В конце 1691 года Вильгельм получил от Бентинка известие о заговоре с целью свергнуть его и супругу с трона и возвести на престол Анну Стюарт. Он был прекрасно осведомлен о том, что говорилось и делалось в резиденции принцессы в Кокпите, ставшем центром оппозиции, и знал, что Анна в письмах к Саре называет его «Калибаном, монстром и недоноском».
К этому времени взаимные чувства сестер совсем остыли. Мария посылала маленькому и подвижному сыну Анны герцогу Глостеру игрушки, но запрещала играть во дворце. Как раз накануне нового 1692 года принцесса получила анонимное письмо, в котором говорилось, что она в Кокпите находится на положении «высокого заключенного» и в «руках Королевской гвардии». И далее: «Если вы сами не удалите от себя супругу лорда Мальборо, Вас обяжут сделать это… Лорд Мальборо будет осужден, как только соберется парламент».
Эти сведения оказались верны. В одно прекрасное январское утро Черчилль зашел к королю и не нашел ничего необычного в его манере общаться с ним. Но после обеда его посетил лорд Ноттингем и объявил, что король не нуждается в его службе и смещает со всех постов. Его жене было официально приказано покинуть двор, и Анна Стюарт, в знак солидарности, последовала за ней. Принцесса заняла дворец герцога Сомерсета и перевела туда все свое окружение. Более того, спустя несколько месяцев Джон Черчилль был арестован и заключен в Тауэр. Правда, через два года Тайный совет отверг предъявленные ему обвинения в участии в якобитском заговоре. Черчилль был отпущен под залог и покинул Тауэр. Ему еще предстояло великое будущее.
Надо сказать, что с 1690 года среди английских политиков находилось все больше недовольных военной политикой Вильгельма III и вызванным ею ростом налогов. Многих раздражало то, что новый монарх раздает высшие государственные должности, титулы и поместья иностранцам, в первую очередь голландцам. С другой стороны, кое у кого возникли надежды, что «Славная революция» заставила Якова II пересмотреть свои политические взгляды, а значит, можно достичь с ним компромисса. Эти настроения породили несколько якобитских заговоров, среди которых стоит выделить «заговор Престона» конца 1690 года.
В нем было задействовано 46 человек — в основном представители высшей британской аристократии и должностных лиц при Якове (лорды Февершем, Монтегю, Ньюкасл, адмирал Дартмут, лидер квакеров Уильям Пенн и др.). Среди заговорщиков оказалась и бывшая любовница Якова графиня Дочестер. Лидером заговорщиков, по мнению современного американского историка У. Кэллоу, был граф Кларендон.
По плану, который бывшему королю должны были передать виконт Престон и его спутники — капитан Элиот и бывший паж Марии Моденской Эштон, предполагалось, что в конце февраля 1691 года Яков II отправится в Шотландию с 5000 шведских наемников и отвлечет на себя английские войска, после чего на Альбионе высадится французский десант. Захватив власть в Эдинбурге, якобиты намеревались при помощи небольшого шотландского флота блокировать Ньюкасл, чтобы лишить Лондон каменного угля, добывавшегося в Северной Англии. Среди условий, которые предполагалось выставить Якову, было устранение всех католиков из его ближайшего окружения, а вместо графа Мелфорта главным государственным секретарем якобитского эмигрантского правительства должен был стать виконт Престон. Но делегатам заговорщиков не суждено было доплыть до французского берега. Сначала их заподозрили в контрабанде, а затем обнаружили компрометирующие документы.
Весной 1692 года Яков издал свою первую декларацию с момента прибытия во Францию. Этот документ, написанный в весьма резких тонах, был большой ошибкой, ибо основывался на неверных представлениях о политической обстановке на Альбионе. Объявляя амнистию всем участникам «Славной революции», декларация содержала необычно длинный список тех, кто попадал под исключение. Вильгельм III в ней уподоблялся римскому императору Нерону, а его правление объявлялось тиранией, тогда как многим было очевидно, что к единоличной власти скорее тяготел изгнанный монарх.