Есть основания предполагать, что томские катакомбы — это не «убегаловки», не купеческие забавы и не разбойничьи захоронки, а подземный город, созданный во тьме веков. Арабские и персидские ученые тысячелетие назад сообщали о том, что им известны три русские земли: Куявия (Куябия, Куяба), Славия (ас-Славия, Салау) и Артания (Арсания, Арта, Арса, Уртаб). Большинство отечественных историков считают, что Куяба — государственное объединение восточнославянских племен Среднего Приднепровья, столицей которого был Киев. Славия отождествляется одними с областью расселения ильменских словен, другими — с Югославией. Что касается Третьей Руси, — Артании, ее локализация до недавнего времени была совершенно неопределенной. Возможно, это было обусловлено тем, что артанские купцы ничего не рассказывали о своей стране и никому не позволяли себя провожать, а проникавших в Артанию самовольно попросту топили в реке. Купцы же привозили из Третьей Руси черных соболей, свинец и очень ценные клинки, которые после сгибания колесом выпрямлялись вновь. Упоминание об этих вещах выводило исследователей, искавших Артанию, на томскую землю по соседству с Кузнецком, где издревле процветала металлургия. Даже московский царь поначалу брал дань с кузнецких умельцев не мехами, а железными изделиями. Здесь же, в Приобье, в прежние времена проживали хазары и булгары, переселившиеся к концу первого тысячелетия в Восточную Европу. В начале 13 века Артания, возможно, была уничтожена войсками Чингисхана, однако следы былой жизни на берегах Томи сохранились вплоть до прихода казаков и становления Томска в 1604 году (включая огородные культуры, растущие в этих местах, и березняки, характерные для бывших пахотных земель).
Многих смущает наличие кирпичных арочных сводов в подземных ходах, ведь первый кирпичных дел мастер уставщик-каменщик Савва Михайлов прибыл в Томск из Тобольска лишь в 1702 году, поставил пять домов и был отозван в Санкт-Петербург на строительство города на Неве. А строительство кирпичных домов в Томске возобновилось лишь через полвека. Но вот англичанин Джон Белл Антермонский, прикомандированный к дипломатической миссии в Китай капитана лейб-гвардии Льва Васильевича Измайлова, вспоминает другое (мы читаем это в его дневниках). Проезжая через Томск в 1720 году, он встретил здесь одного бугровщика (так назывались в Сибири грабители древних курганов), и тот рассказал ему, «что однажды неожиданно наткнулся на сводчатый склеп, где нашли останки человека с луком, стрелами, копьем и другим вооружением, лежавшим вместе на серебряной плите. Когда притронулись к телу, оно рассыпалось в пыль». «Рассыпавшееся в пыль» тело свидетельствует о тысячелетней древности останков, а сводчатость склепа, по-видимому, о том, что кирпич строителям склепа был известен за ту же тысячу лет до прихода казаков в Сибирь.
О сибирском народе, ушедшим под землю, свидетельствует пассаж из книги «О человецех незнаемых на Восточной стране», написанной в 14 веке: «Верх рекы великия Оби есть люди ходят попод землею иною рекою день да нощь с огни. И выходят на озеро. И над тем озером свет пречуден. И град велик, а посаду нет у него. И кто поедет к граду тому и тогда слышити шюм велик в граде том, как и в прочих градех».