En sus memorias, Brüning confesaba:
«Le expliqué que, hasta entonces, todos los intentos honorables de llegar a un acuerdo con la extrema derecha en beneficio de la democracia habían fracasado. Pacelli no comprendía la naturaleza del nacionalsocialismo. Por otra parte, aunque los socialdemócratas alemanes no eran religiosos sí eran, al menos, tolerantes. Pero los nazis no eran ni religiosos ni tolerantes». Pese a la franca exposición, el canciller no logró convencer a Pacelli, tanto que confesaría en sus memorias -siempre, según las citas tomadas de John Cornwell- que creía que el Vaticano «se encontraría más a gusto con Hitler que con un devoto católico como yo».
Tras la caída de Brüning, en mayo de 1932, y del éxito electoral nazi en aquel verano, Pacelli reiteraría sus esfuerzos para que el Centro -con el 16,2 por ciento de los votos- se acercara a Hitler, pese a que el episcopado alemán redoblaría en los meses siguientes sus denuncias contra el NSDAP, cuyo único dios era Hitler y cuyo violento y racista ideario consideraba no solamente contrario a la doctrina evangélica sino, también, muy peligroso para la democracia, la libertad y los derechos individuales. Pero Pacelli, obsesionado por el peligro de bolchevización de Alemania, pese a que entonces los comunistas apenas contaban con el 14 por ciento de los votos, contemplaba aquellas condenas como la miopía de un clero al que los árboles le impedían ver el bosque. Él trataba de los grandes intereses globales de la Iglesia y no de minucias locales. Puesto que no fue posible al acuerdo del Centro con los nazis, él proseguiría buscando el concordato, negociándolo con ellos.
Después del acceso de Hitler al poder y de las mencionadas elecciones del 5 de marzo, el Centro mantuvo una posición sólida, con el 14 por ciento de los votos. El apoyo de sus diputados le interesaba a Hitler a la hora de hacer aprobar la Ley de Plenos Poderes, pero mucho más le importaba aún el dominio de los 23 millones de católicos, de sus múltiples organizaciones y la neutralización de sus más de 400 publicaciones periódicas… El astuto líder nazi advirtió enseguida que todo eso lo iba a tener mediante una sola y redonda operación: el concordato. Aunque no existen documentos que prueben un acuerdo previo de Ludwig Kaas y Hitler para que el Centro apoyase la Ley de Plenos Poderes a cambio de la firma del concordato, las memorias de Goebbels lo dan a entender y los hechos así se produjeron.
De inmediato, el episcopado alemán modificó su política condenatoria del nazismo. Las iglesias protestantes, al observar el entendimiento entre el Vaticano y Hitler, se apresuraron a hacer lo propio, para conseguir acuerdos tan ventajosos como los que se presuponían para los católicos. Al socaire de tanta complacencia se inició la represión antisemita que, cobardemente, fue aceptada por la mayoría de los cristianos: en una carta a Pacelli, el cardenal muniqués Michael von Faulhaber, que había mantenido una inequívoca actitud antinazi, creía que los católicos no debían inmiscuirse para no incurrir en las represalias nazis; en consecuencia, «los judíos tendrán que arreglárselas por su cuenta». Faulhaber no fue el único. Tal postura era tanto más asombrosa cuanto que las medidas antisemitas nazis afectaban también a los judíos de religión católica.
En los meses de abril y mayo de 1933, mientras se negociaba el concordato, el Centro se desmoronó; millares de sus afiliados se pasaron a las filas del NSDAP. El episcopado católico se reunió en mayo para adoptar una postura común y, pese a que algunos prelados opinaban que no se podía negociar nada con Hitler y denunciaron una vez más la perversidad del nazismo, todos aceptaron la gestión del concordato, cuya cláusula más difícil de digerir era la prohibición al clero de toda actividad política; de ahí a la disolución del Centro mediaba un solo paso.
A comienzos de julio, el texto del concordato ya estaba listo. Pío XI lo leyó, al parecer poco convencido de su oportunidad, y exigió que al final figurase una cláusula sobre reparaciones por los actos de violencia que organizaciones, publicaciones y políticos católicos estaban sufriendo en Alemania. La negociación llegaba a un terreno en el que Hitler no tenía rivaclass="underline" ya sabía hasta dónde podía llegar su desafío. Parece que, cuando tuvo en sus manos el texto final, le dijo a von Papen, encargado de la negociación con el Vaticano, que aceptara la cláusula, pero que exigiera la disolución del Centro…Y el viejo Zentrum, el único partido que aún era legal en Alemania -aparte el NSDAP- en el verano de 1933, desapareció como por ensalmo el 4 de julio. El cardenal Pacelli aseguró un año después que no había existido relación entre la dispersión del Centro y el concordato, pero la mayoría de los historiadores mantiene lo contrario y Brüning, que semanas antes se había hecho cargo de la jefatura del partido para evitar su desmoronamiento, le señala como el gran responsable:
«Tras el acuerdo con Hitler no estaba el Papa, sino la burocracia vaticana y su líder, Pacelli […] Los partidos parlamentarios católicos, como el del Centro en Alemania, eran un obstáculo para su autoritarismo y fueron disueltos sin pesar en varios países» (citado por John Cornwell).
Conseguida la desaparición del Centro, Hitler volvió a jugar con Pacelli: sus abogados trataron de hacer distingos entre organizaciones católicas de estricto carácter religioso y de contenido civil y volvió sobre el tema de las reparaciones que días antes había asumido. Pacelli, exasperado ante tanta dilación, terminó por aceptar que la distinción entre el carácter religioso y civil se dejara para un estudio posterior… El tramposo Hitler había ganado al meticuloso Pacelli, que al rubricar el concordato, durante la tarde del 8 de julio, estaba tan nervioso que cometió errores con su firma. La confirmación solemne del concordato tuvo lugar el 20 de julio y Hitler lo exhibió como un gran triunfo: la Iglesia católica aprobaba moralmente su política y su clero se abstendría, en adelante, de cualquier desautorización, que sería tomada como un transgresión del concordato y, por tanto, atajada por las leyes nazis.
Dos años después de la firma del concordato había desaparecido la prensa católica; el profesorado religioso fue despedido de las escuelas públicas; se espiaba el contenido de los sermones y pláticas en las iglesias; se prohibió la difusión de las pastorales que cuestionaran políticas oficiales como el racismo o la esterilización de quien padeciera algún tipo de enfermedad o retraso mental hereditario; se restringieron las manifestaciones religiosas, como procesiones, peregrinaciones, limitándolas a poco más que los coros parroquiales; se obstaculizaron muchas labores asistenciales, como las de Cáritas; en los seis años siguientes se cerraron la mayoría de los 15.000 colegios religiosos que existían en 1933; líderes de organizaciones católicas de tipo espiritual, deportivo o propagandístico fueron acosados, apaleados, detenidos y asesinados en fechas tan tempranas como 1933 y 1934, incluyendo al propio ex canciller Brüning, que hubo de abandonar clandestinamente Alemania en 1934 para salvar la vida. Las organizaciones juveniles fueron suprimidas y sus integrantes, incorporados a las Juventudes Hitlerianas.
A mediados de enero de 1937 se terminó la paciencia de la Iglesia alemana. En una reunión de obispos se esgrimieron 17 violaciones del concordato y se acordó que cinco de ellos viajarían a Roma para exponer sus quejas a Pacelli y a Pío XI. Así nació la encíclica Mit brennender Sorge (Con profunda preocupación), cuyo borrador escribió el cardenal Faulhaber, Pacelli le dio la forma definitiva y Pío XI la firmó a final de mes. El documento fue traducido al alemán, introducido clandestinamente en el Reich, impreso en doce talleres gráficos distintos y distribuido a todas las parroquias por medio de miembros de la comunidad católica. De la buena organización que aún conservaban los católicos en Alemania es prueba innegable que ninguna copia cayera en manos de las diversas policías nazis antes de su lectura el 14 de marzo.