Малигін вирішив допомогти ломбокцям. Про те, як він там з'явився, індонезійці й досі розповідають із захватом.
Серед яванців, які працювали в Бюйтензорзькому ботанічному саду, були люди з Ломбоку. Колись їх узяли в полон і тепер тримали як рабів. Малигін, мабуть, користувався у них великою довірою. Улаштувавши їм втечу з Бюйтензорга, він послав з ними лист ломбокському раджі. Писав, що, коли до острова підійде корабель під королівським прапором і, зупинившись на рейді, зробить двадцять один постріл з гармат (салют націй), то боятися цього корабля не треба. І далі детально розповів про свій намір захопити голландський фрегат. Все інше посланці повинні були переказати на словах. Одного з них Малигін просив повернутися в умовлене місце з відповіддю раджі.
Ломбок недалеко від Яви, і відповідь не забарилася. Раджа сповіщав, що з нетерпінням чекає російського вченого в Матарамі — столиці Ломбоку.
Шлях до Ломбоку лежав через острів Балі. Малигін прибув туди в десь роздобутій формі майора колоніальної армії. Начальникові балійської військово-морської бази він відрекомендувався спеціальним емісаром генерал-губернатора, заявивши, що нібито той доручив йому з розвідувальною метою нанести візит ввічливості в Матарам.
Для цього начальник бази повинен був надати в його розпорядження військовий корабель.
За три роки життя на Яві голландську мову Малигін вивчив так, що говорив без найменшого акценту. Документи, фальшиві, звичайно, сумніву у начальника бази також не викликали. Та він до них і не придивлявся, оскільки «емісар» мав вищу не тільки посаду, а й звання. Начепивши майорські відмітні знаки, Малигін на це й розраховував.
Операція вдалася блискуче. Ломбокці, що мали лише якусь сотню старих мушкетів, луки й стріли, легко захопили могутній корабель з гарматами, снарядами й іншим озброєнням. Малигін окремо подбав про снаряди. Услід за фрегатом ішла на буксирі містка броньована баржа з додатковим боєзапасом. Начебто так розпорядився сам генерал-губернатор. Від його імені Малигін склав інструкцію, у якій мовилося, що оскільки ломбокці ставляться до голландців вороже, то посланця генерал-губернатора раджа може не прийняти. У такому разі «височайша інструкція» наказувала «емісарові» відкрити по острову вогонь. Так була виправдана потреба в додатковому боєзапасі. Повіривши у повноваження Малигіна, начальник балійської бази повірив, звичайно, і цьому. Адже він знав, що на Ломбок готується напад.
Поки на Яві спохопилися, Ломбок був уже готовий до відсічі. Керувати обороною острова раджа призначив Малигіна. Військового мистецтва він ніколи не вивчав, та в його розпорядженні були заарештовані офіцери фрегата.
Гармати із захопленого корабля перетягли на берег. Обслуговувати їх Малигін поставив полонених голландців. Ломбокці, які не вміли обходитися з артилерією, біля гармат були тільки за сторожу.
Облога Ломбоку тривала два місяці. Колонізатори вдерлися на острів тільки після того, як осколком снаряда тяжко поранило Малигіна. Побачивши, що російський раджа Маланг знепритомнів, ломбокці розгубилися. Їм здалося, що чинити далі опір безглуздо.
Трагедія Ломбоку — одна з найстрашніших сторінок в історії колоніальних війн, які будь-коли знала Індонезія. Голландці зруйнували все дощенту. Поселення, місто Матарам і навіть палац раджі, який був надзвичайно цінним архітектурним пам'ятником майже тисячолітньої давності, зрівняли з землею. Більшість захисників острова окупанти знищили. Мабуть, саме тоді голландці вперше застосували те, що через півстоліття так широко практикували гітлерівці, — газові камери. З тією різницею, що замість газу голландці використовували їдкий дим просмоленої сірки.
Малигіна, одначе, пощадили. Розправитися з ним на місці, мабуть, просто не зважилися. Створюючи культ білої людини, колоніальні власті ввели закон, що вимагав терплячого й бережливого ставлення до будь-якого евро» ненця, який опинився на території Ост-Індії. Винятків закон не визнавав, бо такого випадку, який стався з Малигіним, певна річ, передбачити не могли.
Вченого привезли на Яву, вилікували, а потім судили. Судді не могли збагнути вчинку росіянина, запитували, що змусило його, культурного європейця, боротися на боці «жовтошкірих негідників».
— Я хотів, — сказав Малигін, — щоб хоч один клаптик землі в цій країні лишався вільним. Три роки мене оточувало рабство. Я бачив безжальну експлуатацію, жорстокі тілесні катування, горе й сльози поряд з невиправданою розкішшю й самовдоволенням. Миритися із свідомістю власного безсилля я більше не міг. Обов'язок людинолюбства, сумління, нарешті проста порядність спонукали мене до дії.