По некоторым сведениям, с правой стороны двора находился выход на поле для игры в джерит, которой султанов развлекали пажи.
В настоящее время в первом дворе расположены кассы и магазины музея, а многочисленные посетители используют его скамьи и газоны для отдыха.
Налево от первых ворот дворцового комплекса расположена церковь Святой Ирины — один из старейших сохранившихся в Константинополе храмов. Первая церковь здесь была возведена еще в начале IV века при императоре Константине на месте руин древнего храма Афродиты. Она являлась главным храмом города до постройки собора Святой Софии в VI веке и считалась резиденцией Константинопольского патриархата. Вместе с собором Святой Софии — Премудрости Божией — церковь Святой Ирины, то есть Мира, составляла своеобразную пару, которая прославляла основные добродетели правителей Византии, владык всей православной вселенной — мудрость и поддержание всеобщего мира.
Однако в 532, во время восстания «Ника», церковь пострадала от пожара, а затем была заново отстроена при императоре Юстиниане. В целом этот памятник в том виде, в каком он сохранился на сегодняшний день, относится к эпохе Юстиниана, хотя храм еще раз перестраивался после землетрясения в VIII веке. Монограммы правителя или его супруги Феодоры находятся на капителях колонн храма. Уникальное здание представляет собой переходный тип между классической базиликой и византийским храмом в форме креста. Церковь Святой Ирины увенчана двумя куполами. Большой полукруглый, чей диаметр составляет 16 м, покоится на четырех мощных опорах и покрывает основное пространство храма; другой, низкий, эллиптической формы, находится между первым куполом и нартексом (поперечной галереей западной части храма). Оба купола опираются на массивные кирпичные столбы. Внутри церкви сохранились отдельные небольшие фрагменты византийских мозаик, а также большой крест в апсиде.
После завоевания Константинополя в 1453 храм не был переделан в мечеть и еще некоторое время действовал, поэтому значительных изменений в его внешнем виде не произошло. Однако очень быстро прихожане (это была в основном высшая знать) перешли на службу к султану и стали принимать ислам. Община больше не могла содержать столь внушительное здание, и церковь закрылась уже в конце правления Мехмеда Фатиха. На протяжении XV–XVIII веков она использовалась османами в качестве джебехане (военного арсенала), а начиная с 1846 была превращена в Археологический музей. Наконец, в 1908 в храме открылся Военный музей. В наши дни церковь Святой Ирины служит концертным залом с великолепной акустикой или используется как выставочное помещение.
До настоящего времени около здания храма ведутся археологические раскопки. После окончания реставрационных работ все сохранившиеся в первом дворе около церкви строения будут превращены в музейные помещения.
Во второй двор бируна ведут мощные ворота с зубцами и двумя внушительными башнями по бокам, называемые Орта Капы (Средние ворота). Они представляют собой целый многоэтажный комплекс помещений, где располагалась дворцовая стража. Хотя точная дата строительства внутренней стены и этих ворот неизвестна, скорее всего, они также были построены еще во времена Мехмеда Фатиха. Внутренние ворота султанской резиденции имеют вполне боевой вид, это говорит о том, что в первые годы после завоевании Константинополя новые владыки города чувствовали себя не совсем уверенно и опасались внезапного нападения.
Над двойной железной дверью Орта Капы, украшенной рельефным орнаментом, в овальном медальоне помещена тугра (монограмма) Мехмеда Фатиха, а над ней золотой арабской вязью выведена шахада, главный символ мусульманской веры — «Нет Бога, кроме Аллаха, и Мухаммед пророк Его». Примерно с XVIII века Средние ворота стали называть также Баб-ус-селям (Ворота приветствия). Привилегией проезжать под ними верхом обладали только султаны, все остальные должны были спешиваться.
В самом конце Алай Мейданы у Средних ворот когда-то стояли два камня Назидания, на которые клали головы казненных по приказу султана. Недалеко от ворот находился Джеллят Чешмеси (Фонтан палача), здесь заплечных дел мастера смывали кровь с орудий казни и рук.