В 1889 г. Г. Буцуряну у с. Кукутени близ г. Яссы было открыто поселение, впоследствии давшее наименование варианту культуры, распространенному на территории Румынии (Buţzureano Gr., 1891). Широкую известность это многослойное поселение получило после раскопок Г. Шмидта в 1909–1910 гг. (Schmidt H.,1932), выявивших руины жилищ двух разновременных поселений, укрепленных глубокими рвами. Для более древнего характерна керамика с трехцветной росписью (стиль Кукутени А), для более позднего — керамика с черной росписью по оранжевому фону (стиль Кукутени В). Классификация керамики, разработанная Г. Шмидтом, легла в основу периодизации кукутенских поселений.
Из методических вопросов наибольшие разногласия долгое время вызывала интерпретация глиняных площадок. Первоначально большинство исследователей считало их погребальными сооружениями. Даже видный польский ученый Л. Козловский, достаточно верно интерпретировавший остатки глинобитных построек и создавший первую графическую реконструкцию трипольского дома, допускал вероятность сожжения глинобитных жилищ вместе со всем инвентарем и останками умершего хозяина (Kozłowski L., 1930; 1939). Русские исследователи В.В. Хвойко и Э.Р. Штерн полагали, что жилищами были землянки, а глинобитные площадки представляли собой места трупосожжений и жертвоприношений (Хвойко В.В., 1904; Штерн Э.Р., 1906). И хотя В.А. Городцов и А.А. Спицын пытались доказать, что площадки являются остатками жилищ (Городцов В.А., 1899; Спицын А.А., 1904а), взгляд В.В. Хвойко на площадки как на дома мертвых нашел самое широкое распространение.
Одновременно разрабатывались и вопросы исторической интерпретации памятников трипольского типа. В этом отношении большое значение имел XIII Археологический съезд, состоявшийся в 1905 г. В докладе на этом съезде первооткрывателем культуры В.В. Хвойко была поставлена важнейшая проблема: сочетание в трипольской культуре местного пласта и культурных элементов, заимствованных от балканских земледельцев (Хвойко В.В., 1906а). На том же съезде в докладе о связях и хронологии Триполья Э.Р. Штерн произвел сравнение керамики исследовавшегося им трипольского поселения у с. Петрены в Молдавии с неолитической керамикой Балкан и Фессалии. Так как там расписная керамика со спиральным орнаментом залегала ниже микенской, Э.Р. Штерн счел возможным петренскую расписную керамику отнести к домикенскому времени и датировать ее III тысячелетием до н. э. (Штерн Э.Р., 1906, с. 47). На том же съезде впервые была произведена попытка классификации глиняных антропоморфных фигурок, характерных для трипольских комплексов (Скрыленко А.А., 1905).
На 20-30-е годы нашего столетия приходится второй большой период в изучении поселений трипольско-кукутенской культурной общности. На первое место выдвигаются насущные задачи археологической систематики — выработка классификации и периодизации памятников культуры Триполье-Кукутени. Уже в середине 20-х годов, несмотря на большие трудности, члены созданного тогда Археологического комитета Украинской Академии наук (ВУАК УАН) с необычайной энергией и энтузиазмом принялись за осуществление мероприятий, направленных на консолидацию всех научных сил республики и охрану памятников старины (Рудинський М.Я., 1926; 1927а; 1927б). Разработанный Археологическим комитетом план работ на многие годы определил направление исследований в области трипольской культуры. В 1925 г. по решению комитета усилия экспедиций были сосредоточены в основном на изучении памятников трипольской культуры. Раскопки велись одновременно на пяти поселениях, ранее исследовавшихся В.В. Хвойко, с целью проверки и дополнения данных, полученных им около четверти века назад. Во главе экспедиций стояли академик Н.Ф. Беляшевский, Н.Е. Макаренко и другие сотрудники АН УССР, а также С.С. Гамченко (Житомирский музей) и М.К. Якимович (Уманский музей). С 1926 г. памятники трипольской культуры стали исследоваться в совершенно новых, более южных районах. Особенно значительными оказались результаты экспедиций М.Я. Рудынского в Поднестровье и М.Ф. Болтенко в с. Усатово под Одессой (Болтенко М.Ф., 1925; Рудинський М.Я., 1927б; 1930). Раскопки, продолжавшиеся на памятниках Приднепровья, также дали хорошие результаты. Активно участвовали археологи и в обследовании зон затопления крупных гидростанций. Так, в 1930–1932 гг. в среднем течении Южного Буга было обследовано свыше 30 трипольских поселений (АДТБ, 1933).