Дюбуа в то время отнюдь не стоял на радикальных позициях решения негритянской проблемы, которые были характерны для последнего периода его жизни и которые выдвинули его в ряды самых выдающихся борцов за освобождение негров, за мир и дружбу между всеми народами. В «Неграх Филадельфии» Дюбуа призывал жителей черного гетто Филадельфии, а с ними и всех негров быть «миролюбивыми» и «терпеливыми», а не «крикливыми» и «неумеренными». Он выражал твердую уверенность, что изменения в положении негров неизбежно наступят, но это будет медленный процесс.
Однако, несмотря на все эти заявления, объективно работа Дюбуа, в которой приводился огромный: материал об исключительно тяжелом положении негров, звала к борьбе, к мобилизации сил, выступавших за решение негритянской проблемы.
Встретив в ведущих университетах страны полное равнодушие к своим планам научного изучения негритянского вопроса, Дюбуа обратился в 1897 году с конкретными предложениями к Кэрролу Райту, возглавлявшему в то время Федеральное бюро труда. Райт проявил интерес к предложению Дюбуа, чем поощрил его на проведение новых важных социологических исследований, которые были завершены и направлены им в Бюро труда.
У этого труда Дюбуа оказалась трагическая судьба: преемники Кэррола пошли на прямое преступление, они сознательно уничтожили этот труд. И работа, которую Дюбуа относил к числу своих лучших исследований в области социологии, никогда не увидела света.
В 1896 году к Дюбуа обратился доктор Горас Бамстед, ректор Атлантского университета, одного из крупнейших негритянских университетов Юга, с предложением перейти на работу в возглавляемый им университет. Дюбуа предлагалось работать над проблемами социологии и участвовать в конференциях, посвященных изучению негритянской проблемы.
Дискриминация со стороны профессуры Пенсильванского университета и, главное, возможность продолжать работу в области социологических исследований побудили Дюбуа дать незамедлительное согласие на предложение Бамстеда. С огромным увлечением Дюбуа продолжил в Атланте изучение социологии негров. В отличие от многих буржуазных исследователей, использовавших социологию для доказательства незыблемости деления общества на классы, Дюбуа предпринял попытку поставить социологию на подлинно научную основу.
За годы работы в Атлантском университете, где он пробыл до 1910 года, Дюбуа проделал колоссальную работу по сбору и научному обобщению огромного количества фактов о положении негров. Дюбуа подчеркивал, что он занялся социологическими исследованиями с утилитарной целью — изучить условия жизни негров и использовать полученные выводы для борьбы за улучшение положения негритянского населения США. Но как настоящий ученый, Дюбуа, занявшись социологическими исследованиями негров, не мог не проводить их на действительно научной основе. А это, в свою очередь, привело к подлинно революционным изменениям во взглядах Дюбуа на негритянскую проблему. «Таким образом, — делал вывод Дюбуа, — придя в своих социологических исследованиях к твердому убеждению, что всякая расовая группа претерпевает изменения, я понял, что и все общество непрерывно развивается и изменяется, что его структура не является застывшей и неподвижной».
Это был диалектический подход к пониманию проблем общественного развития, это был вывод, к которому мог прийти только настоящий крупный ученый, способный самостоятельно сделать выводы и обобщения из тех огромных достижений, которых добилась наука в конце XIX — начале XX века. Изменение взглядов Дюбуа на расовую проблему, как часть развития всего общества, носило не революционный, а эволюционный характер. Он не сразу пришел к диалектическому пониманию процесса развития общества, надо было преодолеть огромную силу инерции в виде тех взглядов на развитие общества, которые преподавались в Фиске, Гарварде, в Берлинском университете. Надо было, собственно говоря, пересмотреть все свое жизненное кредо, избавиться от тех взглядов на жизнь, которые прививались всей окружавшей его средой. Это был процесс длительный и мучительный, начало ему было доложено в Атланте, где Дюбуа широким фронтом развернул исследовательскую работу в области социологии.
Эта работа продолжалась беспрерывно на протяжении тринадцати лет. За эти годы был проделан колоссальный по объему труд: Дюбуа выпустил шестнадцать томов социологических исследований. Никогда раньше ни один исследователь не ставил перед собой таких колоссальных задач, как Дюбуа, опубликовавший эту серию исследований. Он подходил к своему исследованию в области социологии негров как к части большой общенациональной исследовательской работы, рассчитанной на целое столетие.
Это было грандиозно. Планы Дюбуа поражали воображение и у многих вызывали скептическое отношение к профессору-энтузиасту, неверие в возможность выполнения этих планов. Тринадцать лет напряженнейшей работы Дюбуа и небольшой группы руководимых им научных работников, опубликованные ими тома социологических исследований убедили даже самых закостенелых скептиков в возможности фронтального, глубоко детального изучения негритянской проблемы в США.
Позднее Дюбуа, критически оценивая свою работу, проделанную в Атлантском университете, отмечал, что во всех шестнадцати опубликованных томах уделялось недостаточное внимание экономической стороне вопроса. Что в этих работах не нашла должного отражения философия Маркса и Энгельса и тома выпускались в свет в то время, когда еще нельзя было использовать учение Ленина.
Были, конечно, в этой серии свои недостатки и недоработки, но в целом это было поистине уникальное явление в детальном изучении негритянской проблемы. В свет вышла настоящая энциклопедия негритянской жизни. С 1896 по 1920 год все работы, публиковавшиеся в США по расовой проблеме, в той или иной мере опирались на это исследование.
Социологические исследования о положении негров, опубликованные Атлантским университетом, вызвали самые восторженные отзывы. Дюбуа было очень приятно получить письмо от своего учителя философии в Гарвардском университете, который писал, что «это блестящий научный труд». Букер Вашингтон, известный лидер негров, выступая в 1911 году на конференции Атлантского университета, посвященной изучению положения негритянских ремесленников, сказал: «Вся страна должна быть благодарна вашему учреждению за тщательную и систематическую работу, в результате которой из года в год появляются исследования, представляющие огромный интерес и ценность для всей нации».
Труды Атлантского университета о положении негров получили исключительно высокую оценку со стороны периодической печати. Журнал «Аутлук» писал в 1903 году: «Ни один исследователь, изучающий расовую проблему, никто из тех, кто как следует задумывается над ней или говорит о ней, не может позволить себе игнорировать факты об условиях жизни и развитии негров, приводимые в серии социологических исследований, издаваемой Атлантским университетом… Во всех этих изданиях бросается в глаза рука квалифицированного и внимательного исследователя».
Южная ассоциация историков отмечала в 1904 году. «Работа, выполненная под руководством Атлантских конференций, должна быть внимательно и вдумчиво оценена каждым интересующимся любым аспектом жизни американских негров. Вдохновенным руководителем этой работы является доктор Дюбуа. Он заслуживает самой высокой похвалы за все, что было сделано, особенно в связи с многочисленными препятствиями, возникавшими на пути осуществлявшегося Дюбуа предприятия».
«Нью-Йорк ивнинг пост» писала в 1905 году: «Единственными научными исследованиями в области негритянского вопроса в настоящее время являются исследования, проводимые в Атлантском университете».
Положительные отклики были опубликованы и за границей. В частности, английская пресса отмечала высокий научный уровень проведенных исследований, объективное изложение фактов и тщательный отбор материала.
Были и критические отзывы. Например, том, посвященный негритянской церкви, был раскритикован некоторыми рецензентами. Но это было и не удивительно, святые отцы не привыкли к тому, чтобы кто-то критически исследовал их деятельность. А всякое научное исследование, тем более выполненное таким крупным ученым, как Дюбуа, не могло не носить критического характера. Помимо этого, надо учитывать, что Дюбуа никогда не благоговел перед церковной иерархией. Он объективно, с большим знанием предмета исследовал деятельность негритянских церквей, ни в коей мере не лакируя зачастую отнюдь не привлекательную деятельность отцов церкви.