Собственно, новые методы и приемы исследования природы были уже не только провозглашены в трудах Галилея, Бэкона, Декарта, но и эффективно применялись и обогащались как ими самими, так и другими выдающимися естествоиспытателями — Бойлем, Гюйгенсом, Ньютоном. Эксперимент как важнейшее средство открытия новых явлений природы, математическое обобщение опытных данных, совершенствование и обогащение самого математического знания для решения все более широкого круга естественнонаучных задач и опять-таки эксперимент как орудие испытания истинности научных положений — все это во второй половине XVII в. прочно входило в исследовательскую практику передовых научных центров мира, к числу которых в Англии относилось и Королевское общество. Однако мировоззренческое и логико-методологическое осмысление и утверждение происходившего в науке переворота явно не поспевало за ее могучим взлетом, так как все еще наталкивалось на ожесточенное сопротивление сторонников теологически-схоластической учености. Основой этой лжеучености было учение об особых, противостоящих материальному миру и по отношению к нему первичных и продуцирующих его умопостигаемых сущностях — метафизика. Одним из краеугольных камней метафизики была теория врожденных идей.
Признание врожденных человеку идей или принципов являлось идеалистическим решением вопроса об источнике человеческих знаний, оно в конечном итоге приводило к признанию того, что эти идеи и принципы каким-то образом запечатлены в человеческом разуме духовным началом, богом. Характерно, что в ходе работы над «Опытом» в первоначальном варианте его первой книги, известном как «Набросок А» (1671 г.), текст начинается сразу с позитивного изложения антиметафизической эмпирико-сенсуалистической системы знания. Источником знания объявляются ощущения, опыт. А критика теории врожденных идей фигурирует в виде вспомогательного возражения возможным оппонентам (см. 4, стр. 67–69). Но уже через несколько месяцев в новом варианте первой главы — «Набросок Б» критика теории врожденных идей не только расширяется, но и становится главным содержанием первой книги. Дальнейшее изменение по сравнению с «Наброском Б» состояло в том, что окончательный вариант первой книги начинается с критики так называемых теоретических врожденных принципов, в то время как «Набросок Б» — с критики так называемых практических врожденных принципов. Все эти изменения и дополнения свидетельствуют о том, что Локк осознает потребность в решительном и последовательном опровержении теории врожденных идей как в предварительном условии изложения позитивной антиметафизической философской системы. Это подтверждается и соображением, высказанным Локком в письме к А. Коллинзу от 21 марта 1703 г.: «Верно, что нельзя делать никаких возражений против него, т. е. „Опыта о человеческом разуме“, иначе как только исходя из положения о врожденности идей» (3, т. X, стр. 285).
В связи с характерной для Локка манерой письма, в соответствии с которой он почти никогда не называет и не цитирует своих конкретных противников, а дает обобщенное изложение рассматриваемых вопросов, в буржуазной философии предпринимались попытки усомниться в существовании реальных противников, против которых была направлена его критика врожденных идей. Английский философ Р. Аарон отмечает: «…трудность обнаружения оппонентов Локка так велика, что некоторые писатели серьезно предположили, что Локк для того, чтобы представить свои взгляды более ясно, начал [изложение] при помощи установления соломенного чучела, представляя в конкретной и живой форме теорию познания, которую ни один философ никогда не выдвигал, и убедительно ее отвергая» (43, стр. 89). Так, С. Лампрехт считает оценку первой книги «Опыта» как опровержение теории врожденных идей «подозрительной» (60, стр. 1). В этой связи уместно выяснить, в каких формах теория врожденных идей существовала во времена Локка и на каком уровне критика этой теории находилась до появления «Опыта».
В основу традиционной схоластической метафизики были положены идеи Аристотеля. Согласно Аристотелю, метафизика включает: 1) науку о первых принципах, 2) науку о бытии в целом, 3) науку о божественном — о форме всех форм, о перводвигателе. Непоследовательность материализма Стагирита, его уступки идеализму, в особенности при решении вопроса о соотношении «формы» и «материи», создали благоприятную почву для использования его идей в теологически-схоластической метафизике. Эти идеи в томистской метафизике были преобразованы в учение о философии как служанке богословия.