«…Русскому переводу книги «Кампании войны на Тихом океане» предшествует обстоятельное предисловие, написанное профессором Адмиралом Флота Советского Союза И. С. Исаковым. Предисловие по существу является самостоятельным исследованием, исторической монографией… В предисловии, объяснены причины войны и показана предвзятость в описании результатов боевых действий флота США. Оно не только помогает читателю разобраться в книге, искусственно усложненной авторами отчета, но и побуждает его глубоко задуматься над многими важными вопросами. В предисловии разъясняется недопустимость поверхностной оценки иностранных источников для научного исторического исследования, а также некритического разбора действий наших армий и флотов во время Великой Отечественной войны. Предисловие является своего рода наставлением к тому, как следует изучать и пользоваться иностранными книгами, посвященными исследованию опыта второй мировой войны…»
Так все годы работал Исаков-ученый, не теряя связи с Военно-морской академией, не только как ее то начальник, то куратор, но и как исследователь, лектор, педагог.
Флот, как известно, встретил войну в состоянии повышенной готовности, о чем ярко и точно рассказал в книге «Накануне» первый из флагманов того времени Н. Г. Кузнецов. Немалая в том заслуга и адмирала Исакова, и таких адмиралов — военачальников и командующих флотами перед войной и до ее конца, как Алафузов, Галлер, Головко, Трибуц, Октябрьский, Юмашев. Много страниц посвятил Исакову бывший нарком, нет смысла и возможности их пересказывать, его книги надо прочесть. Доброе слово об Иване Степановиче сказал маршал Г. К. Жуков, уполномоченный ГКО в блокадном Ленинграде Д. В. Павлов, маршал И. X. Баграмян, генерал армии И. В. Тюленев, соратники и свидетели его самоотверженного воинского труда.
Не было сложного направления на войне, где не проявил бы свой талант и волю адмирал Исаков, и рассказывать обо всем значило бы написать книгу о воюющих против фашизма флотах. В душах многих людей остался глубокий след от встреч с ним и совместной работы на войне. Контр-адмирал Рутковский сказал однажды, что Исаков в самое тяжелое время, даже когда сдавали Севастополь, заражал всех уверенностью, он не произносил пустых слов и заклинаний, а убедительно доказывал неизбежность краха фашистской машины.
5 июля сорок первого года, возвратясь в Таллин из трудной поездки в Палдиски, он писал Ольге Васильевне: «Страшно читать сухие сводки. Сколько крови от Мурманска до Дуная. Помяни мое слово, что говорил тебе раньше: за все это придется рассчитываться немцам и в конце концов это будет самый несчастный народ к концу войны. До тех пор, пока не избавится от фашистов».
19 июля — из Ленинграда, куда по приказу Москвы переехал на автомашине за одну ночь: «28 дней войны, и какой! Сколько уже перенесено, пережито. С ненавистью и злорадством слушаю, узнаю и сам вижу признаки начала выдыхания, утомления немцев. Конечно, у него еще силы есть, но при колоссальном расходе моральных, физических и материальных сил восполнение не поспевает. Уже многие идут пешком. Уже много пушек тянут лошади. Вид у пленных — самый жалкий. Где наглость пленных на Западе? Еще узнает история, с какой катастрофической быстротой будет отступать и разлагаться эта машина…»
И тут же лирические строки, всегда подкрепляющие его жизнелюбие и оптимизм: «Еще раз убедился, как мы хамим с природой. Гнусный ритуал мирного времени заставляет всех спать в такие часы суток, когда творится кругом неописуемое. Проснешься в машине в 3 утра и, несмотря на одурелое утомление, протираешь глаза на такие восходы, что невозможно создать фантазией. Очевидно, Гюстав Доре по ночам не спал. Но то, что делается в небесах этого года, не по силам и Доре. Где день, где ночь, впрочем, разграничить трудно. Иногда только записи в книжке спасают от путаницы. Ты, наверное, знаешь, что я временно в Ленинграде. Как прочно судьба связала меня с этим городом, сколько он дал мне, и сколько я ему отдал. Где буду завтра, когда увижу тебя — не знаю… Я думаю, что в таких случаях лучшая помощь друг другу — это помощь всем, это лучшая работа, до конца, до победы».