По сути, все могло закончиться уже в 1644 году, но парламент упустил эту возможность. Разъяренный и упрямый, не верящий в окончательное поражение, Карл едва не уничтожил парламентскую армию Уоллера на юге и погнался за шедшим на запад Эссексом. Кромвель горел желанием выручить Эссекса, однако Манчестер, не желавший встречи с королем на поле брани, наотрез отказался двигаться с места. Свою тактику граф объяснил просто: «Если мы разобьем короля девяносто девять раз, он все-таки останется королем, как и его потомки после него. Если же король разобьет нас хотя бы один раз, всех нас повесят». Но тактика «войны без победы» привела бы к затягиванию гражданской войны и связанных с нею трудностей (тяжелые налоги, солдатские постои, реквизиции и просто грабежи, которых нельзя было избежать) и могла восстановить народ против парламента. Поэтому Кромвель заявил Манчестеру: «Милорд, если это действительно так, то зачем же нам было браться за оружие?.. Если это так, то заключим мир, сколь бы унизительными ни были его условия». И обратился к парламенту: «Без более быстрого, энергичного и эффективного ведения войны… страна устанет от нас и возненавидит имя парламента».
В начале сентября в Корнуолле пехота Эссекса сложила оружие, и сам он едва спасся бегством. Короля в немалой степени вдохновляло то, что Джеймс Грэм, маркиз Монтроуз, поднял на войну за его дело обитателей горной Шотландии. Успехи Монтроуза повергли равнинную Шотландию в шок и привели к отзыву многих лучших полков Лесли.
В такой ситуации Кромвель взбудоражил палату общин, обвинив Манчестера в «мешканье во всех действиях». Религия сделала разрыв между партией войны и партией мира в парламенте еще более непримиримым. Еще с июля 1643 года в Вестминстере заседала Коллегия клира по реформе церкви. В результате союза с шотландцами появилась Пресвитерианская церковь Англии. Но некоторые духовные лица из числа индепендентов желали менее жесткого и нетерпимого устройства церкви, просили о большей автономии для отдельных конгрегаций и о свободе образовывать общины на основе совместных убеждений и исповедуемых принципов, а не просто принадлежности к приходу. Разделился и парламент. Кромвель и его союзники отстаивали более широкий принцип свободы совести. В результате «пресвитерианин» и «индепендент» стали приблизительными обозначениями для правого и левого крыла в парламенте, как по политическим, так и по религиозным вопросам. Индепенденты употребили все свое влияние на проведение через парламент двух решительных мер, которые и изменили ход войны, — речь идет об уже упоминавшихся «Билле о самоотречении» и «Постановлении нового образца».
14 июня 1645 года при Несби произошла решающая битва гражданской войны. Парламентская армия во главе с Томасом Ферфаксом насчитывала 15000 человек, а королевские силы по различным данным 7500 — 10 000. В ночь на 14 июня в лагере Карла узнали, что королевский патруль близ Несби столкнулся с патрулем «круглоголовых». В литературе часто можно прочесть, что решение вступить в бой было принято на спешно собранном военном совете, где король поддержал мнение «крайних» в своем окружении, в частности государственного секретаря лорда Дигби и казначея Джека Эшбурнхэма. Это подтверждает и «История Великого мятежа» графа Кларендона. Однако этот труд был написан в 1671 году — значительно позднее сражения при Несби. По мнению историка Р. Каста, и Кларендону, и военному секретарю Карла сэру Эдварду Уолкеру не следует доверять, ибо они стремились объяснить поражение в войне раздорами в верховном командовании «кавалеров». Каст склонен опираться на утверждение Дигби, что военного совета в ту ночь не проводилось вообще. Сказав, что о событиях ночи с 13 на 14 июня «мы никогда не будем знать наверняка», историк приводит сообщение одного из адъютантов короля о том, что, получив известие о неприятеле, Карл вскочил с постели и направился из Люббенхэма в Маркет-Харборо, где находился принц Руперт. Получается, решение вступить в бой они приняли вдвоем. На него повлияли отсутствие точной информации о численности армии Ферфакса, ошибочное мнение об отсутствии боевого духа в «Армии нового образца» (5 июня была снята осада Оксфорда), да и всегдашняя уверенность Карла, что на его стороне Провидение, поскольку дело его правое. В последнем он и Кромвель были едины. Есть также мнение, что, видя численное превосходство «круглоголовых», король хотел уклониться от сражения, но принц Руперт настоял на битве, аргументируя это тем, что дворянская армия лучше крестьянской.