Ключевые особенности геномного импринтинга у млекопитающих
¦ cis-действуютий механизм
¦ Результат особенностей наследования, а не пола.
¦ Импринты являются эпигенетическими модификациями, приобретаемыми одной родительской гаметой
¦ Импринтированные гены в основном собраны в кластеры вместе с некодирующей РНК.
¦ Импринты могут модифицировать удаленные регуляторные элементы, которые действуют на множественные гены.
¦ Импринтированные гены играют роль в развитии млекопитающих
Рис. 19.3. Приобретение и стирание импринтов в ходе развития млекопитающих
Импринты приобретаются гаметами; таким образом, ооциты и спермин уже несут импринтированные хромосомы (импринты 1-й генерации). После оплодотворения, когда эмбрион становится диплоидным, данный импринт поддерживается на той же самой родительской хромосоме после каждого клеточного деления в клетках эмбриона, оболочках, плаценте, а также у взрослого животного. Зародышевые клетки формируются в эмбриональной гонаде, и импринты стираются только в этих клетках до детерминации пола. Коль скоро эмбрион развивается в самца, гонады дифференцируются в семенники, продуцирующие гаплоидные сперматозоиды, которые приобретают отцовский импринт на своих хромосомах. Аналогичным образом, у развивающихся самок хромосомы в яичниках приобретают материнские импринты (импринты 2-й генерации)
Каким образом идентифицируются гаметические импринты? Не слишком вдаваясь в семантику, импринт можно определить как эпигенетическую модификацию, отличающую материнскую копию гена от отцовской копии гена Импринт, будучи однажды сформирован, должен также позволять транскрипционной машине по-разному обрабатывать материнскую и отцовскую копии гена, находящиеся в одном и том же ядре. Можно предсказать, что гаметический импринт будет непрерывно присутствовать на всех стадиях развития (рис. 19.3); таким образом, импринты можно обнаружить, сравнивая эпигенетические модификации на материнских и отцовских хромосомах в эмбриональных или взрослых тканях (с использованием стратегий, изображенных на рис. 19.1) и прослеживая их в развитии обратно, до одной из двух гамет. Гаметические импринты могли бы быть модификациями ДНК или гистоновых белков, которые упаковывают ДНК в хромосомы. Хотя у млекопитающих известен лишь один тип эпигенетических модификаций ДНК, а именно метилирование ДНК (глава 18), гистоны могут нести множественные типы модификаций, в том числе метилирование, ацетилирование, фосфорилирование. сумоилирование и убиквитилирование (дополнительные детали см. в главе 10). Они могут также замещаться вариантными гистонами со специфическими функциями (главы 3 и 13). Любые из этих эпигенетических модификаций можно было бы теоретически квалифицировать как импринт. Мы можем считать, что ферменты, ответственные за эти эпигенетические модификации, могли бы экспрессироваться в одной из двух гамет и специфически ассоциироваться с одной родительской хромосомой, чтобы скопировать данную модификацию, когда клетка делится. Однако, как описывается в разделе 3, лишь метилирование ДНК было четко продемонстрировано в качестве гаметического импринта для импринтированных генов у млекопитающих и, на сегодняшний день, является единственной наследуемой модификацией.
Каким образом действует гаметический импринт, чтобы контролировать импринтированную экспрессию? Как обсуждалось выше, нам необходимо «быть открытыми» в вопросе о том, ведет ли импринт к активации или же к репрессии одной родительской копии импринтированного гена. Чтобы понять, как действует импринт, нам нужна информация по трем вопросам: какая родительская хромосома несет данный импринт, какая родительская хромосома несет экспрессируемую аллель импринтированного гена и каково положение импринтированной последовательности по отношению к экспрессируемой или «молчащей» аллели импринтированного гена. Используя подходы этого типа, мы теперь знаем, что гаметические импринты могут действовать на целые кластеры генов сразу. Эти импринтированные кластеры содержат от 3 до 10 импринтированных генов и имеют протяженность от 100 т. п.н. до 3000 т. п.н. геномной ДНК (дополнительные детали см. http://www.mgu.har.mrc.ас.uk/research/imprinting/). Большинство генов в любом одном кластере — это импринтированные гены иРНК, кодирующих белки; однако по меньшей мере один из них — всегда ген импринтированной ncRNA (некодирующей РНК).
Из-за расположения импринтированных генов в виде кластеров, при том что некоторые гены экспрессируются с одной родительской хромосомы, а некоторые с другой, не всегда просто определить, как действует импринт. Можно исследовать влияние импринта на единичные гены в кластере, но может оказаться более информативным изучать влияние импринта на весь кластер. Более детально это описывается в разделе 3. Одно, тем не менее, очевидно. Природа не выбрала самую простую модель, по которой импринт направляется к промотору, чтобы преимущественно [preemptively] сайленсировать импринтированный ген в одной гамете. Вместо этого оказывается, что импринты, в целом, направляются к удаленным cis-действующим репрессорам, которые влияют на экспрессию множественных генов, локализованных на больших расстояниях на той же хромосоме.