевдогены представляют собой настоящие «генетические рудименты«. Если мутация выведет из строя ген, полезный для организма, она почти наверняка будет отсеяна отбором. Однако некоторые гены, в прошлом полезные, могут стать ненужными, например, из-за смены образа жизни. Мутация, выводящая из строя такой ген, не отсеивается отбором и может закрепиться в популяции. Псевдогены могут долго сохраняться в геноме в качестве ненужного «балласта». Мутации, которые в дальнейшем будут происходить в псевдогене, безразличны для выживания организма, и поэтому такие мутации свободно накапливаются и в конце концов могут изменить псевдоген до неузнаваемости. Однако на это уходит обычно много времени (десятки или даже сотни миллионов лет). Поэтому в геномах большинства организмов, включая человека, псевдогены на той или иной стадии мутационной деградации присутствуют в больших количествах. Псевдогены представляют собой своеобразную «историческую хронику», рассказывающую об образе жизни и адаптациях далеких предков изучаемого организма.
Например, в геноме человека в псевдогены превратились многие гены обонятельных рецепторов. Это и понятно, поскольку обоняние не имело существенного значения для выживания людей в историческое время, и, по-видимому, в доисторическое тоже (подробнее см. в заметке: Обоняние и цветное зрение в эволюции млекопитающих развивались в противофазе).
Ярким доказательством эволюции является присутствие одинаковых псевдогенов в одних и тех же местах генома у видов, произошедших сравнительно недавно от общего предка. Так, у человека есть псевдоген GULO, который представляет собой «сломанный» ген фермента глюконо-лактон-оксидазы. Этот фермент необходим для синтеза аскорбиновой кислоты. У других приматов обнаружен точно такой же псевдоген, причем мутационная «поломка», нарушившая работу гена, у него такая же, как и в человеческом псевдогене. Причины очевидны: в связи с переходом предков современных приматов к питанию растительной пищей, богатой витамином C, данный ген перестал быть необходимым для выживания. Мутация, испортившая ген, не была отсеяна отбором, закрепилась и была унаследована обезьянами и человеком. У других млекопитающих (например, у крысы) GULO является не псевдогеном, а работающим геном, и поэтому крысам не нужно получать витамин C с пищей: они синтезируют его сами. В других группах млекопитающих, которые независимо от приматов перешли к питанию пищей, богатой витамином С, тоже произошла псевдогенизация гена GULO, но мутации, выведшие ген из строя, у них были другие (пример — морские свинки).