— Проект Бейлора по геному мыши http://www.mouse-genome. bcm.tmc.edu/
— ENSEMBL — pecypc по мыши http://www.ensembl.org/Mus_musculus/index html
Человек
— Портал ресурсов по геному человека http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/guide_human/
— ENSEMBL — портал ресурсов по геному человека http://www.ensembl.org/Homosapiens/index.html
— GDB — база данных по геному человека http://www.gdb.org
Приложение 2. Модификации гистонов и литература
Сайт | Модель | Энзим | Функция | Ссылка
K5ac | Hs, Sc | Tip60, p300/CBP, Hat1 | Активация транскрипции | Yamamoto and Horikoshi, 1997; Kimura and Horikoshi, 1998; Verreault etal., 1998
K9bio | — | HCS-биотинидаза | Зависимая от ацетилирования и метилирования. Участвует в клеточной пролиферации, сайленсинге генов и в клеточном ответе на повреждение ДНК | Stanley et al., 2001; Kothapalli et al., 2005b; Chew et al., 2006
K7ac | Sc | Hat1 Esa1 | Активация транскрипции | Suka et al., 2001
K13bio | — | HCS-биотинидаза | Зависимая от ацетилирования и метилирования. Участвует в клеточной пролиферации, сайленсинге генов и клеточном ответе на повреждение ДНК | Stanley et al., 2001; Kothapalli et al., 2005b; Chew et al., 2006
K119ub1 | Dm. Hs | dRing, RING IB | Polycomb-сайленсинг, Реакция на УФ-повреждение | Wang et al., 2004; Kapetanaki et al., 2006
S121ph | Sc | Mec1 PIKK | Ответ на повреждение ДНК. | Теломерный сайленсинг | Wyatt et al., 2003; Harvey et al., 2005
T125ph | Sc | Mec1 PIKK | Ответ на повреждение ДНК. Теломерный сайленсинг | Wyatt et al., 2003
K126bio | Hs | HCS биотинидаза | Зависимая от ацетилирования и метилирования. Участвует в клеточной пролиферации, сайленсинге генов и клеточном ответе на повреждение ДНК | Stanley et al., 2001; Kothapalli et al., 2005b, Chew et al., 2006
K126su | Sc | Репрессия транскрипцииБлокирует ацетилирование и убиквитинирование гистонов | Nathan et al., 2006
K127bio | Hs | HCS-биотинидаза | Зависимая от ацетилирования и метилирования. Участвует в клеточной пролиферации, сайленсинге генов и клеточном ответе на повреждение ДНК | Stanley et al., 2001; Kothapalli et al., 2005b; Chew et al., 2006
S128ph | Sc | Mec1 PIKK | Ответ на повреждение ДНК. Теломерный сайленсинг | Downs et al., 2000; Redon et al., 2003; Wyatt et al., 2003; Downs et al., 2004
K130bio | Hs | HCS-биотинидаза | Зависимая от ацетилирования и метилирования. Участвует в клеточной пролиферации, сайленсинге генов и клеточном ответе на повреждение ДНК | Stanley et al., 2001; Kothapalli et al., 2005b; Chew et al., 2006
Дополнительные модификации Н2А:
S1ph, К4ас, K13me, K15ас, K21ас, K36ас, K74me, K75me, R77me, K95me, T120ph, карбонилирование Н2А (Pantazis and Bonner, 1981; Song et al., 2003; Alhara et al., 2004).
Сайт | Модель | Энзим | Функция | Ссылка
К5ас | Hs | — | Активация транскрипции | Puerta et al., 1995; Galasinski et al., 2002
S10ph | Sc | Ste20 | Апоптоз | Ahn et al., 2005
S14ph | Hs, Mm | Mst1/krs2 киназа | Апоптоз. Соматическая гипермутация и рекомбинация с переключением классов | Ajiro, 2000; Cheung et al., 2003; Odegard et al., 2005
K16su | Sc | — | Репрессия генов | Nathan et al., 2006
K17su | Sc | — | Репрессия генов | Nathan et al., 2006
S33ph | Dm | CTK | Активация транскрипции | Maile et al., 2004
K120ub | Hs | — | Прогрессия по клеточному циклу в сочетании с SAGA для транскрипционной активации посредством метилирования H3, мейоз | Robzyk et al., 2000; Sun and Allis, 2002; Kao et al., 2004
K123ub | Sc | Rad6(E2)Brel(E3)-ub1 | Теломерный сайленсинг путем снижения метилирования гистонов по H3K4 и H3K79 | Emre et al., 2005
Дополнительные модификации Н2В:
E2am, K5me, K6su, K7su, K11ac, K12ас, K15ас, K16ас, K20ас, K23me, K24ас, S32ph, K43me, K85ас, R99me, K108ас, K116ас, Kарбонилирование Н2В, биотинилирование Н2В (Rouleau et al., 2004).
Сайт | Модель | Энзим | Функция | Ссылка
R2me | Hs Mm | CARM1-me2a | Экспрессия генов | Chen et al., 1999; Schurter et al., 2001
T3ph | Hs At | Haspin | Центромерная функция митотического веретена | Polioudaki et al., 2004; Dai et al., 2005
K4me | Sc | Setl-me3 | Сайленсинг rDNA, теломерный сайленсинг. Активация транскрипции | Briggs et al., 2001; Roguev et al., 2001; Nagy et al., 2002; Bryk et al., 2002; Bernstein et al., 2002; Santos-Rosa et al., 2002
K4me | Tt | ? | Активация транскрипции | Strahl et al. 1999
K4me | Hs | SET7/Set9-me1 | Активация транскрипции | H. Wang et al., 2001a; Nishioka et al., 2002a; Wilson et al., 2002; Zegerman et al., 2002
K4me | Ds Hs | MLLMLL2-me3 MLL3 | Активация Trithorax | Milne et al., 2002; Nakamura et al., 2002
K4me | Ds Hs | Ash1-me2 | Активация Trithorax | Beisel et al., 2002; Sanchez-Eisner et al., 2006
K4me | Hs | SMYD3-me3 | Активация транскрипции | Hamamoto et al., 2004
K9ac | Mm Sc | Meisetz-me3SAGA | Прогрессия мейотической профазы. Активация транскрипции | Hayashi et al., 2005 Grant et al., 1999
K9ac | Hs | SRC1 | Коактиватор ядерного рецептора | Spencer et al. 1997; Schubeler et al., 2000: Vaquero et al., 2004
K9ac | Dm | Активация транскрипции | Nowak et al., 2000
K9me | Mm, Hs | G9a-me1, me2 | Активация транскрипции. Импринтинг | Tachibana et al., 2001, 2002; Ogawa et al., 2002; Xin et al., 2003
K9me | Dm | Su(var)3-9-me2 | Доминантный модификатор PEV | Czermin et al., 2001; Schotta et al., 2002; Ebert et al., 2004