Были на Штерна, Рычагова и других и доносы. Это не удивительно. В НКВД, а потом в НКГБ собирали материал практически на всех генералов, чтобы при наличии санкции от Сталина дать ему ход. Так, капитан госбезопасности (что соответствовало армейскому полковнику) Тихон Васильевич Пронин в письме секретарю ЦК и члену ГКО Г.М. Маленкову от 3 апреля 1942 года признавался: «В письме товарищу Сталину 29 мая 1941 года я подробно описал о преступной деятельности перед партией и Государством бывших руководителей Военно-Воздушных Сил Красной Армии — Рычагова, Смушкевич, Пумпур и др.». Наверняка подобные же доносы были на Штерна, Мерецкова и других, особенно после того, как стало известно об инциденте с «юнкерсом» и снятии со своих постов Штерна и Рычагова. Но истинной причиной репрессий против генералов-авиаторов стал их провал с немецким самолетом.
Хотя, справедливости ради, надо признать, что сделать они могли немного. Советская ПВО оставалась весьма слабой вплоть до начала 60-х годов, когда на вооружение были приняты зенитно-ракетные комплексы и более совершенные радары. До этого не хватало и постов воздушного наблюдения, и зенитных орудий (в годы войны их получали по ленд-лизу из Америки), и истребителей-перехватчиков, и опытных пилотов. Например, в 1953 году, вскоре после смерти Сталина, большая группа американских самолетов на большой высоте нарушила западные границы СССР, и наша ПВО ничего не смогла с ними сделать.
Ванникову и Мерецкову повезло. Продержав несколько месяцев в тюрьме и заставив признаться в заговоре и шпионаже в пользу Германии, Кирилла Афанасьевича и Бориса Львовича выпустили и восстановили в генеральских званиях. Другим повезло меньше. По представлению Берии Сталин санкционировал расстрел Г.М. Штерна, П.В. Рычагова, А.Д. Локтионова, Я.В. Смушкевича и других арестованных по «делу авиаторов». Это представление, как и ранее, в случае с польскими офицерами, Лаврентий Павлович писал по указанию Сталина. Генералов расстреляли в Куйбышеве 28 октября 1941 года по ложным обвинениям в том, что они являлись заговорщиками и немецкими агентами. Все они во время следствия не выдержали избиений и покаялись в преступлениях, которые не совершали. Потом несчастные отказались от признаний, выбитых из них кулаками и резиновыми дубинками, но это их не спасло.
То, что Берия не по своей воле писал представление о расстреле генералов-авиаторов, косвенно признает и бывший главный военный прокурор СССР А.Ф. Катусев на основе изучения архивов Политбюро: «На множестве примеров удалось установить, что ни один из руководителей партии и старых большевиков не арестовывался без личного указания Сталина, который ревниво следил за тем, чтобы Ягода, Ежов и Берия не превышали своих полномочий. В этом смысле показателен такой факт, как расстрел 8 сентября 1941 года в Орловской тюрьме 161 политического заключенного, в том числе Христиана Раковского, Марии Спиридоновой, Валентина Арнольда, Петра Петровского, Ольги Каменевой и других. Долгое время считалось, что их расстреляли по распоряжению Берии. А что оказалось на самом деле?
В апреле 1990 года Главная военная прокуратура закончила следствие, в ходе которого было обнаружено, что применение высшей меры наказания к 170 заключенным, разновременно осужденным к лишению свободы за контрреволюционные преступления, предписывалось постановлением от 6 сентября 1941 года № 634 сс, подписанным Сталиным как Председателем Государственного Комитета Обороны. Правда, Берия был причастен к этому — он направил Сталину письмо со списком на 170 фамилий и заключением: «НКВД СССР считает необходимым применить к ним высшую меру наказания…». Но, зная повадки Сталина, нельзя исключать, что это письмо Берии появилось по инициативе «Хозяина».
Точно так же было и в случае с поляками, казненными в Катыни, с генералами-авиаторами и многими другими, осуждавшимися по представлениям НКВД, подписанным Берией. Однако трудно сомневаться, что писались эти представления по требованию Сталина.
Счастливо избежавшему смерти Ванникову 20 июля 1941 года выдали даже специальную «охранную грамоту» за подписью Сталина: «Государственный Комитет Обороны удостоверяет, что тов. Ванников Борис Львович был временно подвергнут аресту органами НКГБ, как это выяснено теперь, по недоразумению и что тов. Ванников Б.Л. считается в настоящее время полностью реабилитированным.
Тов. Ванников Б.Л. постановлением ЦК ВКП(б) и СНК СССР назначен заместителем наркома вооружения и по распоряжению Государственного Комитета Обороны должен немедленно приступить к работе в качестве заместителя Наркома вооружений».