Следовательно, линейная специфичность и временное упорядочение перегруппировки генов вызывается последовательным открыванием локального хроматина, что делает специфичные RSSs доступными для V(D) J-рекомбиназы. Способность хроматина как защищать RSSs, так и управлять их расщеплением, предполагает существование «хроматинового кода», который маркирует сайты рекомбинации и (или) облегчает опосредованное RAG расщепление.
Ацетилирование гистонов на лизиновых остатках является не только характерной чертой открытого хроматина, но также играет важную роль в определении доступности хроматина локусов Ig и TCR, так как оно разделяет домены рекомбинационно-компетентных сегментов генов (McMurry and Krangel, 2000; Chowdhury and Sen, 2001). Анализ состояния ацетилирования гистонов выявил ступенчатую активацию дискретных доменов хроматина в локусе IgH (Chowdhury and Sen, 2001). Перед рекомбинацией V(D)J первым гиперацетилируется геномный участок длиной 120 тыс. пар нуклеотидов, окружающий генные сегменты DH, JH и С. Вслед за этим перестройки DH-JH индуцируют ацетилирование гистонов и перестройки генов VH, проксимальных по отношению к DH (Chowdhury and Sen, 2001). Наконец, дистальный домен длиной 2 млн. пар нуклеотидов, содержащий большинство генов VH, оказывается активированным сигналом IL-7 (Chowdhury and Sen, 2001). Детальный анализ локуса TCRa/b в развивающихся Т-клетках также выявил полное перекрывание участков, характеризующихся гиперацетилированием гистона H3 и доступностью для рекомбиназы V(D)J (McMurry and Krangel, 2000). Следовательно, ацетилирование гистонов оказывается существенной частью паттерна модификации хроматина, который контролирует инициацию и (или) развитие рекомбинации (Krangel, 2003).
Однако самого по себе ацетилирования недостаточно для того, чтобы облегчить рекомбинацию, поскольку ингибиторы деацетилаз гистонов имеют слабое влияние на рекомбинацию V(D)J in vivo (McBlane and Boyes, 2000). Более того, в про-В-клетках наблюдалось поражающее несоответствие между высоким уровнем ацетилирования гистона H3 и слабой рекомбинацией H3 (Hesslein et al., 2003; Suetal., 2003). Нормальные уровни ацетилирования гистонов в кластере генов VH, дистальных по отношению к DH, не поддерживают дистальную рекомбинацию VM-DJH в про-В-клетках без метилтрансферазы гистоновых лизинов (НКМТ) Ezh2, которая триметилирует гистон H3 по лизину 27 (H3K27me3) (Su et al., 2003). Тот факт, что более высокие уровни H3K27me3 ассоциируются с дистальными, а не проксимальными генами VH, предполагает домен-специфическую роль метилирования H3K27 в рекомбинации генов VH (Su et al., 2003). Избирательность регуляции, осуществляемой Ezh2 для локуса IgH, подчеркивается равной эффективностью рекомбинации гена TCRp у дикого типа и у дефицитных по Ezh2 про-Т-клеток (Su et al., 2005). Следовательно, дополнительные модификации хроматина, вероятно, участвуют в контроле V(D)J-рекомбинации проксимальных генов Vhb про-В-клетках и TCRp-перестроек в про-Т-клетках. Диметилирование гистона H3 по лизину 4 (H3K4me2) — это активная гистоновая метка, которая также коррелирует с доступным состоянием сегментов генов IgH и TCRft (Morshead et al., 2003). Напротив, диметилирование H3 по лизину 9 (H3K9me2) — это репрессивная хроматиновая метка, которая обнаруживает отрицательную корреляцию с V(D)J — рекомбинацией сегментов генов IgH и TCRp (Morshead et al., 2003). Важная роль H3K9me2 в подавлении рекомбинации была недавно продемонстрирована путем таргетинга H3K9 НКМТ G9a на PDp 1 — промотор зародышевой линии (минилокус TCRp), что предотвратило перестройки V(D)J посредством перевода локального хроматина в недоступное состояние (Osipovich et al., 2004).