Доктрина исмаилитов состоит из общедоступного, открытого учения (захир) и скрытого (бахир), доступного только посвященным.
Дойяль-Доат, или верховный проповедник и судья исмаилитов, разделял власть с каирским халифом. Собрания исмаилитов проходили в так называемой Каирской Ложе, где хранилось множество старинных книг и научных инструментов.
Курс скрытого учения разделялся на девять степеней (так же подразделялись первоначальные масонские ложи). Первая степень старалась внушить ученику сомнения; и доверие к его учителю, который поможет разрешить их. Для этой цели коварные вопросы показывали ученику нелепость буквального смысла Корана, и тайные намеки давали понять, что под этой скорлупой скрывается ядро истины.
Ученик, чтобы продвинуться дальше, должен был страшными клятвами обещать повиноваться своему наставнику.
Вторая степень учила признавать имамов, или руководителей, назначенных Аллахом, источниками всякого знания.
Третья степень сообщала ученику число священных имамов (мистическое число — семь, связано с семеричной структурой проявленного мира и взято у Каббалы).
Четвертая сообщала, что Аллах послал в мир семь законодателей, и у каждого было семь помощников, называемых «немыми», в то время как законодатели назывались «говорящими».
Пятая степень сообщала, что у каждого из помощников было по 12 апостолов, распространяющих его идеи.
Шестая степень сообщала, что все догматы религии должны быть подчинены правилам философии, адепту на этом уровне также объясняли философские системы Платона и Аристотеля.
На седьмой ступени давалась идея мистического пантеизма — то, что все постоянно и непрерывно контролируется Всевышним.
Восьмая степень ставила перед учеником догматические правила магометанского закона, оценивая их по справедливости.
Девятая степень сводила все предыдущие в единый закон.
Сущность учения состояла в мистически-аллегорическом толковании Корана, в догмате о том, что имамат, или дух Б-жий, продолжает существовать в теле Исмаэля, седьмого потомка Али, переходя из одного тела в другое. А пока он говорит устами своих наместников, не всегда принадлежащим к роду Али. Также это учение говорит о мистическом значении числа 7. Б-г создал 7 небес, 7 земель, 7 морей, 7планет (об этом написано задолго довозникновения ислама в «Книге Творения» и в Талмуде, в трактате «Хагига»), цветов, металлов, и звуков, и назначил имамами 7 лучших своих созданий, из которых первым был Али (зять Мухаммеда), а последним — Исмаэль.
Число же 12 также имеет значение, как и число 7. Существует 12 небесных знаков, 12 месяцев, 12 сочленений на 4-х пальцах каждой руки (без большого пальца), и т. д. Все это существует и поныне — в отдельных мистических ответвлениях шиитского толка исламской религии.