Но съвсем не беше завършена онази наистина грандиозна програма, която Кук си набеляза веднага след като се бе върнал в родината.
„Като преминавам към въпроса за откритията — пише той в допълнението към дневника си от първото плаване, — бих искал да изкажа гледището си, като се надявам, че в бъдеще няма да пренебрегнат мнението ми. При плаванията, които се правят с оглед на открития в южните морета, най-добре е да се следва курсът към Нова Зеландия от първа стоянка нос Добра Надежда, където може да се попълнят запасите. Трябва да се насочите южно от Нова Холандия, след това през протока на Кралица Шарлота, където може да се запасите с вода и гориво, като се вземат мерки да излезете от протока на Кралица Шарлота към края на септември или в началото на октомври, но не по-късно, тъй като в такъв случай ще разполагате с цялото лято. След като минете през протока, където обикновено духат западни ветрове, вървете в най-големите ширини, които сметнете за възможни. Ако не откриете земи, ще имате време до края на лятото да заобиколите нос Хорн. Ако не откриете континент и си поставите други цели, вървете в северна посока. Тогава, след като посетите откритите вече острови, ще можете да използувате пасатите, за да се движите на запад и търсите островите, за които бе споменато по-горе, като по такъв начин завършите откритията в южните морета.“
Интересно е, че за постиженията си Кук говори твърде сдържано. „Не направих — пише той на 17 август 1771 г. до Джон Уокър — нито едно велико откритие.“
Кук явно подценява собствените си открития. Те са наистина велики и, което е по-важно, като ги прави, Кук прокарва нови, неизвестни в миналото пътища в южните морета.
Освен това научният свят е смаян от ботаническите и зоологическите открития на Банкс и Соландър. За пръв път по хербария, събран от тях, ботаниците се запознават с ендемични, т. е. присъщи само на една определена местност, видове таитянска, новозеландска и новохоландска флора.
Зоолозите се радват на първите научни описания на животни, риби и птици от островите на южните морета, на Нова Зеландия и петия континент. Освен тези описания Банкс донася в Англия хиляда и петстотин рисунки на невиждани растения и животни. Направил ги е художникът Сидни Паркинсън, починал по време на плаването.
След тази експедиция Европа научава за съществуването в умерените ширини на Южното полукълбо на двата големи острова на Нова Зеландия, както и това, че източното, неизвестно преди крайбрежие на Нова Холандия е далеч по-привлекателно от северните, западните и южните й брегове.
В края на XVIII и началото на XIX в. Нови Южен Уелс и Нова Зеландия биват подложени на нахлуването на британските колонизатори, пагубно за жителите на тези страни. Волно или неволно, Кук става лоцман на европейската отвъдморска експанзия.
Гибелта на южния континент
Герой на деня през втората половина на юли 1771 г. в Лондон става Банкс. На него и само на него се приписват успехите на славната експедиция (отчасти защото той сам си ги приписва), високото му чело е увенчано с лаври в двореца и в Кралското дружество.
Говори се, че Банкс подготвял нова експедиция в южните морета с три големи кораба.
Великият Линей, възхитен от ботаническите открития на експедицията, предлага Нови Южен Уелс да се преименува в Банксия.
През август обаче лаврите на Банкс поувяхват и се повишават акциите на истинския герой на плаването, командира на „Индевър“. Към Кук голям интерес проявява новият първи лорд на Адмиралтейството Джон Монтегю, граф Сандуич.
Сандуич, преуспяващ политик, един от фаворитите на крал Георг III, през 1771 г. става шеф на Адмиралтейството и се задържа на този пост единадесет години.
Сандуич не разбира много от морско дело и едва ли би могъл да направи разлика между гротстенга и гротбрамстенга, но затова пък отлично знае на коя карта трябва в един или друг момент да заложи в играта на живота.
Сандуич отлично разбира, че плаването на „Индевър“ е завършило с успех благодарение на Кук. В началото на август той неведнъж се среща с него, а на 14 август в Сейнтджеймския дворец го представя на крал Георг III.
На тази аудиенция кралят честити на Кук произвеждането му в чин капитан трети ранг.
Наскоро след това, сигурно около двадесети август, Кук е назначен за командир на кораба „Скорпион“. Този пост е истинска синекура — новият командир прекарва дните си в Адмиралтейството и Корабната палата, ведомството, отговарящо за комплектуването на флота с плавателни съдове.