Проводки кораблей на Север кончились глубокой осенью. Исаков побывал в Архангельске, в Соломбале, в Мурманске, деревянном городке, так зажатом сопками, что думалось — никогда ему не вырасти в мировой порт и не подняться тут, негде и некуда, каменным домам. Но Арктика уже жила будущим, создан Главсевморпуть, в одну навигацию прошел Арктику ледокол «Сибиряков», чего тщетно добивался для своего «Ермака» Макаров. Скоро и Северная флотилия станет Северным флотом. Когда освоят Северный морской путь, исчезнет стратегическая разобщенность и с Тихим океаном — пойдут туда и оттуда боевые корабли через Арктику.
В академию Исаков возвращался окрыленный, переполненный новыми темами, замыслами, планами и немного встревоженный. Он с увлечением поработал в двух экспедициях. Помощники вернулись в Ленинград к своим кораблям, некоторых оставили в Заполярье. Хорошие подобрались сотрудники, отличные моряки и веселые спутники. Дружеская атмосфера, без которой немыслимы подобные походы, не помешала строжайшей дисциплине. Карпов, колючая умница и фанатик корабельной службы, сумел так все наладить, что Ворошилов посулил ему награду от Реввоенсовета — золотые часы. Заслужил Иван Григорьевич, ему бы и орден — за гражданскую войну. Ни одного осложнения в походах. Исключая, пожалуй, инцидента на мостике, — чего доброго, разнесут теперь по флоту молву «о дерзости Исакова».
Смолчать нельзя было, но и сказать наркому мог потише, чтобы исключить возможность пересудов. Впрочем, на корабле, да еще при таких обстоятельствах, скрыть что-либо невозможно.
Каждый капитан на своей шкуре испытал, как трудно вести судно, если на борту, да еще на мостике, начальство. Даже свое, морское, компетентное. А уж гражданское или армейское — беда. В любом случае за курс и судьбу корабля отвечает сам командир. Только не всякий решится пропустить советы свыше мимо ушей. Исаков заметил, что командир неспокоен. На мостике корабля известнейшие в стране люди. Стоят тихо, в стороне, переговариваются вполголоса. Рядом с Исаковым в морской форме нарком — он же и по сухопутным и по морским делам нарком. Краснофлотцы смотрят на него с восторгом. Исаков и сам смотрит на него, как юноша на человека из легенды, хотя видит его не впервые — Ворошилов напомнил при встрече: «А, помню, помню, упрямый черноморский оператор!» И все же — законы флота строги. Еще в Моонзунде Исаков усвоил: в походе даже посторонний глаз обязан наблюдать за морем. Тут, правда, не бой, но и шутки отвлекают людей от дела. А когда от шуток нарком перешел к советам командиру, Исаков не стерпел и попросил все советы передавать через него.
Нарком внимательно взглянул на Исакова и промолчал. Все замерли. Только один голос раздался в тишине, спокойный голос члена правительства, стоявшего сзади: «Правильно говорит товарищ, не надо нам мешать капитану».
Такое моряки не забывают. Наверно, уже разнесли по Кронштадту. Самое неприятное — пересуды: «Исакова снимут?.. Исакова накажут?..»
В академии Исакова ждал приказ: от должности старшего преподавателя кафедры стратегии и оперативного искусства освободить. Назначить начальником штаба Краснознаменного Балтийского флота.
Снова он на кораблях неласковой для него Балтики. Да, на кораблях, в штабе и в море. Его первое требование и к себе, и к другим: не засиживаться на берегу, плавать, пока залив не скуют льды, не отступать перед штормами, искать непогоду, учиться одолевать непогоду и плавать, плавать, плавать.
Начальником штаба КБФ Исаков в тридцатые годы был дважды — до конца 1935 года и снова в тридцать седьмом году.
Контр-адмирал В. И. Рутковский высказался однажды в Ленинграде в научной среде о качествах Исакова — штабиста и оператора. Отметив, что Иван Степанович внедрил высокий стиль и методику штабной работы во все большие и малые штабы нашего флота, сам стал «первым оператором ВМФ и воспитал плеяду молодых операторов», он заявил: на флоте признан и принят исаковский стиль работы оператора. Это значит: «Во-первых, все должно быть предусмотрено оператором; во-вторых, все могут ошибаться, исключая оператора». Исаков следовал именно этому стилю и умел за него отвечать.
В 1935 году во время осенних учений случилась катастрофа. Наперерез линкору «Марат» должна была выйти подводная лодка «Б-3», поднырнуть под него и атаковать с другого борта. Командир линкора, вняв некомпетентному возгласу высшего военачальника, внезапно изменил курс. Лодка, всплывая, оказалась под винтами линкора и погибла.