En Nubia y el Alto Egipto murieron miles y miles de personas, y la peste empezó a propagarse lentamente río abajo. La pequeña cosecha obtenida permaneció en ánforas en los muelles del río; los lugareños eran pocos y estaban demasiado enfermos para cargarla en las barcazas y enviarla a Alejandría y el Delta. Cuando en Alejandría y el Delta se tuvo noticia de la epidemia, nadie se atrevió a navegar por el río para cargar el grano.
Cleopatra se hallaba ante un difícil dilema. En Alejandría y sus aledaños vivían tres millones de personas y en el Delta otro millón. Debido a la peste el río estaba cerrado para estas famélicas muchedumbres, y ni con todo el oro de las bóvedas del tesoro podía comprarse grano en el extranjero. Entre los árabes del sur de Siria corrió la voz de que habría grandes recompensas para aquellos dispuestos a bajar por el Nilo y cargar el grano, pero los rumores de la terrible epidemia disuadieron también a los árabes. El desierto era su protección contra lo que ocurría en Egipto; los viajes entre el sur de Siria y Egipto se redujeron y finalmente cesaron, incluso por mar. Cleopatra podía dar de comer a sus millones de súbditos urbanos durante muchos meses con el contenido de los graneros de la cosecha del año anterior, pero si la siguiente inundación del Nilo permanecía en los Codos de la Muerte, Alejandría se moriría de hambre, aunque sobreviviera la población más rural del Delta.
Uno de los pocos consuelos fue la aparición de Aulo Alieno, legado de Dolabela, para llevarse las cuatro legiones acuarteladas en Alejandría. Previendo oposición, Alieno quedó desconcertado al descubrir a la reina más que dispuesta a complacerlo: sí, sí, llévatelas. Llévatelas mañana mismo. Sin ellas, habría treinta mil bocas menos que alimentar.
Cleopatra debía tomar ciertas decisiones. César la había aleccionado sobre la necesidad de pensar con vistas al futuro, pero eso no iba con su naturaleza. Además, nadie, y menos una mimada monarca, conocía la dinámica de la peste. Cha'em le había dicho que los sacerdotes contendrían la enfermedad, que no se extendería al norte de Tolomeo, donde se había detenido todo el tráfico tanto por el río como por carretera. Pero naturalmente el tráfico de roedores continuó, aunque a un ritmo menor. Comprensiblemente, Cha'em estaba demasiado ocupado al frente de su ejército de sacerdotes para ir a Alejandría a ver a la faraona, quien tampoco viajó al sur para verlo a él. Cleopatra no tenía a nadie que la aconsejara, ni la menor idea de qué debía hacer.
Apesadumbrada por la muerte de César, no conseguía la objetividad necesaria para tomar decisiones. Deduciendo de las pautas habituales que al año siguiente la inundación tampoco superaría los Codos de la Muerte, promulgó un edicto por el cual dentro de la ciudad sólo podían comprar grano las personas con la ciudadanía alejandrina. Los habitantes del Delta estarían autorizados a comprar grano sólo si se dedicaban a actividades agrícolas o a la producción de papel, un monopolio real que no debía interrumpirse.
En Alejandría vivían un millón de judíos y méticos. César les había concedido la ciudadanía romana, y Cleopatra había igualado su generosidad otorgándoles la ciudadanía alejandrina. Pero tras la marcha de César el millón de griegos de la ciudad había insistido en que si judíos y méticos tenían la ciudadanía, también ellos debían tenerla. Al final los únicos habitantes de la ciudad desprovistos de la ciudadanía -en otro tiempo restringida exclusivamente a los trescientos mil macedonios- eran los egipcios híbridos. Si la ciudadanía se mantenía tal como estaba, los graneros tendrían que proporcionar más de dos millones de medimni de trigo o cebada al mes. Si esa cantidad podía recortarse a poco más de un millón de medimni mensuales, la perspectiva mejoraría notablemente. Así que Cleopatra renegó de su promesa y despojó a los judíos y los méticos de la ciudadanía alejandrina aunque permitió que los griegos la conservaran. Eso fue un paso atrás en el intento de gobernar con sensatez: nunca había seguido el consejo de César de entregar grano gratuitamente a los pobres, y ahora retiraba la concesión a un tercio de la población de la ciudad a fin de salvar, tal como ella lo veía, las vidas de aquellos que más derecho tenían a habitar en Alejandría por razones de sangre. En el Recinto Real nadie se opuso al edicto; la autocracia engendraba sus propias desventajas, siendo una de ellas que los autócratas preferían tratar con personas que les daban la razón, y no les gustaban las personas que discrepaban de ellos a menos que estuvieran a la altura de César, ¿y quién lo estaba en Alejandría a los ojos de Cleopatra?
El edicto cayó como un mazazo entre los judíos y los méticos. Su soberana, a cuyo servicio habían trabajado afanosamente, por quien tanto habían dado, incluidas preciosas vidas, iba a dejarlos morir de hambre. Aunque vendieran todo lo que tenían, serían incapaces de pagar el grano, su alimento básico. Éste se reservaba a los alejandrinos de origen macedonio y griego. ¿Y qué otra cosa podía comer la población urbana en época de hambruna? ¿Carne? En tiempo de sequía no había animales. ¿Fruta? ¿Verdura? Los mercados carecían de ellas durante una sequía, y pese a la proximidad del lago Mareotis, en aquel terreno arenoso no crecía nada.
Alejandría, el injerto artificial del árbol egipcio, no podía autoabastecerse. La gente del Delta comería algo; la gente de Alejandría no.
Los habitantes empezaron a marcharse, sobre todo los de los distritos Delta y Épsilon, pero ni siquiera eso era fácil. En cuanto el rumor sobre la epidemia llegó a los puertos del Mare Nostrum, Alejandría y Pelusium dejaron de ver barcos extranjeros en sus muelles, y los mercantes alejandrinos que viajaban a otros países se encontraron con que no les permitían atracar en los puertos. En su pequeño rincón del mundo, Egipto permanecía en cuarentena, no por un edicto sino por el ancestral terror a la peste.
Los alborotos empezaron cuando los alejandrinos de extracción macedonia y griega levantaron barricadas en torno a los graneros y apostaron un gran número de vigilantes allí donde se almacenaba comida. Los distritos Delta y Épsilon estaban indignados y el Recinto Real se convirtió en una fortaleza.
Para colmo de males Cleopatra también tenía que preocuparse por Siria. Cuando Casio mandó un mensaje para solicitarle barcos de guerra y de transporte, tuvo que negarse porque aún esperaba encontrar suministro de grano en algún lugar del mundo, y necesitaría todas las naves disponibles, incluidas las galeras de guerra. ¿Cómo, si no, iba a asegurarse de que permitieran atracar y cargar a sus barcos de transporte?
A principios del verano, supo que Casio se proponía iniciar la invasión. Poco después llegó la noticia desde el primer nilómetro de que, como ella preveía, la inundación volvía a hallarse en el nivel de los Codos de la Muerte. No habría cosecha aunque en las orillas del Nilo quedara gente viva suficiente para sembrar, lo cual era dudoso. Cha'em le comunicó en un mensaje que el sesenta por ciento de la población del Alto Egipto había muerto. También le anunció que, según creía, la peste había traspasado la frontera establecida por los sacerdotes en el valle de Tolomeo, aunque ahora confiaba en detenerla por debajo de Menfis. ¿Qué hacer? ¿Qué hacer?
A finales de septiembre la situación mejoró un poco de manera imprevista. Con gran alivio, Cleopatra se enteró de que Casio y su ejército habían ido al norte de Anatolia; no habría invasión. Como nada sabía de la carta de Bruto, dio por supuesto que Casio estaba al corriente de la gravedad de la peste y había decidido no correr riesgos. Casi al mismo tiempo, llegó un enviado del rey de los partos y ofreció vender a Egipto una gran cantidad de cebada.