Другое свойство, по которому различаются процессы в термодинамике и кинетике, и отличное от обратимости/необратимости — это равновесность/неравновесность. Равновесные процессы, характеризуются одинаковой скоростью перехода частиц из одного состояния (пространственного, энергетического, химического и др.) в другое в каждый момент времени. Большинство химических реакций, в том числе лежащих в основании жизни, обратимы, но только при определенных концентрациях исходных веществ и продуктов они находятся в равновесии. С другой стороны, многие равновесные процессы в термодинамике необратимы: примером могут служить изотермические процессы, когда температура системы искусственно поддерживается постоянной — хотя бы за счет обмена энергией с более массивной внешней средой (водяная или воздушная баня).
Принципиальное различие между равновесными и неравновесными процессами заключается в том, что ко вторым такие категории классической термодинамики, как энтропия (а стало быть, и температура, которую определяют через энтропию, а также зависящая от температуры свободная энергия) строго говоря, применимы только для близких к равновесию состояний, ибо только в этом случае можно считать, что дифференциал энтропии является полным. К описанию систем, находящихся в состоянии, далеком от положения равновесия, классическая термодинамика применима плохо, поэтому их поведение обычно описывают с помощью кинетического подхода, который отслеживает изменения состояния частиц (молекул, атомов и др.) в каждой точке пространства-времени.
Хотя формулировка процессов эволюции живого в термодинамических категориях еще не завершена, большинство специалистов вслед за Нобелевскими лауреатами И. Р. Пригожиным и М. Эйгеном уверены, что эволюция жизни — это история существенно неравновесных процессов в существенно открытых системах. Суть неравновесного термодинамического подхода к изучению биологической эволюции — в описании живого как совокупности самовоспроизводящихся тепловых машин (вспомним, что классическая термодинамика успешно описывает превращение хаоса в порядок в тепловых машинах).
Однако, тепловые машины, изучаемые классической термодинамикой, обладали малым количеством обратных связей между своими элементами, из-за чего кинетика частиц рабочего тела (газа) при взаимодействии с элементами ходовой части машины в них описывалась линейными уравнениями, процесс случайных блужданий частиц был марковским (марковским процессом, или цепью Маркова, называется случайный процесс, вероятности разных исходов нового этапа которого зависит только от состояния на текущем этапе, а не на предыдущих этапах) а изменение во времени термодинамических потенциалов рабочего тела — детерминированным и предсказуемым. В живых же системах обилие обратных связей приводит к нелинейности уравнений кинетики для каждого из элементов системы, немарковскому характеру случайных процессов в системе (его исход зависит от всей предыстории случайных блужданий — система «имеет память»), и непредсказуемому поведению даже усредненных параметров всей системы. По мере развития биологии ученые сталкиваются со все менее и менее детерминированными системами, несмотря на что их поведение критическим образом зависит от такого необходимого (детерминированного) явления, как естественный отбор и несмотря на то, что живые системы обладают «памятью», благодаря которой результаты этого отбора запоминаются в геноме.
Квантовая механика приучила ученых смириться с тем, что в мире существуют процессы, результат которых невозможно однозначно предугадать не из-за ограниченности наших умственно-вычислительных способностей, а в силу природы вещей. Такое осознание далось не даром. Эйнштейн, как известно, так и не мог поверить, что «Бог играет в кости». Его интерпретация квантовой механики, высказанная еще в 1930-е годы, в противовес стохастической «копенгагенско-Боровской», предполагала как раз, что мы «не знаем каких-то скрытых параметров» в поведении частиц микромира. Лишь в 1964 году, после смерти и Бора, и Эйнштейна, Дж. С. Беллом было математически показано, что интерпретации Эйнштейна и Бора существенно различны. Именно, результаты пространственно-временных корреляций между двумя связанными общим прошлым частицами «по Бору» и «по Эйнштейну» будут отличаться между собой. Интерпретация квантовой механики по Бору предполагает бóльшую, чем по Эйнштейну, степень коррелированности между состояниями микрочастиц в паре, объединенной общим прошлым (например, в паре летящих в противоположном направлении фотонов аннигиляционного излучения, рожденных в акте аннигиляции позитрона и электрона). И только в1980-е годы была проведена исчерпывающая экспериментальная проверка, кто прав — Бор или Эйнштейн. Оказалось, что все-таки Бор: стохастический характер наблюдаемых фактов о микромире — результат стохастичности самого микромира, а не неизвестности нам каких-то параметров.