Уезжая из Казани в Оренбург, князь Щербатов доносил Екатерине, что в Казанской губернии «волнование народное совершенно прекращено и бывшие в предательстве — в законном повиновении находятся». Такого же мнения был и престарелый Брант.
Однако в казанских краях было не так уж спокойно, и «волнование народное», погаснув в одном месте, внезапно вспыхивало в другом. Между городами Мензелинском и Осою свободно бродили мятежники. Против них Брант отправил секунд-майора Скрипицына. Другой отряд под командой Берглина преследовал восставших башкирцев по реке Тулве. Тысячная толпа их отошла к северу и бродила по Пермской провинции, в Красноуфимске «колобродили» казаки, поджидавшие к себе Салавата Юлаева, скитавшегося с башкирцами за рекой Уфой.
Как только генерал Мансуров занял Яицкий городок, ставропольские и оренбургские калмыки с жёнами, детьми, скотом, в числе шестисот кибиток, бежали в сторону Башкирии на соединение с Пугачёвым. После нескольких упорных стычек с правительственными отрядами калмыки всякий раз разбегались, но снова сходились вместе. Около двух тысяч калмыков были настигнуты и разбиты на переправе через реку Ток. От полного пленения они спаслись чрез хитрость своего предводителя Дербетова. В разгаре боя он приказал зажечь степь. И вот степь заклубилась огнём и дымом. Ветер шёл на солдат и казаков. Преследующий отряд стал задыхаться в дыму и пламени и вскоре, спасаясь от гибели, разбежался. Калмыки той порой перебрались через реку и пошли по самарской линии уничтожать мелкие крепости и форпосты. В конце концов высланный генералом Мансуровым из Яицкого городка значительный отряд стал преследовать Дербетова. Калмыки, спешно отступая, бросали на пути усталых лошадей, верблюдов и даже своих жён, спешили укрыться в вершинах Иргиза. Произошёл бой, многие калмыки попали в полон и были отправлены в Оренбург; раненый их вождь Дербетов дорогою умер.
Тем временем князь Голицын, получив известие о бегстве Пугачёва в Башкирию, сформировал для преследования мятежников два сильных отряда — генерал-майора Фреймана и подполковника Аршеневского.
Подполковник Михельсон, освободивший Уфу и пленивший Зарубина-Чику, был застигнут в Уфе ледоходом. Он намеревался выступить к Симскому заводу, где, по его мнению, бродил Белобородов с тысячной толпой и неподалёку от него Салават Юлаев с тремя тысячами башкирцев. Михельсон рассчитывал, уничтожив эти бунтующие сборища, повернуть к Белорецкому заводу, куда будто бы направился Пугачёв.
Наступившая распутица значительно задерживала движение всех правительственных отрядов.
Военачальники Щербатов, Голицын, Мансуров и прочие, разъединённые между собой пространством, раскинув каждый на своём месте топографическую карту, судили и рядили, каждый на свой лад, куда бы выслать им воинские отряды, дабы как можно скорей и успешней окружить Пугачёва, попутно пресекая на местах волнение народное. Но беда военачальников заключалась в том, что сам Пугачёв был как бы прикрыт шапкой-невидимкой — где он, кто с ним? И военачальникам волей-неволей приходилось бороться с ветром, с пустотой, с неуловимым призраком. Одни из отрядов спешно посылались выставить заслоны на таких-то и таких-то реках, чтоб самозванец оказался в ловушке, другие отряды спешили занять те или иные населённые пункты с той же целью окружить Пугачёва, но Пугачёв в это время находился от них за сотни вёрст. Третьи военачальники, например, Михельсон, отыскивая затерявшийся след самозванца, тянули, попросту говоря, «верхним чутьём», как породистые собаки. Они свои действия зачастую основывали на ложных показаниях и бесплодно бросались то в одну, то в другую сторону. Вся эта, естественная в тех условиях, неразбериха была на пользу Пугачёву, позволяя ему осмотреться и усилиться.