Начиная с середины 1960-х годов гипотеза Уилера стала терять свою популярность среди ученых. Д. Дэйлс, последний директор Американского археологического проекта, после тщательного изучения скелетов, игравших такую важную роль в теории Уилера, сказал, что даже смешно думать, что какая-то резня была причиной смерти этих людей. «Ни одно тело не было найдено в районе укрепленной цитадели, – писал Дэйлс в 1964 году, – где, по логике вещей, могла происходить последняя битва за оборону этого великолепного города».
Более того, после внимательного изучения археологических находок, связанных со скелетами, Дэйлс объявил, что «здесь нет даже никаких четких доказательств, что эти тела принадлежат одному и тому же периоду». Даже оборонительные стены Хараппы были подвергнуты сомнению. Некоторым ученым показалось, что они были построены не для защиты от врагов, а в основном для сдерживания потоков воды.
Еще более сокрушительный удар был нанесен гипотезе Уилера в 1984 году, когда известный специалист по антропологии К. Кеннеди из Корнелльского университета в первый раз тщательно изучил больше биологические, как он
говорил, чем археологические свидетельства или, по его определению, следы тех травм, что «привели к гибели жертв предполагаемой резни». Уилер и другие исследователи много внимания уделили головным ранениям, нанесенным мечом. Они были обнаружены на скальпах нескольких тел и послужили основанием для гипотезы о массовом убийстве. Но, как определил Кеннеди, на один из скальпов был нанесен удар уже после смерти, спустя довольно долгое время. Другой скальп действительно подвергся удару, но по костям видно, что рана, нанесенная более чем за 30 дней до смерти человека, была залечена и, конечно, не стала причиной его смерти. Кеннеди писал: «Я вижу только один скелет человека с неопровержимыми признаками насильственной смерти, и один этот пример не может быть положен в основу гипотезы о массовом убийстве». Кеннеди сделал предположение, что люди, останки которых были найдены, умерли естественной смертью, а их тела оказались небрежно разбросанными в Мохенджо-Даро, ставшего мертвым, необитаемым городом после гибели цивилизации Хараппы.
Теория о внезапном исчезновении Хараппской культуры после падения ее городов разрушалась как под давлением нового прочтения старых археологических находок, так и под влиянием новых открытий. Одним из таких открытий стал город Пирак, расположенный в 240 километрах от Мохенджо-Даро (по предположениям Уилера – места резни) в Белуджистане. Площадь города была около 10 гектаров. Он возник в самом начале так называемой Темной Ведийской эпохи и процветал в течение 1000 лет ее существования.
В то время как традиционная археология избавлялась от старых концепций, новейшие достижения науки помогали получить объяснения некоторых явлений, беспокоивших Уилера: потопы и драматичный закат городов Хараппы во времена, предшествующие появлению индоариев в долине Инда. Еще в XIX веке археологи находили здесь многочисленные высохшие русла и размышляли, что могло вызвать такие частые изменения течения рек. В 1970-х годах съемки Индостана с космического спутника обнаружили свидетельства грандиозных сдвигов в топографии полуострова, возможно, связанных с тектоническими подвижками, вызванными землетрясениями. Примерно во II тысячелетии до н. э. эти глобальные явления постепенно изменили течение Инда и осушили реку Сарасвати. Эта река, по описанию Вед, была даже больше, чем Инд, и протекала от Гималаев к Аравийскому морю параллельно Инду, только немного южнее.
К 1980-м годам гипотеза Уилера о гибели цивилизации Хараппы под сокрушительным ударом вторгшихся индо-арийских завоевателей окончательно рухнула под тяжестью доказательств ее ошибочности. Стало ясно, что погибла не цивилизация в целом, а лишь города Хараппы, причем не по причине военного вторжения. Когда Сарасвати высыхала, а Инд менял свое русло, по-видимому, множество городов и селений затоплялось. Другие же, построенные на берегах рек, оставались при этом без питьевой воды и путей водного сообщения. Мохенджо-Даро и Хараппа, построенные частично на огромных кирпичных платформах для защиты от потопов, оказались хорошо защищенными также и от больших физических разрушений. Сюда устремились обитатели других мест, покинувшие свои менее удачливые поселения, плотность населения в этих городах резко возросла. По-видимому, появившаяся теснота в расположении жилищ могла быть вызвана перенаселением городов. Хараппское земледелие также страдало как от уставших почв полей, так и от постоянных затоплений. Очевидно, было очень трудно поддерживать земледелие на высоком уровне при столь быстром росте населения.