Park M.Y., Wu G., Gonzalez-Sulser A., Vaucheret H., and Poethig R.S. 2005. Nuclear processing and export of microRNAs in Arabidopsis. Proc. Natl. Acad. Sci. 102: 3691-3696.
Peregrine A., Yoshikawa M., Wu G., Albrecht H.L., and Poethig R.S. 2004. SGS3 and SGS2/SDE1/RDR6 are required for juvenile development and the production of frans-acting siRNAs in Arabidopsis. Genes. Dev. 18: 2368-2379.
Pikaard C.S. 2000. The epigenetics of nucleolar dominance. Trends Genet. 16: 495-500.
Rocha P.S., Sheikh M., Melchiorre R., FagardM., Boutet S., Loach R., Moffatt B., Wagner C, Vaucheret H., and Fumer I. 2005. The Arabidopsis HOMOLOGY-DEPEN DENT GENE SILENCING) gene codes for an S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase required for DNA methylation-dependent silencing. Plant Cell 17: 404-417.
Schubert D., Clarenz O., and Goodrich J. 2005. Epigenetic control of plant development by Polycomb-group proteins. Curr. Opin. Plant Biol. 8: 553-561.
Senda M., Masuta C, Ohnishi S., Goto K., Kasai A., Sano T., Hong /.-S., and MacFarlane S. 2004. Patterning of virus-infected Glycine max seed coat is associated with suppression of endogenous silencing of chalcone synthase genes. Plant Cell 16: 807-818.
Souret F.F., Kastenmayer J.P., and Green P.J. 2004. AtXRN4 degrades mRNA in Arabidopsis and its substrates include selected miRNA targets. Mot Cell 15: 173-183.
Springer N.M. and Kaeppler S.M. 2005. Evolutionary divergence of monocot and dicot methyl-CpG-binding domain proteins Plant Physiol. 138: 92-104.
Springer N.M., Napoli C.A., Selinger D.A., Pandey R., Cone K.C., Chandler V.L., Kaeppler H.E, and Kaeppler S.M. 2003. Comparative analysis of SET domain proteins in maize and Arabidopsis reveals multiple duplications preceding the divergence of monocots and dicots. Plant Physiol. 132: 907-925.
Stam M. and Mittelsten Scheid 0.2005. Paramutation: An encounter leaving a lasting impression. Trends Plant Sci. 10: 283-290.
Takeda S., Tadele Z., Hofmann I., Probst A.V., Angelis K.J., Kaya H., Araki T., Mengiste T, Mittelsten Scheid O., Shibahara K., et al. 2004. BRU1, a novel link between responses to DNA damage and epigenetic gene silencing in Arabidopsis. Genes Dev. 18: 782-793.
Tanq M. and Paszkowski J 2004. DNA and histone methylation in plants. Trends Genet. 20: 244-251.
Ting A. H., Schuebel K.E., Herman J.G., and Baylin S.B. 2005. Short double-stranded RNA induces transcriptional gene silencing in human cancer cells in the absence of DNA methylation. Nat. Genet. 37: 906-910.
Vaucheret H., Vazquez E, Crete P., and Bartel D.P. 2004. The action of ARGONAUTE1 in the miRNA pathway and its regulation by the miRNA pathway are crucial for plant development. Genes Dev. 18: 1187-1197.
Vazquez P., Gasciolli V., Crete P., and Vaucheret H. 2004a. The nuclear dsRNA binding protein HYL1 is required for microRNA accumulation and plant development, but not posttranscriptional trans-gene silencing. Curr. Biol. 14: 346-345.
Vazquez R, Vaucheret H., Rajagopalan R., Lepers C, Gasciolli V., Mallory A.C., Hilbert J.-L, Bartel D.P., and Crete P. 2004b. Endogenous trans-acting siRNAs regulate the accumulation of Arabidopsis mRNAs. Mol. Cell 16: 69-79.
Vinnet O. 2005. Induction and suppression of RNA silencing: Insights from viral infections. Nat. Rev. Genet. 6: 206-220.
Wagner D. 2003. Chromatin regulation of plant development. Curr. Opin. Plant Biol. 6: 20-28.
Wang X.J., Gaasterland T., and Chua N.H. 2005. Genome-wide prediction and identification of cis-natural antisense transcripts in Arabidopsis thaliana. Genome Biol. 6: R30.
Wassenegger M., Heimes S., Riedel L., and Sanger H.L. 1994. RNA-directed de novo methylation of genomic sequences in plants. Cell 76: 567-576.
Xie Z., Johansen L.K., Gustafson A.M., Kasschau K.D., Lellis A.D., Hibernian D., Jacobsen S.E., and Carrington J.C. 2004. Genetic and functional diversification of small RNA pathways in plants. PLoS Biol. 2: E104.
Yoo B.-C, Kragler P., Varkonyi-Gasic E., Haywood V., Archer-Evans S., Lee Y.M., Lough T.J., and Lucas W.J. 2004. A systemic small RNA signalling system in plants. Plant Cell 16: 1979-2000.
http://asrp.cgrb.oregonstate.edu Arabidopsis thaliana small RNA project
http://mpss.dbi.udel.edu MPSS (Massively parallel signature sequencing)
http://www.arabidopsis.org/abrc Arabidopsis Biological Resource Center Stocks
http://www.chromdb.org Plant Chromatin Database
Глава 10. Модификации хроматина и механизм их действия
Tony Kouzarides1 и Shelley L. Berger2
1The Gurdon Institute, University of Cambridge, United Kingdom
2The Wistar Institute, Philadelphia, Pensylvania 19104
Общее резюме
Гистоны являются строительными блоками нуклеосом, образуя октамерную структуру, которая упаковывает ДНК у эукариот и формирует структуру, известную как хроматин Хроматин, однако, не является однородной структурой, и в последние годы произошел взрыв в наших знаниях о вариациях в структуре хроматина. Это, в свою очередь, углубило наше понимание механизмов, регулирующих геномные матричные процессы, в частности посттрансляционных модификаций гистоновых белков (центральная характеристика этого геномного регулирования). Действительно, существует большое число посттрансляционных модификаций гистонов (HPTMs, histone posttranslational modifications). Они разделяются на две группы. Во-первых, существуют малые химические группы, в том числе ацетилирование, фосфорилирование и метилирование. Во-вторых, имеются гораздо более крупные пептиды, в том числе убиквитинирование и сумоилирование.