За несколько секунд до запуска двигателей по трубопроводам через проемы в пусковой установке подаются потоки воды в зону факела работающих двигателей, чтобы уменьшить акустические нагрузки на ракету. Подача воды на стенде-старте осуществляется непрерывно в процессе запуска и начала полета ракеты из общей емкости с запасом воды 5 тыс. м3. На штатном старте установлены две емкости с тысячью кубометров воды, которая в момент запуска вытесняется аккумулятором давления в зону факела в несколько каскадов работы.
Автоматическая система подготовки к пуску координирует работу всех наземных и бортовых систем. Несколько сот датчиков бортовой системы централизованного контроля параметров сверяют температуру и давление в различных точках конструкции ракеты, в отсеках и баках и через наземную аппаратуру поддерживают эти параметры в заданных пределах.
До начала заправки ракеты компонентами жидкого топлива включается в работу система пожаро-взрывопредупреждения. Она, несмотря на многочисленные конструктивные решения, позволяющие исключить возможность утечки компонентов топлива, призвана срабатывать в так называемых нештатных ситуациях и обеспечить безопасность от возможного образования в отсеках носителя взрывоопасных смесей. В составе системы имеется несколько десятков высокочувствительных и точных газоанализаторов паров водорода, кислорода, керосина и пожарных извещателей, реагирующих на пламя водорода. Получаемая от них информация обрабатывается и анализируется специализированным цифровым вычислительным комплексом. А появление пожаро-взрывоопасной ситуации подавляется бортовой и наземной аппаратурой системы пожаропредупреждения, которая подает в необходимые отсеки газообразный азот, а при необходимости - и высокоэффективное гасящее вещество.
Перед заправкой баков ракеты топливом начинает работу система контроля заправки. Специфические особенности компонентов топлива, такие, как, например, сверхнизкие температуры, малый удельный вес, а также высокие требования по точности измерений (они должны выполняться с погрешностью всего в 10 мм при высоте баков до 30 м), потребовали создания для "Энергии" уникальной по своим техническим характеристикам и возможностям системы контроля. Для этого в каждом из баков установлены емкостные дискретные и непрерывные датчики, позволяющие измерять уровень топлива по всей высоте бака. Их показания через наземную аппаратуру поступают в автоматическую систему подготовки пуска ракеты и используются затем для управления процессом заправки, в том числе и синхронизации заполнения. Все это позволяет избежать нерасчетной нагрузки на конструкцию ракеты.
После окончания заправки упомянутые системы совместно с наземными обеспечивают вплоть до старта регулирование среднебаковой температуры с точностью до одного градуса и уровня переохлажденных компонентов топлива. Нужно сказать, что в процессе всех предпусковых операций параметры ракеты и наземных систем регулируются и при необходимости отображаются на пультах операторов.
С завершением заправки ракеты топливом в действие вступают бортовой и наземный комплексы автономного управления. Такой комплекс способен обеспечить полностью автоматический режим предпусковые проверок всей бортовой аппаратуры ракеты, выполнить предпусковые операции, осуществить запуск двигателей и управление системами и ракетой при автономном полете. Перед пуском ракеты в память вычислительной машины бортовой системы управления вносятся оперативные данные полетного задания, которые уточняют ранее размещенный массив информации на пуск. Например, фактическую температуру топлива, последние данные по метеоусловиям. После этого начинается непрерывный автоматический режим работы ракеты. По заданной циклограмме включаются различные системы, контролируется выполнение команд комплекса автономного управления.