Возможно поэтому, ну, и по той причине, что дворец, хоть и был заброшен, но прибывал в хорошем состоянии, молодой император и выбрал его для своей резиденции. Весь дворцовый комплекс кроме главного здания имел множество маленьких и условно разделялся на три главные части: Халка, Дафна и, собственно, Священный дворец. В комплекс дворцовых сооружений входили сады, часовни, дворы, галереи, казармы, жилища для императорской свиты и слуг. Каждая часть дворца была окружена стеной и представляла крупное оборонительное сооружение.
Халка состояла из целого ряда комнат, выходящих с двух сторон в протяжённую анфиладу, а вход в эту часть дворца с улицы шёл через Железные Ворота. В этой части дворца Мануил расположил часть свое секретариата, который выполнял функции афинского Ареопага и должен был работать с жалобами и предложениями жителей империи. Кроме этого, здесь же расположились имперские судьи, в чьи обязанности входило рассматривать апелляции и кассации на решения судов низших инстанций, а также споры между субъектами империи, между сословиями и монархами государств, сателлитов империи, а также жалобы на действия императорских чиновников. Первый этаж был отдан под базу городской стражи. Архитекторам пришлось незначительно перестроить дворец, чтобы развести потоки посетителей.
В той части Большого дворца, которая называлась Дафной, располагалось много церковных зданий и залы для официальных собраний, вот их Мануил стал использовать для совещания с представителями правительства и Имперского Совета. Вход в эту часть дворца осуществлялся через Серебряные ворота.
Сам Священный дворец с наружной стороны был выстроен из кирпича вперемежку с полосами светлого мрамора, а все соединительные помещения дворца, притолоки окон и дверей, колонны и капители – из белесоватого мрамора.
Вход в Священный дворец вел через Медные ворота. Сама резиденция византийских императоров, заключавшая в себе множество апартаментов и залов и соединенная несколькими зданиями с Ипподромом, находилась со стороны моря. В нее входили Жемчужный зал, Овальный зал, Зал Орла и многие другие.
Сердцем Священного дворца была Золотая палата, в которой полностью совершалась, начиналась или завершалась большая часть придворных обрядов. Здесь византийские императоры ежедневно принимали чиновников и чаще, чем в других тронных залах, послов и знатных иностранцев. В Золотой палате производили в чины и должности, в ней давались пиры и обеды, здесь же начинались и оканчивались выходы императоров в храмы и другие тронные залы.
Золотая палата представляла собой восьмиугольный зал, увенчанный куполом с 16 окнами. На восьми сторонах палаты находилось восемь апсид (выступов, примыкающих к основной части здания), соединявшихся между собой. Апсида напротив входа закрывалась двумя серебряными дверями, на которых были изображены Иисус Христос и Богоматерь. Это обуславливалось тем, что Золотая палата непосредственно примыкала к жилым покоям византийских царей и их семейств, поэтому она и являлась самым удобным залом для ежедневных приемов сановников и для совершения обычных обрядовых действий.
Басилевсу стоило только выйти из своих покоев, и он уже оказывался в тронном зале, между тем как другие тронные залы находились от царских покоев довольно далеко, разделялись несколькими переходами и другими зданиями. Мануил стремился упростить обряды и церемонии, а устаревшие и вовсе отменить, так как они отнимали львиную долю его времени. Но борьба с хранителями традиций шла с переменным успехом. Зато жилую часть дворца он обставлял лично, мебелью, которую заказал у сестёр. Пока удалось обставить спальню и личный кабинет. На контрасте с крикливой роскошью убранства основной части дворца, царские покои поражали аскетичностью и функциональностью.
С севера, резиденция монархов при помощи террас и галерей сообщалась с дворцом Магнавра, отсюда басилевсы обращались к народу, здесь они давали аудиенции иностранным послам, сидя на золотом «троне Соломона», перед которым на ступеньках лежали два льва, изваянные из золота. За троном стояло золотое дерево, на ветвях которого сидели разноцветные птицы, искусно сделанные из золота и эмали.