В первое посещение эти руины показались Каннингхэму гораздо большими, чем описанные Мэссоном. Сейчас же он не смог обнаружить даже следов замка. Строители железной дороги, прокладывающие колею к недавно законченной линии Лахор – Мултан, использовали прекрасно обожженный кирпич Хараппы для полотна дороги. И действительно, осмотр линии железной дороги показал, что из Хараппы и других древних руин рабочие утащили столько кирпича, что этого оказалось достаточно для прокладки приблизительно 160 километров путей.
Надеясь сохранить то, что осталось от огромного поселения, Каннингхэм приступил к раскопкам. Плачевное состояние руин делало работу чрезвычайно трудной. Однако приложенные усилия увенчались заслуживающей внимания находкой – была обнаружена квадратная печать типа тех, которые использовались древними жителями Хараппы для их личных подписей. На найденной печати, сделанной из черного мыльного камня, был изображен бык с горбом – символ индийского брахманского быка или зебу – в рамке из знаков неизвестной письменности. Странное изображение животного и странные буквы, пиктограммы, так не похожие на индийский санскрит, натолкнули Каннингхэма на мысль о чужеземном, неиндийском происхождении печати.
В последующем Каннингхэм не уделял большого внимания Хараппе. В 1885 году после долгой службы в Индии он ушел в отставку. И только в 1914 году его последователь, ученый и археолог, сэр Джон Маршалл возродил Хараппу, дав распоряжение об изучении памятника. Однако помешала Первая мировая война, и только после 1920 года член Археологической службы Рай Бахадур Дайа Рам Сахни возобновил раскопки в Хараппе, начав с того места, где остановился Каннингхэм. Как и ранее, труд был неблагодарный, и в конце сезона Сахни смог показать своим рабочим только две новые печати.
Первоначальный интерес Маршалла к раскопкам в Хараппе мог бы иссякнуть, если бы не случайная находка, сделанная за год до этого. В 1919 году Р. Банержи, один из индийских служащих Маршалла, исследуя бесплодные пустыни, простирающиеся вдоль южной части Инда, обнаружил в 560 километрах от Хараппы, в местности, называемой Мохенджо-Даро, древнюю буддистскую ступу (святилище). Вокруг ступы, насколько мог видеть глаз, были горы крошащегося кирпича – остатки, как решил Банержи, когда-то процветавшей метрополии.
Раскопки под ступой обнаружили четыре хорошо различимых культурных слоя. Монеты, найденные в верхнем слое, дали возможность определить его возраст – II век нашей эры. В остальных же слоях не было каких-либо предметов, позволивших бы их датировать. Однако в нижних слоях, определенно более ранних, чем верхние, Банержи обнаружил кусочки меди с выгравированными изображениями и три сгоревшие печати из мыльного камня. Одна печать была с изображением растения, и на всех трех были те же самые странные пиктографические знаки.
Банержи сразу вспомнил о печати, найденной Каннингхэмом в Хараппе, правда, она была обнаружена среди остатков древнего города, располагавшегося в сотнях километров к северу. Могла ли здесь существовать какая-либо связь? Чтобы выяснить это, Маршалл отправил печати, найденные в Мохенджо-Даро, в свой центр для сравнения их с печатями из Хараппы. «Это находки из двух мест, принадлежащих одной и той же культуре и относящихся к одному и тому же времени, – писал он позднее, – и они совершенно не вписываются в то, что было известно нам об Индии ранее». Возраст находок, однако, по-прежнему оставался загадкой.
В 1924 году, надеясь, что Международное археологическое сообщество сможет пролить свет на происхождение и возраст печатей, Маршалл представил их фотографии в «Иллюстрэйтед Лондон ньюс», самый популярный археологический журнал того времени в Великобритании. В сопроводительной записке Маршалл отметил важность этих находок для Археологической службы Индии: «Не так часто удается археологам, как это было со Шлиманом при открытии Трои и Микен, обнаружить давно забытую цивилизацию. И сейчас, как нам кажется, мы стоим на пороге такого открытия в долине Инда. До настоящего времени наше знание о прошлом Индии относило нас едва ли дальше, чем в третье столетие до Рождества Христова. Теперь, однако, мы обнаружили новый класс предметов, которые не имеют ничего общего со всем, что было нам известно ранее».