Обох мучителів, звичайно, вигнали і, налякані їхнім тиранством, вже не стали більше нікого наймати. Вирішили обходитися власними силами.
Батько, поки був живий, викладав точні науки, історію і, як він казав, ази природознавства, мати — музику, географію, російську мову та літературу, Єлизавета Іванівна, самітна обрусіла німкеня, яка допомагала-в домі по господарству, — іноземні мови й латину. Ще двічі на тиждень на три години приїздив з Петербурга давній приятель Миколи Ілліча — Степан Денисович Ваулін, художник, який взявся без винагороди викладати живопис, анатомію і курс історії мистецтв.
Але приділяти Колі багато уваги ніхто з них не міг. Батько навчав його тільки після роботи, вечорами, мама і Єлизавета Іванівна давали уроки поміж ділом. Жінкам було ніколи — в сім'ї, окрім дітей, четверо дорослих: у Миклух жив ще двоюрідний брат Катерини Семенівни, Сергій Владиславович — старий морський вовк, який втратив ногу в якомусь бою.
Не балували Колю увагою й брати. У Сергія щодня товклися його шкільні товариші; Володя, тільки-но повертався з школи, одразу мчав у «кубрик» до дядька Сергія, якого боготворив. А Мишко… Він тоді ще й не народився.
Тільки сестричка була до Колі співчутлива й ласкава, проте в Олі свої клопоти. Дівчинка…
З роками родина Миклух зміцніє, стане по-справжньому дружною, і всі Миклухи житимуть Маклаєм, його великими замислами й не менш великими ділами. А поки що, окрім суботніх вечорів, коли вся родина збиралася на традиційні домашні концерти, Коля цілі дні був полишений на самого себе. У нього зовсім немає друзів, і ні з ким відвести душу дома. Мовчазний, замкнутий. Чим зайняті його думки, ніхто не знає. Він не відкривається весь навіть своїй улюбленій сестричці й пильнує свій щоденник — тримає його в письмовому столі замкнутим, а ключ десь ховає.
Часом його дивна скритність ображає домашніх, та йому про це намагаються не казати — видно було, що криється він не через природну недовіру, а скоріше тому, що рано звик жити без утаємничених однодумців. І дедалі було помітніше, що довго лишатися на самоті для нього стає потребою. Він неохоче виходить з братами і сестрою на вечірні прогулянки, без великого бажання бере участь у домашніх концертах й, не маючи друзів, дедалі менше нудьгує без них. Замість колишнього, здавалося б, невигойного смутку в прозорій голубіні його очей все частіше світиться задумливо спокійне умиротворення.
Мало що змінилося в його поведінці і тоді, коли він пішов нарешті до школи. Хоча мова його на той час значно поліпшилася й лихих глузувань можна було, не боятись, у класі він усе одно ні з ким не намагається зблизитись. Без потреби нікого ні про що не запитає, та й сам не встряє в сторонню розмову, якщо його до цього не спонукають.
Для вихованців школи святої Анни та більшості вчителів новий учень був загадкою. Усі дивувалися, звідки в нього стільки знань. Вступаючи до школи, на приймальних іспитах він подав три власні літературні переклади: з латини — на двохстах сторінках трактат Ціцерона «Про обов'язки», з французької — повість Вольтера «Кандід» і з німецької — кілька уривків з праць Гегеля. Надзвичайно складні філософські твори, розібратися в яких під силу не всякому з університетською освітою, а тут одинадцятирічний хлопчак, який уперше переступив шкільний поріг! Та ще й до всього вивчив три чужі мови!
Члени приймальної комісії, поважні лютерани, були так вражені, що простили Колі навіть богопротивного Вольтера.
Потім з'ясувалося, що він устиг ще не тільки прочитати, а й законспектувати багато чого з праць великого натураліста давнини Плінія, читав книжки Юлія Цезаря, Гомера, Петрарки, Шіллера, знав напам'ять німецькою мовою всього «Фауста» Гете й багато віршів російських поетів, а також «Гайдамаки» Тараса Шевченка.
Було чому дивуватися! Та, мабуть, не менше були б вражені мислячі однолітки Маклаєві, а ще більше люди дорослі, здатні зрозуміти потаємні глибини людської психології, якби їм пощастило заглянути в його щоденник.
17 грудня 1857 року ввечері після похорону Миколи Ілліча Миклухи, приголомшений втратою батька хлопчик, замкнувшись у своїй кімнаті, перекладає з латини й виписує в щоденник, підкреслюючи найважливіші місця, уривок з твору давньоримського поета й філософа Луція Сенеки:
«Дозволю собі, вельмиповажаний пане й учителю, з тобою не погодитись. Не в самій лишень обдарованості коріння розуму, подібного до розуму Гомера. Щоб стати другим Гомером, обдарування потрібне, воно — осередок божественного вогню. Але, як ми бачимо з багатьох відомих нам прикладів і на прикладі самого Гомера, немає великих звершень розуму без великих випробувань душі, що прирікають обдарованого юнака тривалі години й дні перебувати в самотності, у потаємних бесідах з самим собою, коли, страждаючи, душа звертається до розуму і тільки в нього знаходить умиротворення й пораду. Хто ж у всьому щасливий, того поглинають утіхи життя; щасливий не знає ні страждань, ні самотності, і чи не тому, якщо й наділений він якимось даром, його божественний вогонь не спалахує?